165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0037 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0037  helicase domain protein  100 
 
 		 1636 aa  3417    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.527167  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0380  DEAD/DEAH box helicase-like  46.1 
 
 		 1301 aa  885    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.145583  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3139  helicase domain-containing protein  57.09 
 
 		 576 aa  643    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3143  helicase domain-containing protein  77.25 
 
 		 1063 aa  1688    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.833808  n/a   
 
 
-
 
NC_008507  LACR_E6  superfamily II DNA/RNA helicase  41.68 
 
 		 1560 aa  1250    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4323  type III restriction enzyme, res subunit  45.16 
 
 		 1613 aa  1415    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0578  type III restriction enzyme, res subunit  46.58 
 
 		 1609 aa  1426    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2642  type III restriction protein res subunit  43.73 
 
 		 1632 aa  1326    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0102  adenine specific DNA methyltransferase, putative  43.2 
 
 		 1615 aa  1317    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675246  hitchhiker  0.0000128241 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14100  predicted helicase  41.11 
 
 		 1847 aa  1215    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.605074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1937  superfamily II DNA/RNA helicase  35.86 
 
 		 1024 aa  546  1e-154  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00156892  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2194  superfamily II DNA/RNA helicase  35.29 
 
 		 1021 aa  542  9.999999999999999e-153  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1662  adenine specific DNA methyltransferase  34.94 
 
 		 1005 aa  498  1e-139  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0378  helicase domain-containing protein  43 
 
 		 475 aa  395  1e-108  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00371  hypothetical protein  34.58 
 
 		 977 aa  311  5e-83  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00521  hypothetical protein  33.18 
 
 		 1341 aa  300  2e-79  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0602  helicase, putative  29.46 
 
 		 1004 aa  268  7e-70  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00541  hypothetical protein  31.57 
 
 		 921 aa  265  6e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5507  type III restriction enzyme, res subunit  43.19 
 
 		 301 aa  232  5e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000769547 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0066  hypothetical protein  63.35 
 
 		 165 aa  202  5e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0310  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase, putative  24.3 
 
 		 1116 aa  162  7e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0925  adenine specific DNA methyltransferase  24.02 
 
 		 1049 aa  158  7e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00490448  normal  0.369503 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1350  hypothetical protein  43.22 
 
 		 221 aa  154  2e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.588656  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5505  helicase-associated  31.4 
 
 		 871 aa  153  2e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000739697 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0340  adenine specific DNA methyltransferase  23.71 
 
 		 1064 aa  142  3.9999999999999997e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0570393 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0499  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase, putative  22.48 
 
 		 1047 aa  130  2.0000000000000002e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1765  hypothetical protein  24.85 
 
 		 1098 aa  129  6e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1196  adenine specific DNA methyltransferase  22.62 
 
 		 1059 aa  124  9.999999999999999e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  unclonable  0.0000965363  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3195  adenine specific DNA methyltransferase  23.45 
 
 		 1125 aa  108  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.000607783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3803  helicase-like protein  22.27 
 
 		 1176 aa  95.1  9e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.230182  hitchhiker  0.00335378 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1102  putative DNA methyltransferase  19.89 
 
 		 1100 aa  72.8  0.00000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.822518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  25 
 
 		 1068 aa  72.4  0.00000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1255  DEAD/DEAH box helicase  23 
 
 		 811 aa  68.9  0.0000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3225  EcoEI R domain-containing protein  25.05 
 
 		 815 aa  68.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376811  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0840  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  23.69 
 
 		 1068 aa  67.4  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.473643  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  22.82 
 
 		 797 aa  67.8  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2721  putative DNA methyltransferase  21.83 
 
 		 1121 aa  67.4  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  23.35 
 
 		 1149 aa  67.4  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3086  Type I site-specific deoxyribonuclease  24.71 
 
 		 813 aa  67  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.461628  normal  0.442211 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  22.61 
 
 		 770 aa  66.6  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  21.9 
 
 		 800 aa  66.2  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  24.44 
 
 		 776 aa  64.7  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3651  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  24.67 
 
 		 1126 aa  63.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3535  hypothetical protein  24.84 
 
 		 815 aa  64.3  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.115476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2096  type III restriction protein res subunit  22.46 
 
 		 889 aa  63.5  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0344  type I restriction-modification system, R subunit  20.71 
 
