140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00119 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_00119  Type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 744 aa  1545    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.431054  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4050  type III restriction protein res subunit  38.89 
 
 		 453 aa  325  1e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0396258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2199  Type III restriction enzyme, res subunit  34.51 
 
 		 492 aa  275  3e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2593  type III restriction protein res subunit  34.56 
 
 		 493 aa  266  8e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2481  type III restriction enzyme, res subunit  29.05 
 
 		 706 aa  264  4e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.839221  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1942  type III restriction enzyme, res subunit  35.08 
 
 		 469 aa  259  2e-67  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.823738  normal  0.0282791 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2052  type III restriction protein res subunit  33.26 
 
 		 489 aa  254  3e-66  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2026  type III restriction protein res subunit  33.04 
 
 		 489 aa  251  3e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1537  type III restriction enzyme, res subunit  26.92 
 
 		 732 aa  224  4e-57  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1374  type III restriction protein res subunit  28.59 
 
 		 707 aa  223  9.999999999999999e-57  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.304908  normal  0.550958 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0497  type III restriction protein res subunit  26.01 
 
 		 696 aa  206  9e-52  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.154157  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2087  type III restriction enzyme, res subunit  28.71 
 
 		 715 aa  203  9.999999999999999e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.167702  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1686  type III restriction enzyme, res subunit  31.47 
 
 		 698 aa  199  2.0000000000000003e-49  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.025526  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2313  type III restriction protein res subunit  28.53 
 
 		 706 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1040  type III restriction enzyme, res subunit  26.45 
 
 		 385 aa  137  8e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.343931  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1769  type III restriction enzyme, res subunit  27.87 
 
 		 464 aa  123  9.999999999999999e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1762  type III restriction enzyme, res subunit  24.78 
 
 		 451 aa  107  1e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4564  helicase-like  26.96 
 
 		 453 aa  105  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0308  type III restriction protein res subunit  24.52 
 
 		 449 aa  102  2e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1936  type III restriction protein res subunit  25.11 
 
 		 551 aa  97.8  6e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0298009  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0100  type III restriction protein res subunit  25.67 
 
 		 440 aa  97.1  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000273539  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0670  type III restriction protein res subunit  23.21 
 
 		 652 aa  95.1  4e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3185  type III restriction protein res subunit  24.59 
 
 		 466 aa  95.1  4e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1709  type III restriction protein res subunit  24.26 
 
 		 494 aa  95.1  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.17082  normal  0.0133576 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1556  type III restriction protein res subunit  23.04 
 
 		 470 aa  94  1e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1743  DNA repair helicase RAD25  23.36 
 
 		 531 aa  93.2  2e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.763617 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1455  type III restriction protein res subunit  26.63 
 
 		 444 aa  92.4  3e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.437061  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1646  type III restriction enzyme, res subunit  22.96 
 
 		 654 aa  92  4e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0299889 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2843  type III restriction protein res subunit  22.12 
 
 		 444 aa  90.1  1e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.109265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1994  type III restriction enzyme, res subunit  24.59 
 
 		 468 aa  90.1  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.143159  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3083  type III restriction protein res subunit  24.82 
 
 		 466 aa  89.4  2e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2015  type III restriction protein res subunit  23.72 
 
 		 488 aa  89.4  3e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4412  type III restriction enzyme, res subunit  24.11 
 
 		 590 aa  86.3  0.000000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.307944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0649  type III restriction enzyme, res subunit  21.92 
 
 		 462 aa  85.5  0.000000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.674278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0580  type III restriction protein res subunit  24.29 
 
 		 509 aa  85.9  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0563  type III restriction protein res subunit  24.29 
 
 		 509 aa  85.9  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0659  type III restriction protein res subunit  24.05 
 
 		 531 aa  85.1  0.000000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0079  type III restriction protein res subunit  25.42 
 
 		 499 aa  84  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.288486 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2154  type III restriction enzyme, res subunit  23.82 
 
 		 650 aa  81.3  0.00000000000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.508076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0605  type III restriction enzyme, res subunit  23.22 
 
 		 647 aa  80.9  0.00000000000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4175  type III restriction protein res subunit  24.5 
 
 		 479 aa  78.6  0.0000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.776953  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0951  Type III restriction enzyme, res subunit  25 
 
 		 517 aa  77.8  0.0000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.12396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2643  DNA repair helicase RAD25  21.98 
 
 		 491 aa  77.4  0.0000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0920189 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0299  DNA repair helicase RAD25  25 
 
 		 456 aa  77  0.000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4437  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  21.76 
 
 		 951 aa  76.3  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.118841 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0583  DNA repair helicase RAD25  23.34 
 
 		 443 aa  75.1  0.000000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.71742  normal  0.481027 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1901  type III restriction enzyme, res subunit  25.25 
 
 		 451 aa  74.3  0.000000000008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1191  type III restriction protein res subunit  26.54 
 
