More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_1279 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_1279  Choline dehydrogenase  100 
 
 		 544 aa  1128    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5650  Choline dehydrogenase  37.77 
 
 		 559 aa  351  2e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.68 
 
 		 529 aa  346  6e-94  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.5 
 
 		 539 aa  345  1e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.59 
 
 		 546 aa  341  2e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.296115 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  36.97 
 
 		 550 aa  337  1.9999999999999998e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4459  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.78 
 
 		 560 aa  335  2e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0573714  hitchhiker  0.00237498 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  37.68 
 
 		 534 aa  333  3e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  37.27 
 
 		 541 aa  333  4e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.01 
 
 		 546 aa  333  6e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.24 
 
 		 538 aa  330  4e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.43 
 
 		 530 aa  328  1.0000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.1 
 
 		 543 aa  328  1.0000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  38.26 
 
 		 574 aa  328  2.0000000000000001e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.99 
 
 		 541 aa  328  2.0000000000000001e-88  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.36 
 
 		 531 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3792  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.41 
 
 		 535 aa  327  3e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.5 
 
 		 534 aa  326  8.000000000000001e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.35 
 
 		 552 aa  325  1e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  38.55 
 
 		 557 aa  325  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  37.48 
 
 		 559 aa  323  4e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1635  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.18 
 
 		 534 aa  323  5e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.643208  normal  0.915824 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5121  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.27 
 
 		 530 aa  323  6e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1502  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.7 
 
 		 535 aa  323  6e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.32 
 
 		 541 aa  321  1.9999999999999998e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  36.73 
 
 		 559 aa  320  3e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.62 
 
 		 534 aa  320  6e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.61 
 
 		 549 aa  317  3e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.28 
 
 		 518 aa  317  4e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  35.99 
 
 		 531 aa  317  4e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3020  choline dehydrogenase  35.98 
 
 		 553 aa  316  6e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.32 
 
 		 563 aa  315  9e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1949  GMC family oxidoreductase  36.15 
 
 		 550 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0586145  unclonable  0.000000512241 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1614  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  36.88 
 
 		 547 aa  314  1.9999999999999998e-84  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6848  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.11 
 
 		 556 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.90225 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.81 
 
 		 531 aa  315  1.9999999999999998e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2513  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.29 
 
 		 571 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0138495  normal  0.356512 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.98 
 
 		 542 aa  314  2.9999999999999996e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4942  choline dehydrogenase  34.9 
 
 		 520 aa  314  2.9999999999999996e-84  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.953244  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2557  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.67 
 
 		 526 aa  314  2.9999999999999996e-84  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.261253  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.46 
 
 		 550 aa  313  3.9999999999999997e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4708  Choline dehydrogenase  35.24 
 
 		 513 aa  313  4.999999999999999e-84  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4081  choline dehydrogenase  35.62 
 
 		 560 aa  313  4.999999999999999e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.04 
 
 		 532 aa  313  4.999999999999999e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.44 
 
 		 546 aa  313  5.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.59 
 
 		 534 aa  312  1e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.917916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3115  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.63 
 
 		 546 aa  312  1e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3067  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.15 
 
 		 546 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.766547 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.58 
 
 		 551 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.89 
 
 		 546 aa  310  5e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.943392 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0194  GMC family oxidoreductase  38.52 
 
 		 548 aa  309  8e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3089  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.78 
 
 		 546 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.203231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3070  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.78 
 
 		 546 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.606173  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.53 
 
 		 551 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  35.86 
 
 		 572 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2456  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.78 
 
 		 546 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101134  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3910  Choline dehydrogenase  37.36 
 
 		 531 aa  308  2.0000000000000002e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  35.17 
 
 		 549 aa  307  3e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0278  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase family protein  34.66 
 
 		 556 aa  307  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914416  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.46 
 
 		 555 aa  307  3e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11305  dehydrogenase FAD flavoprotein GMC oxidoreductase  36.4 
 
 		 528 aa  307  3e-82  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1846  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.9 
 
 		 547 aa  307  3e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0061  GMC oxidoreductase  34.66 
 
 		 556 aa  307  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0062  GMC oxidoreductase  34.66 
 
 		 556 aa  307  3e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3372  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  35.47 
 
 		 539 aa  307  4.0000000000000004e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.16 
 
 		 578 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0317  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.53 
 
 		 511 aa  306  7e-82  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2933  oxidoreductase, GMC family protein  36.72 
 
 		 561 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  36.75 
 
 		 562 aa  305  2.0000000000000002e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3378  oxidoreductase, GMC family protein  36.72 
 
 		 561 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.869228  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3995  GMC family oxidoreductase  36.72 
 
 		 561 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.530618  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1610  oxidoreductase, GMC family protein  36.72 
 
 		 561 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2991  oxidoreductase, GMC family protein  36.72 
 
 		 561 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3919  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.56 
 
 		 572 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.326511  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5514  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.33 
 
 		 537 aa  304  3.0000000000000004e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0201  oxidoreductase, GMC family protein  36.53 
 
 		 561 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.260049  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.72 
 
 		 577 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713026  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1946  choline dehydrogenase  36.06 
 
 		 560 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4528  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.43 
 
 		 550 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.167866 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7146  Choline dehydrogenase  37.69 
 
 		 514 aa  303  4.0000000000000003e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0527106 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2716  putative GMC oxidoreductase  36.4 
 
 		 562 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0889  choline dehydrogenase  34.44 
 
 		 549 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.8 
 
 		 569 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4069  GMC family oxidoreductase  36.53 
 
 		 561 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2659  GMC oxidoreductase  34.72 
 
 		 549 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1833  GMC oxidoreductase  34.72 
 
 		 549 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0554  choline dehydrogenase  34.81 
 
 		 549 aa  302  8.000000000000001e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3294  GMC oxidoreductase  34.72 
 
 		 549 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.38455  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2719  GMC oxidoreductase  34.72 
 
 		 549 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.972032  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0670  GMC family oxidoreductase  33.27 
 
 		 534 aa  302  9e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.93 
 
 		 544 aa  301  1e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3345  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  35.94 
 
 		 544 aa  301  1e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  35.17 
 
 		 565 aa  302  1e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0562  choline dehydrogenase  34.99 
 
 		 549 aa  302  1e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.55111 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0776  choline dehydrogenase  34.62 
 
 		 549 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0802775 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1144  choline dehydrogenase  35.75 
 
 		 551 aa  302  1e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4211  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.78 
 
 		 559 aa  301  2e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0553  choline dehydrogenase  34.62 
 
 		 549 aa  301  3e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.93918  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2042  L-sorbose dehydrogenase, FAD dependent, putative  36.5 
 
 		 544 aa  301  3e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0700873  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0054  GMC oxidoreductase  34.12 
 
 		 556 aa  301  3e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810146  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>