163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1066 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_1066  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 415 aa  837    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0950  oxidoreductase, GMC family  100 
 
 		 415 aa  837    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2404  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.38 
 
 		 433 aa  273  5.000000000000001e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1397  hypothetical protein  24.53 
 
 		 397 aa  110  5e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0166  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.65 
 
 		 412 aa  108  2e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0000226787  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0501  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.18 
 
 		 386 aa  100  4e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1229  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.52 
 
 		 386 aa  100  4e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.45834  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1407  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.65 
 
 		 386 aa  99  2e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23820  choline dehydrogenase-like flavoprotein  24.4 
 
 		 427 aa  87  6e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.432756  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3885  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.59 
 
 		 657 aa  68.2  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0361695  normal  0.12202 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00623  long chain fatty alcohol oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G17110)  23.73 
 
 		 745 aa  67.4  0.0000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.345433  normal  0.817488 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4522  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.53 
 
 		 520 aa  66.2  0.0000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464516  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32359  long chain fatty acid oxidase  22.54 
 
 		 697 aa  64.3  0.000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.550643  normal  0.383222 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2587  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.4 
 
 		 658 aa  62.8  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0994  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.36 
 
 		 505 aa  61.6  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0279763  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.12 
 
 		 511 aa  60.8  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6992  Choline dehydrogenase and related flavoprotein- like protein  23.96 
 
 		 551 aa  59.3  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175561  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0857  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.04 
 
 		 531 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3358  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.22 
 
 		 550 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0880  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.84 
 
 		 531 aa  57.8  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.76 
 
 		 552 aa  58.2  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.48 
 
 		 573 aa  57.8  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0892  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.84 
 
 		 531 aa  57  0.0000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0366  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.99 
 
 		 531 aa  56.6  0.0000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.136332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3482  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.64 
 
 		 531 aa  55.8  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.34 
 
 		 573 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10500  oxidoreductase  29.32 
 
 		 629 aa  55.5  0.000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.63635e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6848  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.26 
 
 		 556 aa  53.1  0.000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.90225 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_90828  long chain fatty acid oxidase  21.7 
 
 		 699 aa  53.1  0.000009  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.654464 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0134  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase  24.22 
 
 		 480 aa  52.8  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.85 
 
 		 553 aa  52.8  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1582  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.57 
 
 		 533 aa  52.8  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1347  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.12 
 
 		 666 aa  51.6  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0384946  normal  0.0925593 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1635  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.3 
 
 		 534 aa  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.643208  normal  0.915824 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5514  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.63 
 
 		 537 aa  51.6  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3136  choline dehydrogenase  27.84 
 
 		 531 aa  51.2  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.68 
 
 		 556 aa  51.6  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4350  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.09 
 
 		 526 aa  50.8  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2097  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.47 
 
 		 470 aa  50.8  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00213522  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0056  GMC family oxidoreductase  43.84 
 
 		 550 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000620913 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1733  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.59 
 
 		 549 aa  50.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0167412  normal  0.0176419 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.91 
 
 		 546 aa  50.4  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0946  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.67 
 
 		 538 aa  50.4  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2397  choline dehydrogenase  43.55 
 
 		 573 aa  50.8  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423609 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4251  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.59 
 
 		 539 aa  50.4  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.773505  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.84 
 
 		 548 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.010293  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0548  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.38 
 
 		 539 aa  50.4  0.00006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  21.91 
 
 		 547 aa  50.4  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0327  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.76 
 
 		 522 aa  50.4  0.00006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.330808 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4242  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.82 
 
 		 549 aa  50.4  0.00006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.252805  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4459  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.78 
 
 		 560 aa  50.1  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0573714  hitchhiker  0.00237498 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3434  GMC family oxidoreductase  26.89 
 
 		 539 aa  49.3  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.95 
 
 		 551 aa  49.3  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0874  choline dehydrogenase  40.24 
 
 		 565 aa  49.3  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.526772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.03 
 
 		 533 aa  49.3  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3286  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.44 
 
 		 529 aa  49.3  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.09 
 
 		 548 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000289824 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4709  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.3 
 
 		 527 aa  48.9  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1624  choline dehydrogenase  27.36 
 
 		 558 aa  49.3  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.529123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.09 
 
 		 537 aa  49.3  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.25 
 
 		 547 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.141234 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  26.62 
 
 		 564 aa  49.3  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3554  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50 
 
 		 540 aa  49.3  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2981  GMC-type oxidoreductase  43.84 
 
 		 539 aa  49.3  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5384  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.44 
 
 		 660 aa  48.9  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.39 
 
 		 539 aa  48.9  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7484  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.76 
 
 		 540 aa  48.9  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.37 
 
 		 533 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3734  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.58 
 
 		 539 aa  48.9  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.569573  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0672  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.15 
 
 		 532 aa  48.9  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.482202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0075  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.72 
 
 		 548 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0217236  hitchhiker  0.000000000166725 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6373  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  44.62 
 
 		 540 aa  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1098  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.9 
 
 		 529 aa  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  20.66 
 
 		 547 aa  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1639  choline dehydrogenase  27.36 
 
 		 558 aa  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.58518 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2704  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.75 
 
 		 550 aa  47.8  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.051308  normal  0.893433 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2310  choline dehydrogenase  28.24 
 
 		 548 aa  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568209  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0882  GMC family oxidoreductase  22.64 
 
 		 533 aa  47.8  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0728  choline dehydrogenase  40.24 
 
 		 566 aa  47.4  0.0004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.57 
 
 		 551 aa  47.8  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.52 
 
 		 534 aa  47.4  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5337  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.4 
 
 		 600 aa  47.4  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.231686 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0546  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.12 
 
 		 535 aa  47.4  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457672  hitchhiker  0.00344637 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2184  choline dehydrogenase  28.68 
 
 		 548 aa  47  0.0006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2309  iron-sulfur cluster-binding domain-containing protein  26.16 
 
 		 696 aa  47  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.69 
 
 		 556 aa  47  0.0006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0856  choline dehydrogenase  28.68 
 
 		 548 aa  47  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  27.34 
 
 		 572 aa  46.6  0.0008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3506  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.17 
 
 		 575 aa  46.6  0.0008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.145411  normal  0.0815254 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0317  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.91 
 
 		 511 aa  46.6  0.0008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2822  choline dehydrogenase  34.72 
 
 		 551 aa  45.8  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3184  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.89 
 
 		 530 aa  45.8  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275768  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0845  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.25 
 
 		 536 aa  46.2  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.189337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.9 
 
 		 543 aa  46.2  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5265  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.5 
 
 		 546 aa  46.2  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.371791  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04780  oxidoreductase  25 
 
 		 531 aa  45.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3396  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.64 
 
 		 533 aa  46.2  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0434  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.39 
 
 		 541 aa  45.8  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6980  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.82 
 
 		 556 aa  46.2  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0315325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4081  choline dehydrogenase  27.88 
 
 		 560 aa  46.2  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>