More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0499 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_1741  DNA polymerase III, alpha subunit  59.5 
 
 		 1047 aa  1227    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0499  DNA polymerase III, alpha subunit  100 
 
 		 1029 aa  2117    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0516  DNA polymerase III, alpha subunit  91.29 
 
 		 1079 aa  2003    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0237  DNA polymerase III, alpha subunit  42.84 
 
 		 1003 aa  769    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0929  DNA polymerase III, alpha subunit  45.86 
 
 		 1003 aa  865    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3769  DNA polymerase III, alpha subunit  32.02 
 
 		 1018 aa  475  1e-132  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0809  DNA polymerase III DnaE  31.38 
 
 		 1145 aa  475  1e-132  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000123157  decreased coverage  0.00151258 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3569  DNA polymerase III, alpha subunit  31.22 
 
 		 1017 aa  469  9.999999999999999e-131  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1391  DNA polymerase III, alpha subunit  30.73 
 
 		 1127 aa  469  9.999999999999999e-131  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0434  DNA polymerase III, alpha subunit  33.36 
 
 		 1139 aa  464  1e-129  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1050  DNA polymerase III, alpha subunit  31.04 
 
 		 1075 aa  465  1e-129  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.558692  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1009  DNA polymerase III, alpha subunit  32.13 
 
 		 1039 aa  461  9.999999999999999e-129  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0533804  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6872  DNA polymerase III, alpha subunit  30.34 
 
 		 982 aa  455  1.0000000000000001e-126  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.430284 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1396  DNA polymerase III, alpha subunit  31.07 
 
 		 1159 aa  448  1.0000000000000001e-124  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.253021  normal  0.727837 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2043  DNA polymerase III DnaE  30.71 
 
 		 1130 aa  447  1.0000000000000001e-124  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1872  DNA polymerase III DnaE  31.56 
 
 		 1156 aa  446  1e-123  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2319  DNA polymerase III DnaE  29.56 
 
 		 1225 aa  441  9.999999999999999e-123  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.511943  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1262  DNA polymerase III DnaE  29.14 
 
 		 1139 aa  442  9.999999999999999e-123  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.842621  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1371  DNA polymerase III, alpha subunit  30.67 
 
 		 979 aa  436  1e-120  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.940819 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0523  DNA polymerase III DnaE  30.2 
 
 		 1108 aa  430  1e-119  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4714  DNA polymerase III DnaE  30.38 
 
 		 1108 aa  430  1e-119  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3288  DNA polymerase III DnaE  30.66 
 
 		 1109 aa  428  1e-118  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1264  DNA polymerase III DnaE  27.93 
 
 		 1181 aa  427  1e-118  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.756254  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4434  DNA polymerase III DnaE  30.64 
 
 		 1110 aa  426  1e-118  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4735  DNA polymerase III DnaE  30.09 
 
 		 1108 aa  422  1e-116  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4498  DNA polymerase III DnaE  29.82 
 
 		 1108 aa  420  1e-116  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4333  DNA polymerase III DnaE  29.73 
 
 		 1108 aa  421  1e-116  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4345  DNA polymerase III DnaE  30.28 
 
 		 1108 aa  422  1e-116  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4849  DNA polymerase III DnaE  29.82 
 
 		 1108 aa  420  1e-116  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4730  DNA polymerase III DnaE  30 
 
 		 1108 aa  420  1e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0831  DNA polymerase III, alpha subunit  31.66 
 
 		 1132 aa  421  1e-116  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0773  DNA polymerase III, alpha subunit  32.35 
 
 		 1092 aa  420  1e-116  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4719  DNA polymerase III DnaE  29.92 
 
 		 1108 aa  422  1e-116  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03140  DNA polymerase III catalytic subunit, DnaE type  28.81 
 
 		 1122 aa  418  9.999999999999999e-116  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.677635  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1459  DNA polymerase III DnaE  28.21 
 
 		 1159 aa  414  1e-114  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150549  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4916  DNA polymerase III, alpha subunit  30.17 
 
 		 989 aa  414  1e-114  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.188475  normal  0.0948833 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4047  DNA polymerase III, alpha subunit  29.31 
 
 		 1070 aa  414  1e-114  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2507  DNA polymerase III, alpha subunit  29.33 
 
 		 1157 aa  413  1e-114  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00161108  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3092  DNA polymerase III, alpha subunit  29.16 
 
 		 1156 aa  410  1e-113  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00110918  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1169  DNA polymerase III, alpha subunit  29.45 
 
 		 1155 aa  411  1e-113  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.34494e-16 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1922  DNA polymerase III, alpha subunit  32.54 
 
 		 1084 aa  410  1e-113  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.14397  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0096  DNA polymerase III, alpha subunit  30.43 
 
 		 1151 aa  409  1.0000000000000001e-112  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.810427  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3236  DNA polymerase III, alpha subunit  32.1 
 
 		 980 aa  409  1.0000000000000001e-112  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0632  DNA polymerase III, alpha subunit  29.29 
 
 		 1165 aa  408  1.0000000000000001e-112  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1215  DNA polymerase III, alpha subunit  29.98 
 
 		 1155 aa  405  1e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000331804  hitchhiker  0.00000568126 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2786  DNA polymerase III subunit alpha  28.49 
 
 		 1149 aa  402  9.999999999999999e-111  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0549  DNA polymerase III catalytic subunit, DnaE type  31.82 
 
 		 1134 aa  400  9.999999999999999e-111  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1192  DNA polymerase III DnaE  28.23 
 
 		 1145 aa  402  9.999999999999999e-111  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0750  DNA polymerase III catalytic subunit, DnaE type  28.4 
 
 		 1115 aa  400  9.999999999999999e-111  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1849  DNA polymerase III, alpha subunit  29.17 
 
