220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_1374 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_1374  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 707 aa  1466    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.304908  normal  0.550958 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1686  type III restriction enzyme, res subunit  38.46 
 
 		 698 aa  444  1e-123  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.025526  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0497  type III restriction protein res subunit  37.9 
 
 		 696 aa  424  1e-117  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.154157  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1537  type III restriction enzyme, res subunit  32.18 
 
 		 732 aa  348  3e-94  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2481  type III restriction enzyme, res subunit  30.77 
 
 		 706 aa  342  1e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.839221  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2087  type III restriction enzyme, res subunit  31.89 
 
 		 715 aa  324  3e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.167702  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2313  type III restriction protein res subunit  31.05 
 
 		 706 aa  279  1e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2593  type III restriction protein res subunit  32.29 
 
 		 493 aa  243  1e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2199  Type III restriction enzyme, res subunit  33.06 
 
 		 492 aa  242  2e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1942  type III restriction enzyme, res subunit  32.11 
 
 		 469 aa  229  2e-58  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.823738  normal  0.0282791 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2052  type III restriction protein res subunit  32.58 
 
 		 489 aa  228  2e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2026  type III restriction protein res subunit  32.58 
 
 		 489 aa  227  7e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00119  Type III restriction enzyme, res subunit  28.59 
 
 		 744 aa  225  2e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.431054  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4050  type III restriction protein res subunit  27.15 
 
 		 453 aa  144  5e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0396258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3118  helicase-like  33.48 
 
 		 1065 aa  127  5e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.482312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4237  helicase-like  33.48 
 
 		 1065 aa  127  5e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00803691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0100  type III restriction protein res subunit  28.97 
 
 		 440 aa  120  7.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000273539  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1040  type III restriction enzyme, res subunit  26.85 
 
 		 385 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.343931  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4564  helicase-like  26.58 
 
 		 453 aa  116  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1556  type III restriction protein res subunit  26.52 
 
 		 470 aa  110  7.000000000000001e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1769  type III restriction enzyme, res subunit  27.19 
 
 		 464 aa  110  1e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3178  type III restriction protein res subunit  29.39 
 
 		 249 aa  109  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1762  type III restriction enzyme, res subunit  26.56 
 
 		 451 aa  107  6e-22  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0308  type III restriction protein res subunit  25.64 
 
 		 449 aa  105  3e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1994  type III restriction enzyme, res subunit  26.59 
 
 		 468 aa  104  5e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.143159  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2843  type III restriction protein res subunit  24.02 
 
 		 444 aa  103  1e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.109265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0583  DNA repair helicase RAD25  26.51 
 
 		 443 aa  101  4e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.71742  normal  0.481027 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1455  type III restriction protein res subunit  26.67 
 
 		 444 aa  100  7e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.437061  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4977  type III restriction protein res subunit  25.53 
 
 		 479 aa  100  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313567  normal  0.389941 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1709  type III restriction protein res subunit  24.59 
 
 		 494 aa  97.4  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.17082  normal  0.0133576 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2643  DNA repair helicase RAD25  24.49 
 
 		 491 aa  95.9  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0920189 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4412  type III restriction enzyme, res subunit  26.45 
 
 		 590 aa  95.9  3e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.307944  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2015  type III restriction protein res subunit  24.6 
 
 		 488 aa  95.1  4e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4437  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  24.18 
 
 		 951 aa  94.4  7e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.118841 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1743  DNA repair helicase RAD25  25.85 
 
 		 531 aa  93.6  1e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.763617 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1646  type III restriction enzyme, res subunit  21.69 
 
 		 654 aa  92  3e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0299889 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1936  type III restriction protein res subunit  25.92 
 
 		 551 aa  92  4e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0298009  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0649  type III restriction enzyme, res subunit  24.58 
 
 		 462 aa  91.7  4e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.674278  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4175  type III restriction protein res subunit  26.49 
 
 		 479 aa  90.9  8e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.776953  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0951  Type III restriction enzyme, res subunit  24.76 
 
 		 517 aa  89  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.12396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1901  type III restriction enzyme, res subunit  24.64 
 
 		 451 aa  88.6  4e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0563  type III restriction protein res subunit  25.78 
 
 		 509 aa  87.8  6e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0580  type III restriction protein res subunit  25.78 
 
 		 509 aa  87.8  6e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0079  type III restriction protein res subunit  24.22 
 
 		 499 aa  85.9  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.288486 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0670  type III restriction protein res subunit  20.43 
 
 		 652 aa  85.5  0.000000000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0659  type III restriction protein res subunit  24.77 
 
 		 531 aa  84.7  0.000000000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3185  type III restriction protein res subunit  24.94 
 
 		 466 aa  82.4  0.00000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1191  type III restriction protein res subunit  25.12 
 
 		 451 aa  82.8  0.00000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3083  type III restriction protein res subunit  25 
 
