More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1969 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1969  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 418 aa  808    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.728278 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  48.71 
 
 		 434 aa  320  1.9999999999999998e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  48 
 
 		 467 aa  318  1e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  45.36 
 
 		 415 aa  290  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.36 
 
 		 388 aa  278  1e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  39.42 
 
 		 360 aa  209  7e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  36.04 
 
 		 340 aa  202  7e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  35.52 
 
 		 365 aa  187  3e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  37.79 
 
 		 376 aa  182  7e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  33.44 
 
 		 372 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.89 
 
 		 362 aa  181  1e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  38.1 
 
 		 374 aa  182  1e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  33.92 
 
 		 361 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  33.23 
 
 		 349 aa  180  4e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  33.96 
 
 		 382 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  33.53 
 
 		 361 aa  180  4.999999999999999e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  38.13 
 
 		 375 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  33.12 
 
 		 372 aa  179  8e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.22 
 
 		 363 aa  176  6e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.22 
 
 		 363 aa  176  6e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  34.37 
 
 		 390 aa  175  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  33.33 
 
 		 368 aa  176  9.999999999999999e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.38 
 
 		 397 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  33.64 
 
 		 367 aa  172  7.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  33.22 
 
 		 372 aa  172  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  36.28 
 
 		 381 aa  172  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  32.52 
 
 		 360 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  32.52 
 
 		 360 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  32.52 
 
 		 360 aa  170  3e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  35.12 
 
 		 376 aa  170  4e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  34.94 
 
 		 403 aa  170  5e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  35.18 
 
 		 406 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  35.45 
 
 		 381 aa  169  6e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  34.01 
 
 		 368 aa  169  6e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.41 
 
 		 355 aa  168  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  33.33 
 
 		 368 aa  168  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  29.09 
 
 		 360 aa  168  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  34.06 
 
 		 397 aa  168  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  33.55 
 
 		 354 aa  168  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  31.23 
 
 		 360 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  30.99 
 
 		 372 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  34.01 
 
 		 372 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  35.47 
 
 		 364 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  34.85 
 
 		 382 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.87 
 
 		 360 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  32.87 
 
 		 360 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  33.45 
 
 		 358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  32.87 
 
 		 360 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  33.12 
 
 		 397 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  32.87 
 
 		 360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  31.05 
 
 		 392 aa  163  5.0000000000000005e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  33.01 
 
 		 365 aa  162  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  33.75 
 
 		 403 aa  161  2e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  32.24 
 
 		 376 aa  161  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  34.59 
 
 		 366 aa  160  3e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  31.62 
 
 		 372 aa  159  8e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  31.25 
 
 		 376 aa  159  1e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  34.25 
 
 		 365 aa  158  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  29.81 
 
 		 372 aa  158  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.96 
 
 		 372 aa  159  1e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.99 
 
 		 360 aa  158  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  33.78 
 
 		 369 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.99 
 
 		 360 aa  158  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  33.12 
 
 		 397 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  35.03 
 
 		 353 aa  157  3e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  36.79 
 
 		 366 aa  157  3e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  34.02 
 
 		 373 aa  157  4e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  35.81 
 
 		 354 aa  157  4e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  33.11 
 
 		 382 aa  157  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.66 
 
 		 357 aa  157  5.0000000000000005e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  34.67 
 
 		 394 aa  156  7e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  33.78 
 
 		 369 aa  156  7e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  31.65 
 
 		 372 aa  156  8e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.6 
 
 		 351 aa  156  8e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  33.44 
 
 		 369 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.44 
 
 		 369 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  32.67 
 
 		 361 aa  155  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  34.45 
 
 		 372 aa  155  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  32 
 
 		 361 aa  155  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  33.11 
 
 		 351 aa  154  2.9999999999999998e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  33.56 
 
 		 365 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  32.13 
 
 		 369 aa  154  2.9999999999999998e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  33.56 
 
 		 365 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  33.11 
 
 		 351 aa  154  4e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.78 
 
 		 380 aa  152  7e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  32.45 
 
 		 385 aa  153  7e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  33.22 
 
 		 365 aa  152  1e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  33.22 
 
 		 365 aa  152  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  33.22 
 
 		 365 aa  152  1e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  29.29 
 
 		 373 aa  152  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  33.22 
 
 		 365 aa  152  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  33.22 
 
 		 365 aa  152  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2846  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  34.02 
 
 		 396 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  37.84 
 
 		 365 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  32.48 
 
 		 369 aa  150  4e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  33.55 
 
 		 361 aa  150  6e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2001  secretion protein HlyD  30.36 
 
 		 375 aa  149  8e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.167131  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1021  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.06 
 
 		 390 aa  149  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0159772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  31.54 
 
 		 380 aa  148  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  29.87 
 
 		 360 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>