More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_2239 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_2239  putative phytochrome sensor protein  100 
 
 
439 aa  853    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal  0.300779 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0790  putative GAF sensor protein  46.76 
 
 
441 aa  355  7.999999999999999e-97  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.7264 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0123  putative GAF sensor protein  48.22 
 
 
435 aa  355  1e-96  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0710006  normal  0.587329 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0626  putative GAF sensor protein  47.89 
 
 
438 aa  347  2e-94  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.19593  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0639  putative GAF sensor protein  47.89 
 
 
437 aa  347  2e-94  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0619  putative GAF sensor protein  47.65 
 
 
437 aa  346  4e-94  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.351547 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1944  GAF domain protein  49.75 
 
 
410 aa  346  6e-94  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.844857  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2144  putative phytochrome sensor protein  50.71 
 
 
422 aa  319  6e-86  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0926933  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2406  putative phytochrome sensor protein  49.25 
 
 
411 aa  317  4e-85  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.264352  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2991  putative phytochrome sensor protein  44.87 
 
 
406 aa  283  4.0000000000000003e-75  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000148631  hitchhiker  0.00186594 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21230  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  42.28 
 
 
419 aa  266  5e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.259809  normal  0.259363 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1088  putative phytochrome sensor protein  45.21 
 
 
471 aa  262  8e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0281  putative phytochrome sensor protein  40.74 
 
 
503 aa  240  4e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1488  transcriptional regulator domain protein  38.83 
 
 
414 aa  239  9e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.446993  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1781  putative phytochrome sensor protein  41.52 
 
 
488 aa  231  2e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1985  putative phytochrome sensor protein  40.62 
 
 
501 aa  214  2.9999999999999995e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000196464  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4867  putative phytochrome sensor protein  37.14 
 
 
538 aa  201  1.9999999999999998e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.752345  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1094  transcriptional regulator domain protein  35.6 
 
 
556 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4927  putative phytochrome sensor protein  43.95 
 
 
464 aa  162  1e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0878  putative GAF sensor protein  41.87 
 
 
428 aa  158  1e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0958  GAF domain-containing protein  43.19 
 
 
426 aa  147  5e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.165428 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3089  transcriptional regulator  40 
 
 
466 aa  141  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.973377  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13420  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  42.16 
 
 
463 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.439429 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1777  putative phytochrome sensor protein  39.35 
 
 
460 aa  140  6e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00250628  normal  0.11028 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2789  putative phytochrome sensor protein  38.07 
 
 
448 aa  137  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0234289 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0169  putative phytochrome sensor protein  42.05 
 
 
440 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.234973  hitchhiker  0.00233014 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0896  putative phytochrome sensor protein  40.1 
 
 
426 aa  135  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0355459 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4955  putative GAF sensor protein  40.69 
 
 
439 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.925113  normal  0.421333 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1466  putative GAF sensor protein  39.81 
 
 
441 aa  130  3e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.515948 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5524  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.6 
 
 
640 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.118768 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0944  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.92 
 
 
673 aa  127  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1337  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.51 
 
 
679 aa  125  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3508  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.71 
 
 
631 aa  124  5e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.62585  normal  0.777237 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3637  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator  35.44 
 
 
646 aa  122  9e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.772793 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0108  GAF domain protein  38.21 
 
 
422 aa  122  9.999999999999999e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0472317  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.19 
 
 
643 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6170  helix-turn-helix, Fis-type  41.21 
 
 
677 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0094108  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0956  transcriptional regulatory protein  36.16 
 
 
678 aa  120  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2091  transcriptional regulator  41.94 
 
 
417 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1017  helix-turn-helix, Fis-type  34.96 
 
 
679 aa  119  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3466  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.65 
 
 
677 aa  119  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.297654  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11420  sigma54-dependent activator protein  37.5 
 
 
664 aa  118  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4057  putative phytochrome sensor protein  37.69 
 
 
409 aa  117  3.9999999999999997e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5127  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator, HTH Fis-type family  40.32 
 
 
654 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.53901  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3606  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.86 
 
