More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1817 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_0516  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  88.19 
 
 
381 aa  675    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2153  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  100 
 
 
384 aa  791    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.666004  normal  0.11423 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1817  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  100 
 
 
384 aa  791    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1769  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  97.66 
 
 
384 aa  775    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5988  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  79.37 
 
 
379 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257809  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5768  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  80.91 
 
 
379 aa  600  1e-170  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal  0.949586 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1799  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  69.13 
 
 
391 aa  541  1e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.125674  normal  0.916048 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.44 
 
 
371 aa  469  1.0000000000000001e-131  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1151  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  64 
 
 
373 aa  464  9.999999999999999e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00861011 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.11 
 
 
373 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3319  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.06 
 
 
381 aa  436  1e-121  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.328193 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.03 
 
 
398 aa  433  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0883  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.18 
 
 
399 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.17 
 
 
395 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  59.83 
 
 
372 aa  419  1e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.37 
 
 
368 aa  409  1e-113  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.92 
 
 
392 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.98 
 
 
414 aa  408  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.89 
 
 
380 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.26 
 
 
380 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.7 
 
 
380 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0689  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.41 
 
 
389 aa  396  1e-109  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62446  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.96 
 
 
375 aa  397  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.8 
 
 
372 aa  394  1e-108  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.150744  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2359  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.66 
 
 
378 aa  380  1e-104  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  53.29 
 
 
370 aa  362  5.0000000000000005e-99  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2175  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  53.68 
 
 
350 aa  352  5.9999999999999994e-96  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0292  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.85 
 
 
386 aa  342  5e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.876947 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.38 
 
 
373 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0775464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4674  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.74 
 
 
389 aa  335  7.999999999999999e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0509  coenzyme PQQ synthesis protein E  44.5 
 
 
389 aa  334  1e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0376  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  43.78 
 
 
376 aa  333  4e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0401  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  43.78 
 
 
376 aa  333  4e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0405  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  42.97 
 
 
386 aa  333  4e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4827  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.03 
 
 
382 aa  332  9e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1680  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.53 
 
 
397 aa  330  2e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.725852 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1782  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.45 
 
 
389 aa  328  9e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.13 
 
 
379 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.49 
 
 
378 aa  326  5e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1969  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.56 
 
 
384 aa  325  7e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.046264  normal  0.222604 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.7 
 
 
370 aa  325  1e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2623  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.66 
 
 
385 aa  323  4e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.29 
 
 
381 aa  322  7e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2470  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.96 
 
 
407 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.616066 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6512  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.54 
 
 
405 aa  318  1e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0847554 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1702  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.82 
 
 
375 aa  317  2e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.475579 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41640  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.99 
 
 
383 aa  317  2e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177576  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2492  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.01 
 
 
400 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250234  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2098  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.44 
 
 
400 aa  312  4.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.456256  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5162  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  43.28 
 
 
379 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.426022 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4038  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.48 
 
 
370 aa  310  2e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.107289  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.67 
 
 
414 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0973479  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0729  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.29 
 
 
380 aa  310  2.9999999999999997e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.10573 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  43.7 
 
 
379 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.384282  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5119  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  43.7 
 
 
379 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.61 
 
 
371 aa  306  3e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5901  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  42.36 
 
 
374 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.630073 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2836  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.78 
 
 
381 aa  302  5.000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3053  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.55 
 
 
385 aa  303  5.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6168  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  43.02 
 
 
374 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0169631  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5965  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  43.02 
 
 
387 aa  295  6e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0233125 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0248  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.08 
 
 
386 aa  289  6e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239329 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1588  Radical SAM domain protein  25.21 
 
 
361 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.362725  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  28.07 
 
 
380 aa  113  5e-24  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  26.39 
 
 
380 aa  105  1e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  26.88 
 
 
389 aa  105  2e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  26.58 
 
 
378 aa  103  3e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  27.03 
 
 
377 aa  104  3e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  24.73 
 
 
479 aa  104  3e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  25.28 
 
 
384 aa  104  3e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  26.23 
 
 
565 aa  103  4e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  25.14 
 
 
349 aa  101  2e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  26.59 
 
 
377 aa  101  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  26.67 
 
 
404 aa  100  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  24.63 
 
 
333 aa  99  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  26.09 
 
 
346 aa  99.4  1e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  25.07 
 
 
358 aa  99  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  27.11 
 
 
366 aa  99  1e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  24.87 
 
 
402 aa  97.4  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  25 
 
 
373 aa  97.1  5e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0516  radical SAM domain-containing protein  26.35 
 
 
343 aa  96.7  6e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  24.52 
 
 
501 aa  96.3  7e-19  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  27.37 
 
 
480 aa  95.9  1e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  26.11 
 
 
380 aa  95.1  2e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4243  Radical SAM domain protein  26.76 
 
 
360 aa  95.5  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  24.7 
 
 
347 aa  94.7  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  23.88 
 
 
399 aa  94.4  3e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2352  radical SAM family protein  25.51 
 
 
487 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  24.7 
 
 
332 aa  92  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  24.56 
 
 
373 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  23.34 
 
 
405 aa  91.3  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1679  Radical SAM domain protein  27.43 
 
 
364 aa  91.7  2e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.830639 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  24.06 
 
 
363 aa  90.5  4e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  23.51 
 
 
414 aa  90.1  6e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  27.95 
 
 
405 aa  89.7  7e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  25.37 
 
 
389 aa  89  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  26.46 
 
 
372 aa  89.4  1e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0505  radical SAM domain-containing protein  25.08 
 
 
367 aa  89.4  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  26.67 
 
 
407 aa  89.4  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0794  radical SAM domain-containing protein  27.89 
 
 
446 aa  89.4  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>