 		 466 aa  81.3  0.00000000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0605  type III restriction enzyme, res subunit  22.2 
 
 		 647 aa  80.9  0.00000000000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2154  type III restriction enzyme, res subunit  22.08 
 
 		 650 aa  80.1  0.0000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.508076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0299  DNA repair helicase RAD25  24.64 
 
 		 456 aa  76.6  0.000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1875  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.67 
 
 		 633 aa  72.8  0.00000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1432  type III restriction enzyme, res subunit  24.15 
 
 		 451 aa  73.2  0.00000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.503563  normal  0.0109836 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2588  type III restriction enzyme, res subunit  23.2 
 
 		 591 aa  72.4  0.00000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.245843  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0545  helicase-like  24.04 
 
 		 910 aa  68.6  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3022  type III restriction protein res subunit  22.91 
 
 		 1597 aa  68.6  0.0000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0759  type III restriction enzyme, res subunit  23.45 
 
 		 566 aa  68.2  0.0000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.523445  normal  0.362489 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0451  DNA repair helicase  23.11 
 
 		 218 aa  68.2  0.0000000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000000151647 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  22.47 
 
 		 905 aa  65.5  0.000000004  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1412  type III restriction protein res subunit  20.83 
 
 		 556 aa  64.3  0.000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00105152  normal  0.0540272 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2320  type III restriction protein res subunit  22.84 
 
 		 593 aa  63.9  0.000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000427068 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0931  type III restriction protein res subunit  22.35 
 
 		 586 aa  63.5  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.355478  normal  0.978518 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0344  type I restriction-modification system, R subunit  24.6 
 
 		 770 aa  63.9  0.00000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000108762  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0355  type III restriction enzyme, res subunit  23.19 
 
 		 596 aa  63.5  0.00000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.098863  normal  0.390536 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2743  type III restriction protein res subunit  21.98 
 
 		 618 aa  63.2  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.100626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0145  type III restriction enzyme, res subunit  22.61 
 
 		 574 aa  62.8  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3772  type III restriction protein res subunit  21.84 
 
 		 594 aa  61.6  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.513418 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2695  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  23.79 
 
 		 504 aa  60.5  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.089972  hitchhiker  0.000356695 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  22.48 
 
 		 949 aa  60.1  0.0000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25110  DNA/RNA helicase, superfamily II  22.14 
 
 		 593 aa  60.5  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.862041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  23.34 
 
 		 629 aa  59.3  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  24.89 
 
 		 804 aa  60.1  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1352  helicase-like  24.03 
 
 		 928 aa  58.9  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  23.17 
 
 		 848 aa  58.9  0.0000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  22.55 
 
 		 771 aa  58.2  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3774  type III restriction protein res subunit  21.87 
 
 		 583 aa  57.8  0.0000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.476443  normal  0.253817 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0376  type III restriction protein res subunit  22.01 
 
 		 574 aa  57.8  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4538  type III restriction protein res subunit  21.45 
 
 		 565 aa  57.8  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.179492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  22.79 
 
 		 462 aa  57.8  0.0000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  24.71 
 
 		 797 aa  57.4  0.0000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08280  DNA/RNA helicase, superfamily II  21.48 
 
 		 606 aa  55.8  0.000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.265179  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2172  helicase-like  22.99 
 
 		 922 aa  56.2  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.338314  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0822  helicase domain-containing protein  22.83 
 
 		 886 aa  56.6  0.000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3077  type III restriction protein res subunit  24.18 
 
 		 980 aa  56.2  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  24.17 
 
 		 974 aa  55.8  0.000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1473  type III restriction enzyme, res subunit  21.65 
 
 		 577 aa  55.8  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.967001 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0652  type III restriction enzyme, res subunit  37.84 
 
 		 630 aa  55.5  0.000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  unclonable  0.000000732435  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3146  type III restriction protein res subunit  22.68 
 
 		 630 aa  55.5  0.000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0164842  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1599  helicase domain protein  23.43 
 
 		 889 aa  55.1  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0244124  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  22.76 
 
 		 469 aa  54.7  0.000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0902  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit related helicase  23.75 
 
 		 1113 aa  54.3  0.000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.164801  hitchhiker  0.00000563993 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  23.23 
 
 		 821 aa  54.3  0.000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  24.55 
 
 		 802 aa  53.9  0.000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0037  helicase domain protein  22.29 
 
 		 1636 aa  53.9  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.527167  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0270  DEAD/DEAH box helicase  23.53 
 
 		 790 aa  53.9  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  26.53 
 
 		 783 aa  53.5  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0803  type III restriction enzyme, res subunit  24.45 
 
 		 1137 aa  53.9  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.874877  normal  0.710753 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0337  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  23.32 
 
 		 979 aa  53.5  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  28.46 
 
 		 545 aa  53.9  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>