More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1827 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_1207  alpha amylase catalytic region  52.31 
 
 
745 aa  736    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1827  alpha amylase catalytic region  100 
 
 
754 aa  1556    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1279  alpha amylase catalytic region  33.6 
 
 
560 aa  212  3e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3692  alpha amylase catalytic region  28.29 
 
 
551 aa  164  8.000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0413  glycoside hydrolase family 13 domain protein  28.82 
 
 
637 aa  161  5e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2421  glycoside hydrolase family protein  28.96 
 
 
593 aa  156  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0536  alpha amylase catalytic region  26.8 
 
 
552 aa  154  5e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4479  glycoside hydrolase family protein  26.81 
 
 
552 aa  153  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0213  glycoside hydrolase family 13 domain protein  27.01 
 
 
607 aa  148  5e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000901025  normal  0.0389775 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0535  alpha amylase catalytic region  28.54 
 
 
554 aa  147  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4273  alpha amylase catalytic region  26.71 
 
 
543 aa  145  4e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5116  putative 1,4-alpha-glucan branching enzyme  26.36 
 
 
653 aa  142  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.203734 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2113  alpha amylase, catalytic region  27.69 
 
 
590 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1403  alpha amylase, catalytic region  27.63 
 
 
625 aa  131  4.0000000000000003e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1226  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  33.12 
 
 
606 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00014038 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1127  glycoside hydrolase family 13 protein  26.65 
 
 
648 aa  130  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.453988 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5166  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  28.77 
 
 
594 aa  129  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.155383  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3269  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  32.3 
 
 
621 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1173  alpha amylase domain-containing protein  29.11 
 
 
592 aa  128  4.0000000000000003e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7549  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  30.3 
 
 
603 aa  127  8.000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1490  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  27.43 
 
 
610 aa  127  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.227729  normal  0.484955 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6209  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  29.19 
 
 
621 aa  127  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5281  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  29.45 
 
 
642 aa  125  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.64117 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1302  alpha amylase catalytic region  28.35 
 
 
541 aa  125  4e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.312205 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3555  glycogen debranching enzyme GlgX  25.76 
 
 
755 aa  124  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0361037 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0609  pullulanase, type I  24.48 
 
 
1136 aa  124  5e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0177218  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1809  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  28.54 
 
 
618 aa  124  5e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2937  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  27.55 
 
 
601 aa  124  7e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.919612  hitchhiker  0.00396871 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2710  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  28.13 
 
 
601 aa  124  7e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.58871  normal  0.0573085 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2358  isoamylase family protein  28.51 
 
 
630 aa  124  9e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.330198  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1394  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  25.39 
 
 
605 aa  123  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1428  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  25.74 
 
 
605 aa  123  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0818981  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2805  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  26.54 
 
 
561 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.244463  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2158  glycogen debranching protein GlgX  26.27 
 
 
719 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0345133  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2548  Alpha amylase, catalytic region  25.48 
 
 
600 aa  122  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0544  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  31.08 
 
 
572 aa  122  3.9999999999999996e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.6343  normal  0.630983 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1428  glycoside hydrolase family protein  25.96 
 
 
606 aa  120  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01554  1,4-alpha-glucan branching enzyme  28.26 
 
 
623 aa  120  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5112  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  27.51 
 
 
630 aa  120  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4560  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  30.79 
 
 
600 aa  119  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.412623  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6810  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  27.97 
 
 
605 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368114  normal  0.56457 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36580  putative glycosyl hydrolase  25.16 
 
 
583 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0581511  normal  0.753137 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3142  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  25.57 
 
 
583 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0936005  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3467  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  27.79 
 
 
612 aa  119  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1601  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  28.13 
 
 
601 aa  118  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154694 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2349  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  27.44 
 
 
614 aa  118  5e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.249555  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1434  1,4-alpha-glucan branching enzyme  26.77 
 
 
631 aa  117  6e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.944975  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3113  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  29.45 
 
 
640 aa  117  6e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2463  pullulanase  24.44 
 
 
850 aa  117  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.116162  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3784  glycogen debranching enzyme GlgX  28.34 
 
