154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_4390 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_4390  PAS domain-containing protein  100 
 
 
200 aa  389  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.000850983  normal  0.838012 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2325  PAS domain-containing protein  46.9 
 
 
204 aa  99.4  4e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.347641  normal  0.764067 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1018  PAS domain-containing protein  33.16 
 
 
195 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.011057  normal  0.147153 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4253  PAS domain-containing protein  34.21 
 
 
202 aa  82  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486718  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5109  PAS fold-3 domain protein  35.38 
 
 
197 aa  79  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.924849 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1761  PAS domain-containing protein  28.49 
 
 
199 aa  68.2  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.84 
 
 
845 aa  68.2  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1198  PAS fold-3 domain protein  30.26 
 
 
187 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.306365  normal  0.767323 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1503  PAS domain-containing protein  38.94 
 
 
186 aa  65.1  0.0000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.355958  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5027  hypothetical protein  29.9 
 
 
201 aa  65.1  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.565398 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4878  PAS domain-containing protein  31.68 
 
 
155 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4975  hypothetical protein  32.43 
 
 
182 aa  62.4  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.201692 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.03 
 
 
943 aa  62.4  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5882  PAS domain-containing protein  30.41 
 
 
202 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.683919 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2215  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 
810 aa  59.7  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4512  hypothetical protein  31.35 
 
 
182 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.3 
 
 
767 aa  59.3  0.00000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 
793 aa  58.9  0.00000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 
703 aa  57.8  0.00000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6284  PAS domain-containing protein  25.13 
 
 
223 aa  57  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.28 
 
 
688 aa  57  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0500187 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0132  PAS domain-containing protein  31.25 
 
 
206 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.433683  normal  0.272922 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  35.9 
 
 
1225 aa  55.8  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 
1225 aa  55.8  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6354  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.09 
 
 
699 aa  55.1  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  31.13 
 
 
3706 aa  55.1  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 
674 aa  53.9  0.000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 
998 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.13 
 
 
1432 aa  53.9  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0386  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 
674 aa  53.9  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.963585  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  36.57 
 
 
685 aa  53.9  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 
759 aa  53.9  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.84 
 
 
1215 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2537  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.45 
 
 
675 aa  52.8  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3692  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.39 
 
 
951 aa  52  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.408416  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.54 
 
 
919 aa  51.6  0.000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3974  signal transduction histidine kinase  31.78 
 
 
635 aa  51.6  0.000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0272817 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 
582 aa  51.6  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  33.59 
 
 
956 aa  51.2  0.000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.2 
 
 
883 aa  50.8  0.00001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3718  PAS domain-containing protein  31.13 
 
 
211 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.243172 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1400  PAS sensor signal transduction histidine kinase  30.65 
 
 
938 aa  50.4  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0389  XRE family transcriptional regulator  31.9 
 
 
359 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.52 
 
 
812 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 
1532 aa  49.7  0.00003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.33 
 
 
1020 aa  49.7  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3664  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 
708 aa  49.3  0.00004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2343  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.85 
 
 
921 aa  48.9  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.762005  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1496  signal transduction histidine kinase  28.97 
 
 
1253 aa  48.9  0.00005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.172842 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.14 
 
 
958 aa  48.5  0.00006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  29.46 
 
 
691 aa  48.5  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.82 
 
 
968 aa  48.1  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.07 
 
 
1808 aa  47.8  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  30.59 
 
 
641 aa  47.4  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.51 
 
 
789 aa  47.4  0.0001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.179581  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  27.05 
 
 
1099 aa  47.4  0.0001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.11 
 
 
527 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.31 
 
 
1273 aa  47.4  0.0002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1024  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.39 
 
 
631 aa  46.6  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.963931  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.43 
 
 
1139 aa  47  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2629  signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
788 aa  47  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.39 
 
 
689 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.7 
 
 
686 aa  47  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2841  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.69 
 
 
714 aa  46.2  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.310526 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  31.25 
 
 
1202 aa  46.2  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2768  signal transduction histidine kinase  36.52 
 
 
333 aa  46.2  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000214374 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0492  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.68 
 
 
754 aa  45.8  0.0004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0150  putative PAS/PAC sensor protein  26.9 
 
 
1969 aa  45.8  0.0004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5451  signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 
547 aa  45.8  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915879  normal  0.94618 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4551  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.84 
 
 
757 aa  45.4  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.11855  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0798  PAS sensor protein  33.33 
 
 
624 aa  45.4  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.68 
 
 
1501 aa  45.4  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.22 
 
 
1289 aa  45.1  0.0007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2758  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
857 aa  45.1  0.0007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.2 
 
 
1148 aa  45.1  0.0007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6278  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.51 
 
 
1064 aa  44.7  0.0008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.719663  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3203  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.21 
 
 
765 aa  45.1  0.0008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0763722 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3765  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.41 
 
 
562 aa  45.1  0.0008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.13531 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0827  signal transduction histidine kinase  41.33 
 
 
512 aa  44.7  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2831  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.5 
 
 
1407 aa  44.7  0.0008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.160519  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.63 
 
 
953 aa  44.7  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2805  putative PAS/PAC sensor protein  40 
 
 
658 aa  43.9  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.126133 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.83 
 
 
1009 aa  44.3  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.808539  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
935 aa  44.7  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1213  signal transduction histidine kinase  29.2 
 
 
603 aa  43.9  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2089  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 
802 aa  44.3  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0236176  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3009  hypothetical protein  35.9 
 
 
783 aa  44.3  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1579  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.64 
 
 
324 aa  44.7  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.97 
 
 
625 aa  44.3  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  28.99 
 
 
512 aa  44.3  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3683  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.74 
 
 
1124 aa  44.3  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.781779 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.95 
 
 
1224 aa  44.3  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2804  putative PAS/PAC sensor protein  40 
 
 
711 aa  43.9  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0770283 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5239  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.96 
 
 
869 aa  44.3  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0570546 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.46 
 
 
953 aa  44.7  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0588  sensory box protein  27.96 
 
 
463 aa  43.5  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3043  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.71 
 
 
1122 aa  43.5  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000641159  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1414  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  28.7 
 
 
546 aa  43.1  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.754563  normal  0.452711 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.78 
 
 
1562 aa  43.5  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.53 
 
 
1015 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.595031 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>