More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3236 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_3569  DNA polymerase III, alpha subunit  46.67 
 
 		 1017 aa  914    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6872  DNA polymerase III, alpha subunit  55.15 
 
 		 982 aa  1094    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.430284 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3769  DNA polymerase III, alpha subunit  48.88 
 
 		 1018 aa  935    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3236  DNA polymerase III, alpha subunit  100 
 
 		 980 aa  2049    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1371  DNA polymerase III, alpha subunit  48.57 
 
 		 979 aa  954    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.940819 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4916  DNA polymerase III, alpha subunit  46.19 
 
 		 989 aa  893    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.188475  normal  0.0948833 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0929  DNA polymerase III, alpha subunit  30.81 
 
 		 1003 aa  437  1e-121  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1741  DNA polymerase III, alpha subunit  31.6 
 
 		 1047 aa  432  1e-119  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0237  DNA polymerase III, alpha subunit  30.55 
 
 		 1003 aa  415  1e-114  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0516  DNA polymerase III, alpha subunit  32.1 
 
 		 1079 aa  408  1.0000000000000001e-112  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0499  DNA polymerase III, alpha subunit  32.1 
 
 		 1029 aa  409  1.0000000000000001e-112  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1050  DNA polymerase III, alpha subunit  29.66 
 
 		 1075 aa  395  1e-108  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.558692  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1262  DNA polymerase III DnaE  29.26 
 
 		 1139 aa  382  1e-104  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.842621  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0809  DNA polymerase III DnaE  27.78 
 
 		 1145 aa  368  1e-100  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000123157  decreased coverage  0.00151258 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1192  DNA polymerase III DnaE  26.95 
 
 		 1145 aa  368  1e-100  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0523  DNA polymerase III DnaE  27.68 
 
 		 1108 aa  368  1e-100  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4714  DNA polymerase III DnaE  27.78 
 
 		 1108 aa  369  1e-100  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1872  DNA polymerase III DnaE  27.46 
 
 		 1156 aa  365  2e-99  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4333  DNA polymerase III DnaE  27.36 
 
 		 1108 aa  364  5.0000000000000005e-99  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4345  DNA polymerase III DnaE  27.32 
 
 		 1108 aa  364  5.0000000000000005e-99  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4719  DNA polymerase III DnaE  27.46 
 
 		 1108 aa  364  5.0000000000000005e-99  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4735  DNA polymerase III DnaE  27.26 
 
 		 1108 aa  364  6e-99  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4498  DNA polymerase III DnaE  27.36 
 
 		 1108 aa  363  7.0000000000000005e-99  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4849  DNA polymerase III DnaE  27.36 
 
 		 1108 aa  363  7.0000000000000005e-99  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0549  DNA polymerase III catalytic subunit, DnaE type  27.82 
 
 		 1134 aa  362  1e-98  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4730  DNA polymerase III DnaE  27.29 
 
 		 1108 aa  362  3e-98  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3288  DNA polymerase III DnaE  27.23 
 
 		 1109 aa  359  9.999999999999999e-98  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1391  DNA polymerase III, alpha subunit  28.21 
 
 		 1127 aa  358  1.9999999999999998e-97  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0773  DNA polymerase III, alpha subunit  27.33 
 
 		 1092 aa  357  3.9999999999999996e-97  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4434  DNA polymerase III DnaE  27.02 
 
 		 1110 aa  355  2.9999999999999997e-96  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0675  DNA polymerase III, alpha subunit  27.29 
 
 		 1148 aa  353  1e-95  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2319  DNA polymerase III DnaE  26.72 
 
 		 1225 aa  351  4e-95  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.511943  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1264  DNA polymerase III DnaE  27.31 
 
 		 1181 aa  350  7e-95  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.756254  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0434  DNA polymerase III, alpha subunit  28.07 
 
 		 1139 aa  348  2e-94  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1396  DNA polymerase III, alpha subunit  27.94 
 