 
647 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.833415  normal  0.824204 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20940  sigma54-dependent activator protein AcxR  33.94 
 
 
664 aa  114  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.627215  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4104  sigma54 specific transcriptional regulator  39.59 
 
 
661 aa  114  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4403  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.5 
 
 
628 aa  113  9e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.235944 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4922  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.5 
 
 
629 aa  112  9e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.330349  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0698  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.5 
 
 
637 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5659  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.8 
 
 
663 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6153  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.29 
 
 
689 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.936504 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5308  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  42.2 
 
 
634 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0711362 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2092  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.64 
 
 
676 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000637573  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3388  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  42.2 
 
 
637 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4979  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  42.2 
 
 
637 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219279  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2486  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.64 
 
 
672 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.141183 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0890  sigma-54 dependent transcriptional regulator  37.44 
 
 
646 aa  111  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.245781  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0735  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.07 
 
 
683 aa  111  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.431182  normal  0.0765632 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0800  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.83 
 
 
646 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.236546  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2010  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.38 
 
 
454 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4400  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.86 
 
 
669 aa  110  4.0000000000000004e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.916028  normal  0.547202 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2160  sigma-54 activated regulatory protein  37.83 
 
 
724 aa  110  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3641  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36 
 
 
691 aa  110  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.651676  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1166  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.31 
 
 
675 aa  110  6e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.321857  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1075  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.43 
 
 
687 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.990194  normal  0.0882884 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3427  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.72 
 
 
648 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.535868 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1819  sigma-54 activated regulatory protein  37.84 
 
 
651 aa  109  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3906  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  32.56 
 
 
680 aa  108  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3273  putative GAF sensor protein  37.89 
 
 
438 aa  108  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0845343 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1028  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.65 
 
 
642 aa  108  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.833434 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2095  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.84 
 
 
454 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1963  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.31 
 
 
647 aa  106  7e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1500  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.87 
 
 
645 aa  106  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.18284  normal  0.234549 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2800  putative AcoR, transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  35.87 
 
 
645 aa  106  8e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0932  sigma54 specific transcriptional regulator  32.74 
 
 
653 aa  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.702555  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2521  putative acetoin operon transcriptional activator  30.53 
 
 
616 aa  103  5e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0060669 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1790  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.84 
 
 
753 aa  103  6e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000112297 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3234  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.19 
 
 
699 aa  103  7e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0436708  normal  0.309737 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1778  helix-turn-helix, Fis-type  35.38 
 
 
673 aa  103  9e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1375  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.05 
 
 
644 aa  102  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2563  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.47 
 
 
616 aa  102  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.067017  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2815  putative acetoin operon transcriptional activator  29.47 
 
 
616 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.183654  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2574  acetoin operon transcriptional activator  29.47 
 
 
616 aa  102  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.500823  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2530  sigma-54-dependent transcriptional activator  29.47 
 
 
616 aa  102  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000702364  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2495  sigma-54-dependent transcriptional activator  29.47 
 
 
616 aa  102  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.292908  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2768  putative acetoin operon transcriptional activator  29.47 
 
 
616 aa  102  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00807774 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2761  acetoin operon transcriptional activator  29.47 
 
 
616 aa  102  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.822061  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1741  sigma-54 dependent transcriptional regulator  34.09 
 
 
609 aa  101  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.606989  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4264  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.05 
 
 
602 aa  101  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2794  acetoin operon transcriptional activator, putative  30.46 
 
 
616 aa  100  7e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000141006  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.03 
 
 
661 aa  99.8  8e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3392  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.41 
 
 
689 aa  99.8  9e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.549461  normal  0.181007 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1646  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.89 
 
 
689 aa  99  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.346775 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1556  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.05 
 
 
657 aa  99  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2772  putative acetoin operon transcriptional activator  29.47 
 
 
616 aa  99.4  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1691  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.86 
 
 
667 aa  98.6  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1840  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.86 
 
 
667 aa  99  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.286624  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3971  transcriptional regulator domain-containing protein  32.26 
 
 
411 aa  97.8  3e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6248  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.26 
 
 
708 aa  95.9  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423516  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>