 
693 aa  117  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.695286 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1462  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  28.79 
 
 
598 aa  117  8.999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0551631  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1347  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  26.48 
 
 
593 aa  117  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2737  putative pullulanase  24.27 
 
 
852 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.31165e-23 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0318  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  31.33 
 
 
604 aa  117  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.464158  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5461  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  26.71 
 
 
587 aa  116  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1417  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  26.93 
 
 
629 aa  116  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4873  glycogen debranching enzyme GlgX  27.21 
 
 
757 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.325281  normal  0.0620959 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2542  pullulanase  24.27 
 
 
852 aa  115  3e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.814075  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1886  1,4-alpha-glucan branching enzyme  26.88 
 
 
621 aa  115  3e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2728  pullulanase  24.27 
 
 
852 aa  115  3e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00354349  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0241  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  27.24 
 
 
581 aa  115  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1737  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  26.76 
 
 
594 aa  115  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3126  alpha-amylase family protein  28.75 
 
 
604 aa  114  5e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.524605  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2058  glycogen branching enzyme  28.7 
 
 
740 aa  114  7.000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0222807  normal  0.370562 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0359  alpha amylase, catalytic region  28.76 
 
 
827 aa  114  8.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0267919  normal  0.617485 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1785  glycogen debranching enzyme GlgX  24.7 
 
 
691 aa  114  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2832  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  27.14 
 
 
601 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.267124 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24900  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  29.34 
 
 
601 aa  113  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.355935  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1605  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  26.06 
 
 
594 aa  114  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1783  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  26.53 
 
 
594 aa  113  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.625431  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1045  glycogen debranching enzyme GlgX  24.46 
 
 
711 aa  113  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1823  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  27.21 
 
 
580 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.597034  normal  0.146874 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1670  glycogen debranching enzyme GlgX  24.85 
 
 
686 aa  113  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00650022  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1850  glycogen debranching enzyme GlgX  27.95 
 
 
779 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.369764  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1672  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  26.53 
 
 
594 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1074  glycogen debranching enzyme GlgX  24.46 
 
 
711 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.652944 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1607  glycogen debranching enzyme GlgX  24.7 
 
 
691 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0036  1,4-alpha-glucan branching enzyme  27.12 
 
 
635 aa  113  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1606  glycogen debranching protein GlgX  24.44 
 
 
729 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2786  pullulanase, type I  24.27 
 
 
848 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0751626  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1672  glycogen debranching enzyme GlgX  24.7 
 
 
691 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.574762  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5016  glycogen debranching enzyme GlgX  25.29 
 
 
706 aa  112  2.0000000000000002e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2278  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  28.3 
 
 
584 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0380817  hitchhiker  0.00913073 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1475  glycogen branching enzyme  27.5 
 
 
740 aa  112  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1982  glycogen debranching enzyme GlgX  24.39 
 
 
721 aa  112  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0850587  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3773  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  26.74 
 
 
639 aa  112  3e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.917856  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1735  glycogen debranching enzyme GlgX  24.55 
 
 
691 aa  112  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2498  pullulanase  24.37 
 
 
852 aa  111  4.0000000000000004e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00309415  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2993  Alpha amylase, catalytic region  29.03 
 
 
604 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0819444  normal  0.831976 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1983  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  27.05 
 
 
611 aa  111  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0236935  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2865  putative trehalose trehalohydrolase  28.53 
 
 
640 aa  111  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.944811 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1674  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  25.82 
 
 
594 aa  111  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5568  glycosyl hydrolase (glycogen debranching enzyme)  26.14 
 
 
745 aa  110  7.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0132  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  25.29 
 
 
629 aa  110  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2353  1,4-alpha-glucan branching enzyme  23.72 
 
 
659 aa  110  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2157  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  26.74 
 
 
587 aa  110  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0332832  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2403  1,4-alpha-glucan branching enzyme  23.72 
 
 
659 aa  110  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01859  glycogen debranching enzyme GlgX  26.56 
 
 
710 aa  110  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2092  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  27.97 
 
 
592 aa  109  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1367  glycogen branching enzyme  25.13 
 
 
725 aa  109  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>