 		 770 aa  62.8  0.00000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000108762  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1309  EcoEI R domain-containing protein  24.84 
 
 		 824 aa  62.4  0.00000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  23.21 
 
 		 809 aa  62.4  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0964  helicase domain-containing protein  37.8 
 
 		 84 aa  62.4  0.00000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.317266  normal  0.503328 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2481  type III restriction enzyme, res subunit  23 
 
 		 706 aa  61.6  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.839221  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4614  EcoEI R domain-containing protein  22.32 
 
 		 790 aa  61.6  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000837819 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1475  type I restriction-modification system, R subunit  23.01 
 
 		 761 aa  61.6  0.0000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1193  EcoEI R domain protein  25.6 
 
 		 827 aa  60.8  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325861  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4740  type I restriction-modification system, R subunit  23.08 
 
 		 787 aa  61.2  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141278 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  40.24 
 
 		 462 aa  60.8  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6047  type I restriction-modification system subunit R  21.75 
 
 		 788 aa  61.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.494965  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02066  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  25.36 
 
 		 1157 aa  60.5  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0388  type III restriction protein res subunit  23.46 
 
 		 907 aa  60.5  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000267171 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  25.6 
 
 		 817 aa  60.5  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  22.94 
 
 		 780 aa  60.1  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02070  type I restriction enzyme EcoAI R protein  22.94 
 
 		 793 aa  58.9  0.0000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  23.83 
 
 		 784 aa  58.9  0.0000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  23.83 
 
 		 784 aa  58.9  0.0000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  22.42 
 
 		 825 aa  58.2  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  24.01 
 
 		 796 aa  57.8  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  23.09 
 
 		 812 aa  57.4  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  22.32 
 
 		 829 aa  56.6  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  23.74 
 
 		 760 aa  57  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5510  putative DNA methyltransferase  20.53 
 
 		 555 aa  57  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.113009  normal  0.19164 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  21.94 
 
 		 765 aa  57  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  21.88 
 
 		 824 aa  57  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  22.26 
 
 		 821 aa  56.6  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  22.52 
 
 		 802 aa  56.6  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  22.73 
 
 		 810 aa  56.6  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  25.84 
 
 		 783 aa  56.2  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0352  EcoEI R domain-containing protein  23.21 
 
 		 791 aa  56.2  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  23.52 
 
 		 760 aa  55.8  0.000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0785  EcoEI R domain-containing protein  23.32 
 
 		 791 aa  55.8  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519017  normal  0.352411 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  23.16 
 
 		 776 aa  55.5  0.000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2946  hypothetical protein  24.15 
 
 		 730 aa  55.5  0.000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.505303  hitchhiker  0.00920589 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2440  type III restriction protein res subunit  23.39 
 
 		 591 aa  54.7  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  24.54 
 
 		 793 aa  55.1  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1030  type III restriction enzyme, res subunit  22.75 
 
 		 893 aa  55.1  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0182402  normal  0.455384 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2354  type III restriction protein res subunit  23.18 
 
 		 586 aa  55.1  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  22.62 
 
 		 787 aa  55.1  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  23.99 
 
 		 815 aa  54.7  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4267  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  23.98 
 
 		 1188 aa  54.3  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2963  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.76 
 
 		 1167 aa  53.9  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  23.26 
 
 		 780 aa  53.9  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1374  type III restriction protein res subunit  22.29 
 
 		 707 aa  54.3  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.304908  normal  0.550958 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2719  putative helicase  24.23 
 
 		 585 aa  54.3  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00330465  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  23.25 
 
 		 967 aa  53.9  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2724  type III restriction protein res subunit  26.87 
 
 		 936 aa  54.7  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1489  putative helicase  24.23 
 
 		 585 aa  54.3  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2794  type III restriction protein res subunit  24.23 
 
 		 585 aa  54.3  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183482  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2422  type III restriction enzyme, res subunit  25.17 
 
 		 1119 aa  53.5  0.00003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.567699  normal  0.274661 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0516  type I restriction-modification system R subunit (endonuclease)  21.65 
 
 		 1115 aa  53.9  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1604  helicase-associated  23.43 
 
 		 1256 aa  53.5  0.00003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.108041 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2313  type III restriction protein res subunit  23.21 
 
 		 706 aa  53.5  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  21.3 
 
 		 905 aa  52.8  0.00006  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>