More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_4253 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_4253  PAS domain-containing protein  100 
 
 
202 aa  394  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486718  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5882  PAS domain-containing protein  54.12 
 
 
202 aa  203  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.683919 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1761  PAS domain-containing protein  42.29 
 
 
199 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1018  PAS domain-containing protein  37.08 
 
 
195 aa  102  5e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.011057  normal  0.147153 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5109  PAS fold-3 domain protein  39.33 
 
 
197 aa  101  9e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.924849 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  41.53 
 
 
759 aa  95.5  5e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4878  PAS domain-containing protein  38.82 
 
 
155 aa  94.7  8e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.37 
 
 
943 aa  93.6  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  36.76 
 
 
691 aa  91.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.8 
 
 
845 aa  91.7  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1198  PAS fold-3 domain protein  35.8 
 
 
187 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.306365  normal  0.767323 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  34.31 
 
 
691 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0386  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.98 
 
 
674 aa  88.2  8e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.963585  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.6 
 
 
1215 aa  87.4  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4390  PAS domain-containing protein  34.03 
 
 
200 aa  86.7  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.000850983  normal  0.838012 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.8 
 
 
1224 aa  85.9  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.31 
 
 
998 aa  85.9  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 
977 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.76 
 
 
858 aa  82.8  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  33.33 
 
 
847 aa  81.6  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1400  PAS sensor signal transduction histidine kinase  29.44 
 
 
938 aa  81.3  0.000000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  34.43 
 
 
1092 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.15 
 
 
686 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
793 aa  80.9  0.00000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 
1103 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 
703 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.1 
 
 
689 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  31.58 
 
 
956 aa  79  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1213  signal transduction histidine kinase  35.77 
 
 
603 aa  78.2  0.00000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.4 
 
 
830 aa  77.8  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2325  PAS domain-containing protein  34.22 
 
 
204 aa  77.8  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.347641  normal  0.764067 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
1532 aa  77  0.0000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0132  PAS domain-containing protein  31.76 
 
 
206 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.433683  normal  0.272922 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  39.32 
 
 
582 aa  76.3  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  39.83 
 
 
1225 aa  75.5  0.0000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.83 
 
 
1225 aa  75.5  0.0000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
883 aa  75.5  0.0000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5079  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.61 
 
 
695 aa  75.1  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.929766 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2215  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.53 
 
 
810 aa  75.1  0.0000000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.61 
 
 
767 aa  74.7  0.0000000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3718  PAS domain-containing protein  33.16 
 
 
211 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.243172 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1982  PAS fold-3 domain protein  37.14 
 
 
174 aa  72  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.282752  normal  0.0152652 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  30.08 
 
 
827 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6284  PAS domain-containing protein  29.8 
 
 
223 aa  71.2  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.28 
 
 
789 aa  71.2  0.00000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.179581  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1795  PAS fold-3 domain protein  37.61 
 
 
162 aa  71.2  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.591789  normal  0.0452866 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.84 
 
 
1808 aa  70.9  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3777  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.71 
 
 
1068 aa  70.1  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0640729  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.35 
 
 
688 aa  69.7  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0500187 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.63 
 
 
1118 aa  69.3  0.00000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  34.65 
 
 
1714 aa  68.6  0.00000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36 
 
 
812 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.93 
 
 
1147 aa  67.8  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5451  signal transduction histidine kinase  29.06 
 
 
547 aa  67.4  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915879  normal  0.94618 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3467  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.98 
 
 
865 aa  67  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.71 
 
 
814 aa  66.2  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1503  PAS domain-containing protein  30.32 
 
 
186 aa  66.2  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.355958  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0529  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.61 
 
 
575 aa  65.5  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.46 
 
 
1501 aa  65.1  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.45 
 
 
922 aa  65.1  0.0000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.4 
 
 
527 aa  64.7  0.0000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 
568 aa  63.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.55 
 
 
519 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3578  hypothetical protein  31.15 
 
 
188 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.21296  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1533  sensory box protein  32.81 
 
 
965 aa  62.8  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.76081  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0404  hypothetical protein  32.46 
 
 
1182 aa  62.8  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.465468  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1160  hypothetical protein  32.39 
 
 
2303 aa  63.2  0.000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 
721 aa  62.8  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.814379  normal  0.333041 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1666  sensory transduction histidine kinase  30.97 
 
 
945 aa  62.4  0.000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.515191  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 
1148 aa  62  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 
526 aa  62.4  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.82 
 
 
551 aa  62  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1288  sensory box protein  33.62 
 
 
685 aa  62  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.538668  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2246  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.15 
 
 
1084 aa  62  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.692403 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32 
 
 
987 aa  61.6  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  31.75 
 
 
1120 aa  61.6  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1013 aa  60.8  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1795  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.4 
 
 
1330 aa  61.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.173382  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4325  Signal transduction histidine kinase  30.7 
 
 
1654 aa  60.5  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  28.7 
 
 
2693 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.06 
 
 
1432 aa  60.1  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1654  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.95 
 
 
1115 aa  60.1  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3203  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.78 
 
 
765 aa  60.5  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0763722 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.16 
 
 
887 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.17 
 
 
986 aa  59.3  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3141  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.08 
 
 
1406 aa  58.9  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.367834  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4198  putative sensor protein  30.95 
 
 
1105 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.350673  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5027  hypothetical protein  28.35 
 
 
201 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.565398 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6354  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.09 
 
 
699 aa  58.5  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.33 
 
 
1020 aa  58.5  0.00000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2981  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.26 
 
 
384 aa  58.5  0.00000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1046  putative diguanylate cyclase  32.71 
 
 
559 aa  58.2  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.25674  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2537  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.03 
 
 
675 aa  58.2  0.00000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  36.13 
 
 
865 aa  58.2  0.00000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.6 
 
 
1514 aa  57.4  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.6 
 
 
1514 aa  57.8  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.03 
 
 
1086 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1244  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.66 
 
 
1090 aa  56.6  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.258549  normal  0.879339 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2629  signal transduction histidine kinase  31.36 
 
 
788 aa  57  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5584  signal transduction histidine kinase  31.45 
 
 
586 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>