184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A3813 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3813  cAMP-dependent protein kinase - catabolite gene activator and regulatory subunit  100 
 
 		 172 aa  352  2e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.510827 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0179  cyclic nucleotide-binding protein  56.95 
 
 		 155 aa  182  3e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4137  cyclic nucleotide-binding protein  39.72 
 
 		 177 aa  98.6  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.252066 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3494  cyclic nucleotide-binding protein  38.12 
 
 		 173 aa  99  3e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5297  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.92 
 
 		 154 aa  90.5  9e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.390031  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6054  cyclic nucleotide-binding protein  37.96 
 
 		 159 aa  85.5  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.507117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4903  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  35.51 
 
 		 163 aa  85.1  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.533642 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4790  cyclic nucleotide-binding protein  37.04 
 
 		 170 aa  81.6  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4111  cyclic nucleotide-binding protein  30.43 
 
 		 163 aa  72.4  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.670984  normal  0.130991 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0056  cyclic nucleotide-binding  29.27 
 
 		 739 aa  58.5  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  33.33 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.32 
 
 		 225 aa  55.8  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  32.61 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  32.61 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  32.61 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  32.61 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  32.61 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  32.61 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  32.61 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  32.61 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  32.61 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.77 
 
 		 226 aa  55.1  0.0000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4730  cyclic nucleotide-binding protein  30.58 
 
 		 286 aa  54.3  0.0000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.813554  normal  0.722063 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  31.88 
 
 		 210 aa  54.3  0.0000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  31.88 
 
 		 210 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.88 
 
 		 210 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.88 
 
 		 210 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  31.88 
 
 		 210 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  30.08 
 
 		 228 aa  53.5  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  31.88 
 
 		 210 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  31.88 
 
 		 210 aa  53.9  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3784  cAMP-regulatory protein  32.61 
 
 		 210 aa  53.9  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0916512  hitchhiker  0.00483948 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  31.88 
 
 		 210 aa  53.9  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 225 aa  53.5  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  31.88 
 
 		 210 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  31.88 
 
 		 210 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  33.63 
 
 		 210 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  31.88 
 
 		 210 aa  53.9  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2885  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.6 
 
 		 321 aa  52.8  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.2 
 
 		 225 aa  53.1  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 225 aa  53.1  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  29.2 
 
 		 225 aa  52.8  0.000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1461  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.56 
 
 		 159 aa  52.4  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2511  acetolactate synthase large subunit biosynthetic type  37.65 
 
 		 230 aa  52  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.108981  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 226 aa  51.6  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 234 aa  51.6  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 232 aa  51.6  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2191  cAMP-regulatory protein  30.43 
 
 		 210 aa  51.6  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  29.67 
 
 		 226 aa  51.2  0.000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  29.91 
 
 		 225 aa  51.2  0.000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1111  cyclic nucleotide-binding  26.5 
 
 		 729 aa  51.2  0.000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.804267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  30 
 
 		 212 aa  51.2  0.000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3546  cyclic nucleotide-binding  31.15 
 
 		 124 aa  50.4  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.194157 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  30.47 
 
 		 211 aa  50.4  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  30.47 
 
 		 211 aa  50.4  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0624  cAMP-regulatory protein  29.71 
 
 		 211 aa  49.7  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1673  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  36.71 
 
 		 232 aa  49.7  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  29.69 
 
 		 211 aa  49.7  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000213612  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0618  cAMP-regulatory protein  29.71 
 
 		 211 aa  49.7  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000475791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3412  cAMP-regulatory protein  29.71 
 
 		 211 aa  49.7  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000398691  normal  0.338767 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0617  cAMP-regulatory protein  29.71 
 
 		 211 aa  49.7  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000135204  normal  0.325091 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0652  cAMP-regulatory protein  29.71 
 
 		 211 aa  49.7  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000433673  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  29.69 
 
 		 211 aa  48.9  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1573  cyclic nucleotide-binding  29.51 
 
 		 158 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.490025  hitchhiker  0.00990577 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3690  cAMP-regulatory protein  29.71 
 
 		 211 aa  48.9  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0119951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3292  cAMP-regulatory protein  29.69 
 
 		 211 aa  48.9  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0112541  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0578  cAMP-regulatory protein  29.71 
 
 		 211 aa  48.9  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.001638  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3873  cAMP-regulatory protein  29.71 
 
 		 211 aa  48.9  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000159716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3747  cAMP-regulatory protein  29.71 
 
 		 211 aa  48.9  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0179283  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002279  cyclic AMP receptor protein  31.86 
 
 		 210 aa  48.5  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2737  cAMP-regulatory protein  29.69 
 
 		 210 aa  48.5  0.00004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  28.91 
 
 		 211 aa  48.5  0.00004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000032723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0840  cyclic nucleotide-binding protein  39 
 
 		 350 aa  48.5  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.126759 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  31.86 
 
 		 210 aa  48.9  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  29.23 
 
 		 211 aa  48.9  0.00004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4762  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 225 aa  48.5  0.00005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  hitchhiker  0.0000929699 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 222 aa  48.5  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  28.23 
 
 		 413 aa  48.5  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.88 
 
 		 234 aa  48.1  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4322  cyclic nucleotide-binding  35.44 
 
 		 225 aa  48.5  0.00005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0230513 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3912  cyclic nucleotide-binding protein  29.51 
 
 		 144 aa  48.1  0.00006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.262178  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.64 
 
 		 243 aa  48.1  0.00006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  27.91 
 
 		 236 aa  48.1  0.00006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0030  sulfate transporter  27.78 
 
 		 734 aa  47.4  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.127752  normal  0.27039 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3725  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.64 
 
 		 237 aa  47.4  0.00009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0054318  normal  0.342144 
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 247 aa  47.4  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.08 
 
 		 228 aa  47  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1555  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.47 
 
 		 230 aa  47  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0355  Crp-like transcriptional regulator  25.86 
 
 		 221 aa  47.4  0.0001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128458  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 227 aa  47  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2797  cAMP-regulatory protein  32 
 
 		 198 aa  47  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.207531  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  29.73 
 
 		 147 aa  47.4  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.77 
 
 		 224 aa  47  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA00680  vacuole protein, putative  27.36 
 
 		 1177 aa  46.6  0.0002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0220987  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 141 aa  46.2  0.0002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3891  cyclic nucleotide-binding protein  29.03 
 
 		 155 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  28 
 
 		 227 aa  46.6  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.64 
 
 		 225 aa  46.2  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 230 aa  46.2  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3943  cAMP-regulatory protein  34.55 
 
 		 214 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>