More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2535 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2535  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
189 aa  388  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000915947 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2961  RNA polymerase sigma factor  63.59 
 
 
198 aa  246  1e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0346272  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2356  RNA polymerase sigma factor  58.01 
 
 
195 aa  214  8e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.983663  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4892  RNA polymerase sigma factor  57.07 
 
 
188 aa  212  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0623356  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0179  RNA polymerase sigma factor  55.14 
 
 
199 aa  207  5e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0034  RNA polymerase sigma factor  50.52 
 
 
197 aa  197  9e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.797187 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3393  RNA polymerase sigma factor  49.74 
 
 
197 aa  195  3e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3716  RNA polymerase sigma factor  50.53 
 
 
197 aa  194  5.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1603  RNA polymerase sigma factor  46.63 
 
 
208 aa  168  4e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2737  RNA polymerase sigma factor  45.36 
 
 
203 aa  166  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2703  RNA polymerase sigma factor  50.57 
 
 
202 aa  162  3e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.37559 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7017  RNA polymerase sigma factor  48.85 
 
 
202 aa  150  8.999999999999999e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00149668  hitchhiker  0.00221068 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0008  RNA polymerase sigma factor  47.7 
 
 
199 aa  149  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310546  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4546  RNA polymerase sigma factor  45.81 
 
 
199 aa  148  6e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107247  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5690  RNA polymerase sigma factor  45.81 
 
 
217 aa  148  6e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000954295  decreased coverage  0.000200848 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5514  RNA polymerase sigma factor  45.98 
 
 
198 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000000443583  normal  0.178799 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5169  RNA polymerase sigma factor  45.81 
 
 
199 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000225682  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4961  RNA polymerase sigma factor  45.98 
 
 
198 aa  145  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319566  normal  0.0167527 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0318  RNA polymerase sigma factor  38.89 
 
 
209 aa  145  5e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829638  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1016  RNA polymerase sigma factor  39.43 
 
 
196 aa  144  1e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2368  RNA polymerase sigma factor  46.96 
 
 
201 aa  141  4e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000117265  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3150  RNA polymerase sigma factor  42.86 
 
 
200 aa  139  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.117727  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2111  RNA polymerase sigma factor  46.41 
 
 
201 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000000159865  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1499  RNA polymerase sigma factor  46.41 
 
 
201 aa  136  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000288475  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1420  RNA polymerase sigma factor  46.41 
 
 
201 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000213618  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1140  RNA polymerase sigma factor  46.41 
 
 
201 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  unclonable  0.000000000000156009  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3172  RNA polymerase sigma factor  45.86 
 
 
201 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.000646713  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3285  RNA polymerase sigma factor  45.86 
 
 
201 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000025139  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.29 
 
 
220 aa  107  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0524675 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3097  ECF family RNA polymerase sigma factor  31.79 
 
 
193 aa  97.1  1e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21550  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.97 
 
 
203 aa  89  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07625  RNA polymerase sigma-70 factor  30.23 
 
 
183 aa  84.7  6e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1834  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.33 
 
 
203 aa  84.7  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1546  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.24 
 
 
200 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.818865  normal  0.434033 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3622  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.06 
 
 
218 aa  82.4  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0119319 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1422  sigma-24 (FecI)  34.08 
 
 
203 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.555265 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  33.93 
 
 
226 aa  73.6  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0335  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.95 
 
 
227 aa  71.6  0.000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0236127  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  32.52 
 
 
229 aa  71.2  0.000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  27.59 
 
 
223 aa  69.3  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  29.09 
 
 
236 aa  65.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0782  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.9 
 
 
219 aa  65.5  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0129  RNA polymerase factor sigma-70  31.08 
 
 
337 aa  65.1  0.0000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.606049 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0139  RNA polymerase factor sigma-70  31.08 
 
 
337 aa  65.5  0.0000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0148  RNA polymerase factor sigma-70  31.08 
 
 
337 aa  65.5  0.0000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.764524  normal  0.87162 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  31.1 
 
 
228 aa  65.1  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  31.1 
 
 
228 aa  65.1  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  28.92 
 
 
239 aa  64.7  0.0000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  28.83 
 
 
237 aa  64.3  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.57 
 
 
222 aa  63.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3277  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.91 
 
 
259 aa  63.2  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.449183  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  27.61 
 
 
226 aa  62.8  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  28.92 
 
 
230 aa  62  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  29.81 
 
 
244 aa  61.6  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0299  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.59 
 
 
176 aa  61.2  0.000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5278  RNA polymerase sigma factor  26.09 
 
 
203 aa  61.2  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.88 
 
 
288 aa  61.2  0.000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.88 
 
 
292 aa  61.2  0.000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.83 
 
 
243 aa  61.2  0.000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.361546  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3653  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.83 
 
 
243 aa  61.2  0.000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  26.88 
 
 
285 aa  60.8  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1187  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.48 
 
 
173 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.140841  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0014  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.48 
 
 
173 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0425  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.48 
 
 
173 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.303094  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1387  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.16 
 
 
173 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00286946  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4668  RNA polymerase sigma factor  25.47 
 
 
203 aa  60.1  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.488765  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1413  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  31.48 
 
 
173 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.113039  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1154  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  31.48 
 
 
173 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3638  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.52 
 
 
214 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.512029  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.67 
 
 
172 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.747529 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3933  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.52 
 
 
214 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.622801  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0146  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  31.48 
 
 
173 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169169  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4377  RNA polymerase sigma factor  26.09 
 
 
203 aa  59.3  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0172  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.24 
 
 
196 aa  59.3  0.00000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.262176  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.59 
 
 
211 aa  59.3  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.48 
 
 
173 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215371  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1915  RNA polymerase sigma factor  26.71 
 
 
189 aa  58.5  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.35016  normal  0.588155 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  27.11 
 
 
241 aa  58.5  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2518  RNA polymerase factor sigma-70  29.35 
 
 
360 aa  58.2  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.327804 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.41 
 
 
201 aa  58.2  0.00000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.080251  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.18 
 
 
193 aa  58.5  0.00000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.11 
 
 
185 aa  57.8  0.00000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0489  RNA polymerase sigma factor  32.47 
 
 
230 aa  57.8  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.47 
 
 
182 aa  57.8  0.00000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4469  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.49 
 
 
191 aa  57.8  0.00000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00981278  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0394  RNA polymerase factor sigma-70  32.28 
 
 
441 aa  57.8  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.122831 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3577  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.11 
 
 
188 aa  57.4  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6011  RNA polymerase sigma factor  29.73 
 
 
179 aa  57.8  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.784268  normal  0.0725494 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0316  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.02 
 
 
212 aa  57  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3279  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.32 
 
 
339 aa  56.6  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.22 
 
 
185 aa  56.6  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0466  RNA polymerase sigma factor  31.9 
 
 
229 aa  56.6  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1685  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.23 
 
 
205 aa  57  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3549  RNA polymerase sigma factor  24.84 
 
 
189 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3468  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.19 
 
 
185 aa  56.6  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.88792 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.09 
 
 
225 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10183  RNA polymerase factor sigma-70  26.55 
 
 
370 aa  57  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0709  RNA polymerase sigma factor  26.09 
 
 
203 aa  56.6  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3266  RNA polymerase factor sigma-70  26.04 
 
 
337 aa  56.2  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0791404 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2937  RNA polymerase factor sigma-70  29.05 
 
 
357 aa  56.2  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0803223  normal  0.127014 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>