More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_0603 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_0603  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  100 
 
 		 199 aa  395  1e-109  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2863  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  80.85 
 
 		 190 aa  315  4e-85  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00140863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0245  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  84.09 
 
 		 213 aa  305  2.0000000000000002e-82  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2242  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  81.14 
 
 		 188 aa  296  1e-79  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0658  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  74.74 
 
 		 190 aa  292  2e-78  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0285  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  54.89 
 
 		 194 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2280  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  55.79 
 
 		 192 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000121827  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1321  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  50.52 
 
 		 206 aa  184  9e-46  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2207  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  49.73 
 
 		 189 aa  177  7e-44  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3454  DNA-directed RNA polymerase  47.62 
 
 		 191 aa  174  9.999999999999999e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1488  DNA-directed RNA polymerase  49.16 
 
 		 189 aa  174  9.999999999999999e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.462584  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0728  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  46.88 
 
 		 192 aa  172  2.9999999999999996e-42  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.878549 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1425  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  43.09 
 
 		 188 aa  164  8e-40  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1197  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  44.89 
 
 		 187 aa  161  5.0000000000000005e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.824142  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1437  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  44.32 
 
 		 187 aa  160  9e-39  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.194518 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0471  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  44.32 
 
 		 187 aa  160  2e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2396  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  43.92 
 
 		 191 aa  157  7e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0568  DNA-directed RNA polymerase  45.92 
 
 		 199 aa  155  5.0000000000000005e-37  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.686614  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0280  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  42.27 
 
 		 195 aa  154  8e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.45768  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1235  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  39.8 
 
 		 198 aa  143  1e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2241  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  38.65 
 
 		 176 aa  117  9.999999999999999e-26  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.270125  hitchhiker  0.00212612 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1136  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  35.26 
 
 		 211 aa  112  4.0000000000000004e-24  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.418303 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1391  DNA-directed RNA polymerase  36.61 
 
 		 180 aa  111  8.000000000000001e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0922  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  34.27 
 
 		 195 aa  91.3  8e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.188149 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2231  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  32.43 
 
 		 191 aa  89  4e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.569395 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0897  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  33.14 
 
 		 191 aa  88.2  7e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.762651  normal  0.613497 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0415  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  35.64 
 
 		 222 aa  87.8  9e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1990  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  32.8 
 
 		 194 aa  78.6  0.00000000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34242  subunit of RNA polymerase III  25.87 
 
 		 196 aa  61.6  0.000000007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0406434 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2420  ribonuclease R  37.5 
 
 		 770 aa  60.1  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.173356  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2101  RNAse R  37.5 
 
 		 771 aa  59.7  0.00000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000122542  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  29.63 
 
 		 762 aa  58.5  0.00000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  36.11 
 
 		 770 aa  57.4  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37948  predicted protein  23.42 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0428372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  32 
 
 		 808 aa  56.2  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  33.59 
 
 		 763 aa  55.8  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35680  predicted protein  28.95 
 
 		 181 aa  55.8  0.0000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  35.21 
 
 		 758 aa  55.8  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  32.95 
 
 		 833 aa  55.1  0.0000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  34.72 
 
 		 752 aa  55.1  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  34.67 
 
 		 821 aa  54.7  0.0000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28240  RNA polymerase II subunit  25.33 
 
 		 173 aa  54.3  0.000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.18212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 824 aa  53.1  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  28.04 
 
 		 824 aa  53.9  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  35.62 
 
 		 814 aa  53.5  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  35.14 
 
 		 813 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  35.14 
 
 		 813 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  35.14 
 
 		 813 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 812 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 813 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 813 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 813 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 812 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 812 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 812 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 813 aa  53.1  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 812 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 813 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 813 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  34.25 
 
 		 808 aa  52.4  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  34.25 
 
 		 810 aa  52.4  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  34.25 
 
 		 808 aa  52.4  0.000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  34.25 
 
 		 812 aa  52.4  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  34.25 
 
 		 806 aa  52.4  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  34.25 
 
 		 804 aa  52.4  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  34.25 
 
 		 792 aa  52.4  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  31.51 
 
 		 830 aa  52  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  34.25 
 
 		 808 aa  52.4  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  34.25 
 
 		 806 aa  52.4  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  34.25 
 
 		 806 aa  52.4  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  32.74 
 
 		 562 aa  52  0.000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  32 
 
 		 810 aa  51.6  0.000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  26.83 
 
 		 807 aa  51.6  0.000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  32.97 
 
 		 828 aa  51.6  0.000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  32.97 
 
 		 819 aa  51.6  0.000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  32.39 
 
 		 774 aa  51.6  0.000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  30.67 
 
 		 807 aa  51.6  0.000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  30.67 
 
 		 807 aa  51.6  0.000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  30.67 
 
 		 807 aa  51.6  0.000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  30.67 
 
 		 819 aa  51.6  0.000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0401  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.5 
 
 		 721 aa  51.6  0.000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  30.67 
 
 		 807 aa  51.6  0.000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  30.67 
 
 		 808 aa  51.2  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND04750  conserved hypothetical protein  20.41 
 
 		 172 aa  50.8  0.00001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.551706  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1466  RNA-binding S1 domain-containing protein  37.93 
 
 		 769 aa  51.2  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2628  Tex-like protein protein-like protein  34.55 
 
 		 801 aa  50.8  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.168465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  29.63 
 
 		 826 aa  50.8  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  32.88 
 
 		 804 aa  50.8  0.00001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  30.67 
 
 		 808 aa  50.8  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  30.67 
 
 		 808 aa  51.2  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  30.67 
 
 		 809 aa  51.2  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  30.67 
 
 		 833 aa  50.1  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 818 aa  50.1  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  30.14 
 
 		 834 aa  50.1  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  29.33 
 
 		 829 aa  50.1  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4015  RNA-binding S1 domain-containing protein  33.71 
 
 		 803 aa  49.7  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 818 aa  49.7  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  29.55 
 
 		 818 aa  49.7  0.00003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  29.33 
 
 		 817 aa  49.7  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  33.33 
 
 		 715 aa  49.3  0.00004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>