 		 1182 aa  402  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.134668  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1266  DNA polymerase III, alpha subunit  28.9 
 
 		 1065 aa  396  1e-109  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.502736  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0130  DNA polymerase III, alpha subunit  28.95 
 
 		 1173 aa  393  1e-108  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.103911 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0846  DNA polymerase III, alpha subunit  29.06 
 
 		 1158 aa  395  1e-108  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1885  DNA polymerase III, alpha subunit  30.67 
 
 		 1182 aa  393  1e-108  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1264  DNA polymerase III, alpha subunit  28.52 
 
 		 1155 aa  395  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2410  DNA polymerase III, alpha subunit  30.47 
 
 		 1190 aa  393  1e-108  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00080646  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0212  DNA polymerase III, alpha subunit  28.13 
 
 		 1167 aa  394  1e-108  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.0000022067  normal  0.693797 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2068  DNA polymerase III, alpha subunit  28.96 
 
 		 1184 aa  394  1e-108  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00797778  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01387  DNA polymerase III subunit alpha  29.47 
 
 		 1154 aa  395  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2690  DNA polymerase III, alpha subunit  30.88 
 
 		 1104 aa  394  1e-108  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1401  DNA polymerase III, alpha subunit  29.81 
 
 		 1155 aa  391  1e-107  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.67909  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0973  DNA polymerase III, alpha subunit  30.23 
 
 		 1039 aa  390  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.309607  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1489  DNA polymerase III, alpha subunit  29.35 
 
 		 1143 aa  392  1e-107  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1426  DNA polymerase III alpha subunit  29.25 
 
 		 1143 aa  391  1e-107  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2723  DNA polymerase III, alpha subunit  29.64 
 
 		 1179 aa  391  1e-107  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0335  DNA polymerase III DnaE  28.25 
 
 		 1186 aa  392  1e-107  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1177  DNA polymerase III, alpha subunit  29.98 
 
 		 1167 aa  391  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.906306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1461  DNA polymerase III, alpha subunit  29.98 
 
 		 1166 aa  391  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0198  DNA polymerase III subunit alpha  28.3 
 
 		 1158 aa  387  1e-106  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1225  DNA polymerase III, alpha subunit  28.93 
 
 		 1164 aa  389  1e-106  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.344496  normal  0.610841 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3552  DNA polymerase III, alpha subunit  29.26 
 
 		 1217 aa  387  1e-106  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.658792  hitchhiker  0.00874617 
 
 
-
 
NC_002936  DET1464  DNA polymerase III, alpha subunit  28.08 
 
 		 1170 aa  386  1e-105  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1570  DNA polymerase III subunit alpha  28.93 
 
 		 1186 aa  385  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.749203  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1081  DNA polymerase III subunit alpha  29.77 
 
 		 1171 aa  384  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.990862  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0650  hypothetical protein  30.95 
 
 		 1148 aa  385  1e-105  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.394104 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2747  DNA polymerase III, alpha subunit  27.26 
 
 		 1159 aa  385  1e-105  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.782351 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1265  DNA polymerase III, alpha subunit  28.25 
 
 		 1176 aa  385  1e-105  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.166444  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3420  DNA polymerase III subunit alpha  29.77 
 
 		 1171 aa  383  1e-105  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0094  DNA polymerase III, alpha subunit  26.2 
 
 		 1194 aa  385  1e-105  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.866734  decreased coverage  0.0038584 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2870  DNA polymerase III subunit alpha  28.53 
 
 		 1177 aa  385  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.91064  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1028  DNA polymerase III subunit alpha  29.77 
 
 		 1160 aa  384  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1286  DNA polymerase III, alpha subunit  28.37 
 
 		 1165 aa  382  1e-104  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.148493  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0956  DNA polymerase III subunit alpha  29.4 
 
 		 1160 aa  381  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.582605  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1242  DNA polymerase III, alpha subunit  27.8 
 
 		 1170 aa  382  1e-104  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1222  DNA polymerase III, alpha subunit  28.7 
 
 		 1156 aa  383  1e-104  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1480  DNA polymerase III, alpha subunit  29.41 
 
 		 1159 aa  383  1e-104  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.563322  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3150  DNA polymerase III subunit alpha  29.26 
 
 		 1160 aa  382  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00762737  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0538  DNA polymerase III, alpha subunit  27.86 
 
 		 1163 aa  382  1e-104  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1285  DNA polymerase III subunit alpha  28.03 
 
 		 1158 aa  380  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.876044  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1154  DNA polymerase III subunit alpha  27.9 
 
 		 1157 aa  383  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1265  DNA polymerase III catalytic subunit, DnaE type  27.89 
 
 		 1170 aa  377  1e-103  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2965  DNA polymerase III subunit alpha  29.28 
 
 		 1160 aa  377  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1715  DNA polymerase III, alpha subunit  28.73 
 
 		 1175 aa  373  1e-102  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.49916  normal  0.677237 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0272  DNA polymerase III subunit alpha  28.95 
 
 		 1160 aa  373  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.218941  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0257  DNA polymerase III subunit alpha  28.95 
 
 		 1160 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.988974 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0578  DNA polymerase III subunit alpha  28.71 
 
 		 1168 aa  373  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0253  DNA polymerase III subunit alpha  28.95 
 
 		 1160 aa  373  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.783595 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3197  DNA polymerase III, alpha subunit  29.21 
 
 		 1139 aa  376  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0880  DNA polymerase III, alpha subunit  30.31 
 
 		 1038 aa  376  1e-102  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.191787  hitchhiker  0.00000000000153929 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1054  DNA polymerase III subunit alpha  28.45 
 
 		 1190 aa  376  1e-102  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.785794  normal  0.120623 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>