 		 451 aa  74.3  0.000000000008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1875  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.63 
 
 		 633 aa  72  0.00000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4977  type III restriction protein res subunit  22.45 
 
 		 479 aa  70.9  0.00000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313567  normal  0.389941 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0358  type III restriction protein res subunit  20.85 
 
 		 843 aa  69.3  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.421793  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1432  type III restriction enzyme, res subunit  23.72 
 
 		 451 aa  69.3  0.0000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.503563  normal  0.0109836 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3022  type III restriction protein res subunit  23.03 
 
 		 1597 aa  67.4  0.000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00541  hypothetical protein  24.02 
 
 		 921 aa  63.2  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2721  helicase domain-containing protein  21.6 
 
 		 590 aa  62.4  0.00000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2739  helicase domain protein  22.94 
 
 		 564 aa  62  0.00000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.628328  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10878  DNA helicase ercc3  21.21 
 
 		 542 aa  61.6  0.00000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000621155  normal  0.128196 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3225  type III restriction protein res subunit  21.6 
 
 		 2759 aa  61.2  0.00000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0355  type III restriction enzyme, res subunit  22.2 
 
 		 596 aa  60.5  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.098863  normal  0.390536 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5118  type III restriction protein res subunit  24.64 
 
 		 666 aa  59.7  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  23.15 
 
 		 813 aa  59.7  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4485  type III restriction enzyme, res subunit  20.35 
 
 		 549 aa  58.2  0.0000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.111108  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4572  type III restriction enzyme, res subunit  20.35 
 
 		 549 aa  58.2  0.0000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0637895 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4868  type III restriction enzyme, res subunit  20.35 
 
 		 549 aa  58.2  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.712757  normal  0.131426 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0773  type III restriction protein res subunit  20.6 
 
 		 463 aa  58.5  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0952838  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4190  helicase domain protein  21.2 
 
 		 548 aa  57.8  0.0000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3612  helicase domain protein  22.14 
 
 		 557 aa  57.8  0.0000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.175264  normal  0.0680888 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0809  type III restriction protein res subunit  22.6 
 
 		 556 aa  57.4  0.0000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  22.64 
 
 		 1041 aa  56.6  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0822  helicase domain-containing protein  23.51 
 
 		 886 aa  56.2  0.000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0602  helicase, putative  23.11 
 
 		 1004 aa  55.5  0.000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0516  type I restriction-modification system R subunit (endonuclease)  31.63 
 
 		 1115 aa  55.8  0.000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04056  DNA helicase of superfamily II  26 
 
 		 796 aa  55.8  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3146  type III restriction protein res subunit  22.22 
 
 		 630 aa  55.1  0.000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0164842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1210  helicase domain protein  21 
 
 		 555 aa  55.1  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3947  helicase domain-containing protein  22 
 
 		 546 aa  55.1  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  20.24 
 
 		 1029 aa  54.3  0.000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3077  type III restriction protein res subunit  21.95 
 
 		 980 aa  53.9  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  20 
 
 		 1028 aa  53.9  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5882  helicase domain protein  32.14 
 
 		 1169 aa  53.1  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  22.4 
 
 		 967 aa  52.8  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3950  helicase domain-containing protein  21.84 
 
 		 581 aa  53.5  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.626862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0652  type III restriction enzyme, res subunit  31.46 
 
 		 630 aa  52.4  0.00003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  unclonable  0.000000732435  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0931  type III restriction protein res subunit  20.7 
 
 		 586 aa  52.4  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.355478  normal  0.978518 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1039  helicase domain protein  28.32 
 
 		 663 aa  52.8  0.00003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  22.09 
 
 		 946 aa  52.8  0.00003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4341  helicase domain-containing protein  21.34 
 
 		 559 aa  52.4  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0909  type III restriction protein res subunit  21.46 
 
 		 1042 aa  52  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.252212  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3039  type III restriction protein res subunit  21.96 
 
 		 649 aa  51.2  0.00007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17070  DNA/RNA helicase, superfamily II  20.15 
 
 		 1031 aa  51.2  0.00007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  21.29 
 
 		 952 aa  50.8  0.00009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2673  type III restriction protein res subunit  23.14 
 
 		 665 aa  50.1  0.0001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.142011  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  18.79 
 
 		 1017 aa  50.4  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3118  helicase-like  23.2 
 
 		 1065 aa  50.8  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.482312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4237  helicase-like  23.2 
 
 		 1065 aa  50.8  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00803691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  31.82 
 
 		 848 aa  49.7  0.0002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  22.62 
 
 		 993 aa  48.9  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  21.69 
 
 		 1062 aa  48.9  0.0003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01111  hypothetical protein  24.86 
 
 		 778 aa  48.9  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12931  hypothetical protein  20.68 
 
 		 626 aa  48.5  0.0004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.129963  normal  0.499246 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>