113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2511 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2511  acetolactate synthase large subunit biosynthetic type  100 
 
 		 230 aa  478  1e-134  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.108981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  27.5 
 
 		 243 aa  59.7  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2760  cyclic nucleotide-binding protein  32.43 
 
 		 174 aa  57.8  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.378531  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2712  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.95 
 
 		 507 aa  57  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0470198  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2635  cyclic nucleotide-binding protein  27.05 
 
 		 228 aa  53.5  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 225 aa  53.5  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2710  cyclic nucleotide-binding protein  30.77 
 
 		 388 aa  53.1  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3212  cyclic nucleotide-binding protein  32.05 
 
 		 388 aa  53.1  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.868968  normal  0.113236 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  27.19 
 
 		 413 aa  52.4  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3813  cAMP-dependent protein kinase - catabolite gene activator and regulatory subunit  37.65 
 
 		 172 aa  52  0.000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.510827 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3368  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.95 
 
 		 503 aa  51.6  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00879958  normal  0.135189 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1433  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.23 
 
 		 408 aa  50.4  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.532362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0067  cyclic nucleotide-binding protein  27.84 
 
 		 153 aa  50.4  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.821564  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0056  cyclic nucleotide-binding  32.93 
 
 		 739 aa  50.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1835  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 250 aa  49.7  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0256984  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1669  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 233 aa  48.9  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2885  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.57 
 
 		 321 aa  48.9  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.59 
 
 		 234 aa  48.9  0.00007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 226 aa  48.5  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 224 aa  48.5  0.00009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  34.21 
 
 		 222 aa  48.5  0.00009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  27.52 
 
 		 226 aa  48.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0407  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.12 
 
 		 243 aa  48.1  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 228 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.58 
 
 		 219 aa  48.1  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4903  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  35.96 
 
 		 163 aa  47.4  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.533642 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  24.51 
 
 		 224 aa  47.4  0.0002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.97 
 
 		 227 aa  47.4  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 231 aa  46.6  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 231 aa  46.6  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 226 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.16 
 
 		 236 aa  46.2  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.31 
 
 		 231 aa  45.8  0.0005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 229 aa  45.8  0.0005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1523  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.69 
 
 		 231 aa  46.2  0.0005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4569  putative cyclic nucleotide binding protein  41.79 
 
 		 161 aa  45.8  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04510  cyclic nucleotide-binding domain protein (AFU_orthologue; AFUA_2G03170)  28.21 
 
 		 923 aa  45.4  0.0007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.7 
 
 		 230 aa  45.4  0.0007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  26.26 
 
 		 236 aa  45.1  0.0009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  26.32 
 
 		 149 aa  45.1  0.0009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1660  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 261 aa  44.7  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.74426  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3227  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 232 aa  44.3  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4381  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 231 aa  45.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4014  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.5 
 
 		 233 aa  45.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2732  cyclic nucleotide-binding protein  26.79 
 
 		 425 aa  45.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  24.82 
 
 		 160 aa  44.7  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  31.17 
 
 		 210 aa  44.3  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1108  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.62 
 
 		 1075 aa  44.7  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000733786  normal  0.267995 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3370  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.79 
 
 		 425 aa  45.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2357  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.21 
 
 		 212 aa  43.5  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1036  cyclic nucleotide-binding  24.58 
 
 		 245 aa  44.3  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0496  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.61 
 
 		 129 aa  43.9  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63653  Leucine rich repeat protein, contains F-box  31.17 
 
 		 868 aa  43.9  0.002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.422768  normal  0.952681 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4712  cyclic nucleotide-binding protein  25 
 
 		 412 aa  43.9  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.566577  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3345  cyclic nucleotide-binding protein  26.36 
 
 		 417 aa  43.9  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.254717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1117  patatin  32.95 
 
 		 621 aa  43.1  0.003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  40.32 
 
 		 449 aa  43.1  0.003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2741  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.52 
 
 		 225 aa  43.1  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.705936 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2122  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  31.4 
 
 		 489 aa  43.5  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.510942  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  25 
 
 		 226 aa  43.1  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0079  hypothetical protein  28.57 
 
 		 169 aa  43.5  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0161  cyclic nucleotide-binding protein  27.78 
 
 		 161 aa  43.1  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  26.53 
 
 		 154 aa  43.5  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3443  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.97 
 
 		 229 aa  43.1  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.12986  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1194  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 		 127 aa  43.5  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  31.82 
 
 		 154 aa  43.1  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 222 aa  43.1  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.51 
 
 		 226 aa  43.1  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26 
 
 		 228 aa  43.1  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  23.29 
 
 		 210 aa  42.7  0.004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.87 
 
 		 210 aa  42.7  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.87 
 
 		 210 aa  42.7  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  23 
 
 		 225 aa  42.7  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  29.87 
 
 		 210 aa  42.7  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  29.87 
 
 		 210 aa  42.7  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  29.87 
 
 		 210 aa  42.7  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  29.87 
 
 		 210 aa  42.7  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  29.87 
 
 		 210 aa  42.7  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  29.87 
 
 		 210 aa  42.7  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  29.87 
 
 		 210 aa  42.7  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  29.87 
 
 		 210 aa  42.7  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 		 226 aa  42.7  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  29.87 
 
 		 210 aa  42.7  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  29.87 
 
 		 210 aa  42.7  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  29.87 
 
 		 210 aa  42.7  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  29.87 
 
 		 210 aa  42.7  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  29.87 
 
 		 210 aa  42.7  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  29.87 
 
 		 210 aa  42.7  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  29.87 
 
 		 210 aa  42.7  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  29.87 
 
 		 210 aa  42.7  0.005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  29.87 
 
 		 210 aa  42.7  0.005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.04 
 
 		 227 aa  42.7  0.005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  29.87 
 
 		 210 aa  42.7  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2246  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 233 aa  42.4  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0635  putative sulfate permease with cyclic nucleotide-binding domain  30.88 
 
 		 733 aa  42.4  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0466798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2645  cyclic nucleotide-binding protein  29.58 
 
 		 123 aa  42.4  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.597241 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23 
 
 		 225 aa  42.4  0.006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  29.87 
 
 		 210 aa  42  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.11 
 
 		 223 aa  42  0.007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196856  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.97 
 
 		 223 aa  42  0.007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>