262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A0285 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007355  Mbar_A0285  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  100 
 
 		 194 aa  393  1e-108  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2280  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  71.35 
 
 		 192 aa  278  4e-74  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000121827  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2863  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  54.26 
 
 		 190 aa  222  2e-57  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00140863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1321  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  62.43 
 
 		 206 aa  216  2e-55  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0658  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  51.87 
 
 		 190 aa  214  5e-55  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0603  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  55.68 
 
 		 199 aa  213  9.999999999999999e-55  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2242  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  55.43 
 
 		 188 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0245  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  53.41 
 
 		 213 aa  204  5e-52  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1197  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  50 
 
 		 187 aa  198  3e-50  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.824142  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1437  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  50 
 
 		 187 aa  197  7e-50  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.194518 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1425  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  47.34 
 
 		 188 aa  197  7.999999999999999e-50  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0471  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  49.43 
 
 		 187 aa  196  1.0000000000000001e-49  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0280  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  48.11 
 
 		 195 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.45768  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2207  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  48.63 
 
 		 189 aa  180  1e-44  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3454  DNA-directed RNA polymerase  47.34 
 
 		 191 aa  178  2.9999999999999997e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0728  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  48.09 
 
 		 192 aa  177  8e-44  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.878549 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1488  DNA-directed RNA polymerase  45.95 
 
 		 189 aa  176  1e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.462584  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2396  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  46.74 
 
 		 191 aa  175  3e-43  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0568  DNA-directed RNA polymerase  44.79 
 
 		 199 aa  159  2e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.686614  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1235  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  40.32 
 
 		 198 aa  152  2.9999999999999998e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2241  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  40.91 
 
 		 176 aa  139  3e-32  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.270125  hitchhiker  0.00212612 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1391  DNA-directed RNA polymerase  42.62 
 
 		 180 aa  135  3.0000000000000003e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1136  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  34.72 
 
 		 211 aa  132  3e-30  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.418303 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0415  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  36.7 
 
 		 222 aa  105  3e-22  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0922  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  32.97 
 
 		 195 aa  102  3e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.188149 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2231  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  31.89 
 
 		 191 aa  101  6e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.569395 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0897  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  30.94 
 
 		 191 aa  92  4e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.762651  normal  0.613497 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1990  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  31.15 
 
 		 194 aa  88.6  6e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34242  subunit of RNA polymerase III  30.56 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0406434 
 
 
-
 
NC_006686  CND04750  conserved hypothetical protein  22.41 
 
 		 172 aa  60.8  0.00000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.551706  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  34.02 
 
 		 824 aa  59.3  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  34.55 
 
 		 818 aa  57.4  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  34.95 
 
 		 819 aa  57.4  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  36.49 
 
 		 812 aa  57.4  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  36.49 
 
 		 812 aa  57.4  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  36.49 
 
 		 812 aa  57.4  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  36.49 
 
 		 812 aa  57.4  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  36.49 
 
 		 812 aa  57.4  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_19835  predicted protein  28.16 
 
 		 208 aa  57  0.0000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.241408  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28240  RNA polymerase II subunit  21.02 
 
 		 173 aa  57  0.0000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.18212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  35.62 
 
 		 804 aa  56.6  0.0000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  34.55 
 
 		 818 aa  55.8  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  35.14 
 
 		 833 aa  55.1  0.0000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  36.11 
 
 		 752 aa  54.7  0.0000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01521  RNA polymerase II subunit 7 (AFU_orthologue; AFUA_8G05300)  24.5 
 
 		 169 aa  53.9  0.000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  35.14 
 
 		 813 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  35.14 
 
 		 813 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 813 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 813 aa  54.3  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 813 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 813 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 813 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  32.76 
 
 		 821 aa  53.9  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_15619  predicted protein  25.58 
 
 		 208 aa  54.3  0.000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 813 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  35.14 
 
 		 813 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0767  exoribonuclease R  34.78 
 
 		 822 aa  53.9  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.630081  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37948  predicted protein  22.15 
 
 		 179 aa  53.1  0.000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0428372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  32.98 
 
 		 828 aa  53.5  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1938  ribonuclease R  31.36 
 
 		 829 aa  53.1  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.751615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  39.13 
 
 		 715 aa  52.4  0.000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1314  RNA binding S1  36 
 
 		 773 aa  51.6  0.000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.207227 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  31.51 
 
 		 808 aa  51.6  0.000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  35.21 
 
 		 758 aa  51.2  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  28.69 
 
 		 762 aa  51.2  0.000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  32.97 
 
 		 844 aa  50.8  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  32.97 
 
 		 844 aa  50.8  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  33.71 
 
 		 735 aa  50.8  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  34.67 
 
 		 749 aa  50.8  0.00001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  31.09 
 
 		 705 aa  50.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  32.97 
 
 		 844 aa  50.8  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  32.53 
 
 		 814 aa  50.1  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  29.55 
 
 		 726 aa  50.4  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  29.55 
 
 		 726 aa  50.4  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  24.73 
 
 		 736 aa  50.1  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2101  RNAse R  33.33 
 
 		 771 aa  49.7  0.00003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000122542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  31.51 
 
 		 817 aa  49.7  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2420  ribonuclease R  33.33 
 
 		 770 aa  49.7  0.00003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.173356  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  34.62 
 
 		 801 aa  49.3  0.00004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  33.33 
 
 		 803 aa  48.9  0.00004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  30.14 
 
 		 830 aa  48.9  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0763  30S ribosomal protein S1  31.68 
 
 		 416 aa  49.3  0.00004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000378884  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  31.71 
 
 		 806 aa  48.5  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  31.71 
 
 		 810 aa  48.5  0.00005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  28.81 
 
 		 824 aa  48.5  0.00005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  31.71 
 
 		 808 aa  48.5  0.00005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  30.93 
 
 		 818 aa  48.9  0.00005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  30.67 
 
 		 826 aa  48.9  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  31.71 
 
 		 812 aa  48.5  0.00005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  31.71 
 
 		 806 aa  48.5  0.00006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01447  DNA-directed RNA polymerase III subunit 22.9 kDa, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G04350)  22.56 
 
 		 208 aa  48.1  0.00007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.846477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  32.88 
 
 		 806 aa  48.1  0.00007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  32.88 
 
 		 808 aa  48.1  0.00007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  33.33 
 
 		 876 aa  48.1  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  32.88 
 
 		 808 aa  48.1  0.00007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1223  RNA binding S1 domain protein  28.79 
 
 		 756 aa  48.5  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.572551 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  29.33 
 
 		 807 aa  48.1  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  29.33 
 
 		 807 aa  48.1  0.00007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  32.98 
 
 		 598 aa  48.5  0.00007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  29.33 
 
 		 808 aa  48.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>