213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_2226 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_2226  periplasmic binding protein  100 
 
 		 251 aa  485  1e-136  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.578911  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2810  hypothetical protein  63.45 
 
 		 250 aa  296  3e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3557  putative periplasmic substrate-binding protein  58.06 
 
 		 255 aa  272  4.0000000000000004e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00679911  normal  0.410272 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1031  putative periplasmic substrate-binding protein  59 
 
 		 253 aa  263  2e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.377319  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0893  putative periplasmic substrate-binding protein  60.16 
 
 		 251 aa  255  6e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0010  putative periplasmic substrate-binding protein  57.81 
 
 		 280 aa  244  8e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3150  hypothetical protein  56.22 
 
 		 290 aa  243  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2040  hypothetical protein  54.71 
 
 		 241 aa  241  1e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.05668  normal  0.0365755 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07340  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  55.04 
 
 		 263 aa  238  5.999999999999999e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2103  hypothetical protein  56.84 
 
 		 243 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.000719716  normal  0.302438 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2246  hypothetical protein  57.26 
 
 		 240 aa  231  6e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.155088  normal  0.156395 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1761  hypothetical protein  54.77 
 
 		 243 aa  223  3e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.396883  hitchhiker  0.00317212 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4823  periplasmic binding protein  53.39 
 
 		 252 aa  221  7e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3896  periplasmic binding protein  41.67 
 
 		 263 aa  178  9e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00316656  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0112  periplasmic binding protein  46.09 
 
 		 260 aa  166  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.16006  normal  0.195536 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3091  periplasmic binding protein  42.74 
 
 		 278 aa  158  1e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288835 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2937  periplasmic binding protein  45.75 
 
 		 270 aa  157  1e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0000364974  hitchhiker  0.00655173 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2532  periplasmic binding protein  45.6 
 
 		 250 aa  151  8.999999999999999e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.870757  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3666  periplasmic binding protein  38.31 
 
 		 271 aa  143  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.4902  normal  0.035512 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3084  periplasmic binding protein  32.94 
 
 		 276 aa  135  8e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00543299 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06845  predicted ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  32.27 
 
 		 266 aa  129  6e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0226932  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2323  periplasmic binding protein  30.53 
 
 		 266 aa  126  4.0000000000000003e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4706  periplasmic binding protein  36.9 
 
 		 296 aa  125  6e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1134  periplasmic binding protein  35.5 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0216627  normal  0.720835 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0828  periplasmic binding protein  39.37 
 
 		 268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  34.78 
 
 		 321 aa  91.7  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  26.94 
 
 		 300 aa  90.9  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  32.56 
 
 		 341 aa  88.2  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4249  iron ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.98 
 
 		 272 aa  86.3  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.231782 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  31.71 
 
 		 310 aa  85.9  6e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  31.71 
 
 		 332 aa  85.9  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  31.71 
 
 		 310 aa  85.9  6e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  31.71 
 
 		 310 aa  85.9  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  31.71 
 
 		 310 aa  85.9  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  31.71 
 
 		 310 aa  85.9  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0184  periplasmic binding protein  32.37 
 
 		 270 aa  85.5  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0131  hypothetical protein  33.08 
 
 		 275 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.881561  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0726  periplasmic binding protein  37.55 
 
 		 279 aa  85.1  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0100  hypothetical protein  33.71 
 
 		 280 aa  84.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0469  periplasmic binding protein  34.32 
 
 		 272 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.69845 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  32.65 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  32.68 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  31.43 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  34.95 
 
 		 313 aa  82.8  0.000000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1388  iron ABC transporter, periplasmic-binding protein  27.88 
 
 		 291 aa  82  0.000000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.783574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  31.22 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  32.09 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  30.73 
 
 		 339 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  34.62 
 
 		 318 aa  80.1  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  28.24 
 
 		 321 aa  79.3  0.00000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  36 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  27.63 
 
 		 338 aa  79  0.00000000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0141  hypothetical protein  31.45 
 
 		 281 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  30.43 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  29.49 
 
 		 318 aa  77.4  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  31.22 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  33.65 
 
 		 318 aa  76.6  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  25.99 
 
 		 338 aa  76.6  0.0000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  25.99 
 
 		 338 aa  76.6  0.0000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  32.86 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  26.43 
 
 		 337 aa  76.6  0.0000000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  30.89 
 
 		 276 aa  76.6  0.0000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  30.51 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0133  hypothetical protein  30.24 
 
 		 281 aa  75.5  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.76466  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  31.9 
 
 		 289 aa  75.1  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  32.83 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  32.69 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  32.04 
 
 		 317 aa  74.3  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  30.52 
 
 		 299 aa  73.6  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  29.95 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  29.95 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  29.95 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01625  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  27.75 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2214  periplasmic binding protein  30.04 
 
 		 264 aa  71.2  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  28.78 
 
 		 303 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  30.45 
 
 		 309 aa  70.9  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  30.84 
 
 		 354 aa  70.1  0.00000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0283  hypothetical protein  30.92 
 
 		 281 aa  69.7  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.915903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  28.95 
 
 		 288 aa  68.9  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  30.73 
 
 		 311 aa  68.2  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  30.88 
 
 		 303 aa  68.2  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  27.54 
 
 		 289 aa  67.8  0.0000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  30.33 
 
 		 289 aa  67.4  0.0000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  24.88 
 
 		 275 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.9 
 
 		 287 aa  67  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2366  periplasmic binding protein  30.43 
 
 		 308 aa  67  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2498  periplasmic binding protein  30.92 
 
 		 310 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904872  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1449  periplasmic binding protein  30.37 
 
 		 316 aa  66.6  0.0000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301306  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  30.08 
 
 		 312 aa  66.2  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.32 
 
 		 304 aa  65.9  0.0000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  33.02 
 
 		 296 aa  65.9  0.0000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8855  periplasmic binding protein  28.02 
 
 		 326 aa  65.5  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.461733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  31.28 
 
 		 323 aa  65.9  0.0000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  32.56 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2307  Iron(III) dicitrate-binding protein  33.18 
 
 		 300 aa  64.7  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0557705  normal  0.931308 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  30.66 
 
 		 287 aa  64.3  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  27.65 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  29.81 
 
 		 284 aa  63.5  0.000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  25.48 
 
 		 309 aa  63.2  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  23.9 
 
 		 294 aa  63.2  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>