 		 1159 aa  343  5.999999999999999e-93  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.253021  normal  0.727837 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2043  DNA polymerase III DnaE  28.17 
 
 		 1130 aa  342  2e-92  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03140  DNA polymerase III catalytic subunit, DnaE type  27.45 
 
 		 1122 aa  340  7e-92  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.677635  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1232  DNA polymerase III, alpha subunit  29.04 
 
 		 1203 aa  336  1e-90  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.650603 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1096  DNA polymerase III catalytic subunit, DnaE type  26.34 
 
 		 1165 aa  335  2e-90  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.35277  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0583  DNA polymerase III, alpha subunit  26.53 
 
 		 1168 aa  334  4e-90  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1885  DNA polymerase III, alpha subunit  26.3 
 
 		 1182 aa  333  8e-90  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0650  hypothetical protein  27.72 
 
 		 1148 aa  332  2e-89  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.394104 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1009  DNA polymerase III, alpha subunit  31.73 
 
 		 1039 aa  331  4e-89  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0533804  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0335  DNA polymerase III DnaE  26.78 
 
 		 1186 aa  330  9e-89  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2690  DNA polymerase III, alpha subunit  27.88 
 
 		 1104 aa  330  1.0000000000000001e-88  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1225  DNA polymerase III, alpha subunit  27.46 
 
 		 1164 aa  329  2.0000000000000001e-88  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.344496  normal  0.610841 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2068  DNA polymerase III, alpha subunit  27.55 
 
 		 1184 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00797778  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2507  DNA polymerase III, alpha subunit  26.58 
 
 		 1157 aa  328  3e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00161108  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4061  DNA polymerase III, alpha subunit  29.64 
 
 		 1174 aa  328  3e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.496247  normal  0.0397833 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1611  DNA polymerase III, alpha subunit  26.87 
 
 		 1053 aa  328  3e-88  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1177  DNA polymerase III, alpha subunit  29.35 
 
 		 1247 aa  327  9e-88  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.710188 
 
 
-
 
NC_002936  DET1464  DNA polymerase III, alpha subunit  27.38 
 
 		 1170 aa  325  2e-87  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0741  DNA polymerase III subunit alpha  27.09 
 
 		 1200 aa  325  2e-87  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.607066  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1849  DNA polymerase III, alpha subunit  28.33 
 
 		 1182 aa  325  2e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.134668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1165  DNA polymerase III DnaE  25.91 
 
 		 1036 aa  326  2e-87  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3204  DNA polymerase III, alpha subunit  25.67 
 
 		 1074 aa  326  2e-87  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0855873 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1242  DNA polymerase III, alpha subunit  27.5 
 
 		 1170 aa  325  3e-87  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01387  DNA polymerase III subunit alpha  28.25 
 
 		 1154 aa  325  3e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2786  DNA polymerase III subunit alpha  26.97 
 
 		 1149 aa  324  4e-87  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1222  DNA polymerase III, alpha subunit  26.1 
 
 		 1156 aa  325  4e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0910  DNA polymerase III subunit alpha  27.2 
 
 		 1186 aa  324  4e-87  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.689093  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0559  DNA polymerase III, alpha subunit  28.05 
 
 		 1156 aa  324  6e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.77827 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3197  DNA polymerase III, alpha subunit  27.59 
 
 		 1139 aa  324  6e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0818  DNA polymerase III subunit alpha  27 
 
 		 1200 aa  323  8e-87  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0832  DNA polymerase III subunit alpha  24.88 
 
 		 1237 aa  323  9.999999999999999e-87  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2723  DNA polymerase III, alpha subunit  27.67 
 
 		 1179 aa  323  9.999999999999999e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1214  DNA polymerase III, alpha subunit  29.23 
 
 		 1247 aa  323  9.999999999999999e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.69236  normal  0.734793 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1265  DNA polymerase III catalytic subunit, DnaE type  27.41 
 
 		 1170 aa  323  9.999999999999999e-87  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1325  DNA polymerase III, alpha subunit  26.93 
 
