More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_8676 on replicon NC_011892
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 303 aa  587  1e-167  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  71.85 
 
 		 297 aa  353  2e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  60.75 
 
 		 311 aa  331  1e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  62.11 
 
 		 294 aa  323  2e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  58.36 
 
 		 318 aa  321  8e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  58.36 
 
 		 318 aa  321  8e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  58.7 
 
 		 294 aa  319  3e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  60.14 
 
 		 316 aa  317  1e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  60.14 
 
 		 316 aa  317  2e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 287 aa  287  1e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  52.98 
 
 		 287 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  52.98 
 
 		 287 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  40.78 
 
 		 293 aa  199  5e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  40.43 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 		 288 aa  176  6e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  42.28 
 
 		 294 aa  172  9e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 291 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  42.28 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 300 aa  168  9e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 291 aa  165  9e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 292 aa  165  9e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 295 aa  165  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 286 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 316 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 306 aa  161  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 		 290 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 		 290 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 290 aa  159  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 296 aa  159  5e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  38.6 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 296 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 299 aa  155  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  38.6 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  39.84 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 386 aa  152  5e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 304 aa  148  9e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  39.17 
 
 		 293 aa  142  5e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  39.17 
 
 		 293 aa  142  5e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 294 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 300 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  38.24 
 
 		 304 aa  139  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  37.39 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 291 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 289 aa  134  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 292 aa  132  6e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 292 aa  130  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 296 aa  129  6e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 291 aa  124  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 321 aa  123  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 291 aa  122  6e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 284 aa  120  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 291 aa  119  4.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.17 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.81 
 
 		 296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  31.8 
 
 		 313 aa  116  5e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  29.49 
 
 		 296 aa  115  6.9999999999999995e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 313 aa  112  5e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  31.61 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 315 aa  109  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 305 aa  108  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 305 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 300 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2240  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.074644  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  31.23 
 
 		 317 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70560  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6121  putative transcriptional regulator  30.67 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2267  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 290 aa  107  3e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.211668  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2227  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 290 aa  107  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000599262  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 332 aa  107  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  25.93 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2435  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 290 aa  107  3e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0368529  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  23.1 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1265  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  107  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 294 aa  107  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 317 aa  107  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 309 aa  106  5e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2451  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 290 aa  106  5e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.893513 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  26.34 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  23.1 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 		 294 aa  105  7e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 300 aa  105  7e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2184  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 290 aa  105  7e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.529425  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 300 aa  105  7e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>