 		 1026 aa  322  1.9999999999999998e-86  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1793  DNA polymerase III, alpha subunit  28.6 
 
 		 1065 aa  321  3.9999999999999996e-86  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1759  DNA polymerase III, alpha subunit  28.6 
 
 		 1065 aa  321  3.9999999999999996e-86  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.463991  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1251  DNA polymerase III subunit alpha  28 
 
 		 1196 aa  321  5e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.477204 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0750  DNA polymerase III catalytic subunit, DnaE type  26.05 
 
 		 1115 aa  321  5e-86  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0831  DNA polymerase III, alpha subunit  26.56 
 
 		 1132 aa  320  6e-86  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1288  DNA polymerase III subunit alpha  26.81 
 
 		 1200 aa  319  1e-85  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.142761  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0632  DNA polymerase III, alpha subunit  27.37 
 
 		 1165 aa  318  2e-85  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05648  DNA polymerase III subunit alpha  28.73 
 
 		 1196 aa  318  4e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000434171  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0212  DNA polymerase III, alpha subunit  28.91 
 
 		 1167 aa  318  4e-85  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.0000022067  normal  0.693797 
 
 
-
 
NC_002978  WD0780  DNA polymerase III, alpha subunit  29.32 
 
 		 1109 aa  317  9e-85  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.493984  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3606  DNA polymerase III, alpha subunit  27.47 
 
 		 1178 aa  316  9.999999999999999e-85  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.402124  normal  0.562756 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0096  DNA polymerase III, alpha subunit  27.19 
 
 		 1151 aa  315  1.9999999999999998e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.810427  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1538  DNA polymerase III subunit alpha  27.55 
 
 		 1213 aa  315  1.9999999999999998e-84  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2164  DNA polymerase III, alpha subunit, putative  26.57 
 
 		 1047 aa  315  2.9999999999999996e-84  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4893  error-prone DNA polymerase  29.68 
 
 		 1087 aa  315  2.9999999999999996e-84  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0740584 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0774  DNA polymerase III catalytic subunit, DnaE type  28.51 
 
 		 1112 aa  315  2.9999999999999996e-84  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3229  DNA polymerase III, alpha subunit  27.26 
 
 		 1195 aa  315  2.9999999999999996e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.909958  normal  0.738512 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0485  DNA polymerase III subunit alpha  27.04 
 
 		 1203 aa  314  3.9999999999999997e-84  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1860  DNA polymerase III subunit alpha  26.85 
 
 		 1168 aa  315  3.9999999999999997e-84  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.100328 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0995  error-prone DNA polymerase  28.34 
 
 		 1090 aa  315  3.9999999999999997e-84  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2944  DNA polymerase III subunit alpha  27.04 
 
 		 1105 aa  314  4.999999999999999e-84  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  unclonable  0.000126736  decreased coverage  0.0000111947 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1266  DNA polymerase III, alpha subunit  27.69 
 
 		 1065 aa  314  5.999999999999999e-84  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.502736  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0506  DNA polymerase III subunit alpha  27.59 
 
 		 1201 aa  313  1e-83  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00038  putative DNA polymerase III alpha chain  30 
 
 		 986 aa  313  1e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1286  DNA polymerase III, alpha subunit  28.16 
 
 		 1165 aa  312  2e-83  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.148493  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1459  DNA polymerase III DnaE  26.8 
 
 		 1159 aa  312  2e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150549  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3092  DNA polymerase III, alpha subunit  29.89 
 
 		 1156 aa  312  2e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00110918  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0130  DNA polymerase III, alpha subunit  26.37 
 
 		 1173 aa  312  2.9999999999999997e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.103911 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1638  DNA polymerase III, alpha subunit  29.77 
 
 		 1189 aa  311  4e-83  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1863  DNA-directed DNA polymerase  28.45 
 
 		 1030 aa  311  4e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0330088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10281  DNA polymerase III subunit alpha  26.24 
 
 		 1165 aa  310  8e-83  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>