More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6872 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3236  DNA polymerase III, alpha subunit  55.15 
 
 		 980 aa  1108    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1371  DNA polymerase III, alpha subunit  49.54 
 
 		 979 aa  957    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.940819 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3769  DNA polymerase III, alpha subunit  48.27 
 
 		 1018 aa  920    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6872  DNA polymerase III, alpha subunit  100 
 
 		 982 aa  2055    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.430284 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3569  DNA polymerase III, alpha subunit  46.64 
 
 		 1017 aa  898    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4916  DNA polymerase III, alpha subunit  45.82 
 
 		 989 aa  881    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.188475  normal  0.0948833 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1741  DNA polymerase III, alpha subunit  32.62 
 
 		 1047 aa  482  1e-134  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0237  DNA polymerase III, alpha subunit  31.68 
 
 		 1003 aa  474  1e-132  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0499  DNA polymerase III, alpha subunit  30.34 
 
 		 1029 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0929  DNA polymerase III, alpha subunit  29.9 
 
 		 1003 aa  443  1e-123  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0516  DNA polymerase III, alpha subunit  31.93 
 
 		 1079 aa  437  1e-121  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1872  DNA polymerase III DnaE  29.26 
 
 		 1156 aa  399  1e-109  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0549  DNA polymerase III catalytic subunit, DnaE type  28.64 
 
 		 1134 aa  396  1e-109  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1050  DNA polymerase III, alpha subunit  28.54 
 
 		 1075 aa  393  1e-107  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.558692  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0809  DNA polymerase III DnaE  27.48 
 
 		 1145 aa  391  1e-107  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000123157  decreased coverage  0.00151258 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0773  DNA polymerase III, alpha subunit  27.76 
 
 		 1092 aa  378  1e-103  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1192  DNA polymerase III DnaE  27.57 
 
 		 1145 aa  373  1e-102  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0523  DNA polymerase III DnaE  27.43 
 
 		 1108 aa  370  1e-101  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4714  DNA polymerase III DnaE  27.43 
 
 		 1108 aa  371  1e-101  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3288  DNA polymerase III DnaE  27.61 
 
 		 1109 aa  366  1e-100  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03140  DNA polymerase III catalytic subunit, DnaE type  29.1 
 
 		 1122 aa  367  1e-100  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.677635  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1391  DNA polymerase III, alpha subunit  28.49 
 
 		 1127 aa  369  1e-100  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4333  DNA polymerase III DnaE  27.76 
 
 		 1108 aa  366  1e-99  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4345  DNA polymerase III DnaE  27.56 
 
 		 1108 aa  366  1e-99  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4719  DNA polymerase III DnaE  27.56 
 
 		 1108 aa  366  1e-99  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1264  DNA polymerase III DnaE  29.89 
 
 		 1181 aa  365  2e-99  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.756254  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1262  DNA polymerase III DnaE  28.42 
 
 		 1139 aa  365  2e-99  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.842621  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4434  DNA polymerase III DnaE  28.03 
 
 		 1110 aa  365  2e-99  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4735  DNA polymerase III DnaE  27.46 
 
 		 1108 aa  365  3e-99  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4498  DNA polymerase III DnaE  27.46 
 
 		 1108 aa  364  5.0000000000000005e-99  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4849  DNA polymerase III DnaE  27.46 
 
 		 1108 aa  364  5.0000000000000005e-99  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4730  DNA polymerase III DnaE  27.36 
 
 		 1108 aa  363  1e-98  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0434  DNA polymerase III, alpha subunit  27.33 
 
 		 1139 aa  362  2e-98  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2319  DNA polymerase III DnaE  28.64 
 
 		 1225 aa  360  6e-98  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.511943  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3092  DNA polymerase III, alpha subunit  29.77 
 
 		 1156 aa  357  5.999999999999999e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00110918  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1169  DNA polymerase III, alpha subunit  29.74 
 
 		 1155 aa  356  8.999999999999999e-97  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.34494e-16 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1396  DNA polymerase III, alpha subunit  28.93 
 
 		 1159 aa  350  8e-95  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.253021  normal  0.727837 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0831  DNA polymerase III, alpha subunit  26.7 
 
 		 1132 aa  350  9e-95  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2690  DNA polymerase III, alpha subunit  27.15 
 
 		 1104 aa  348  2e-94  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2507  DNA polymerase III, alpha subunit  27.23 
 
 		 1157 aa  347  8.999999999999999e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00161108  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1165  DNA polymerase III DnaE  28.06 
 
 		 1036 aa  346  1e-93  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1242  DNA polymerase III, alpha subunit  26 
 
 		 1170 aa  342  2e-92  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1464  DNA polymerase III, alpha subunit  25.52 
 
 		 1170 aa  342  2.9999999999999998e-92  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1459  DNA polymerase III DnaE  26.98 
 
 		 1159 aa  340  8e-92  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150549  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1009  DNA polymerase III, alpha subunit  30.04 
 
 		 1039 aa  338  1.9999999999999998e-91  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0533804  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2043  DNA polymerase III DnaE  26.65 
 
 		 1130 aa  339  1.9999999999999998e-91  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3197  DNA polymerase III, alpha subunit  30.15 
 
 		 1139 aa  337  3.9999999999999995e-91  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1265  DNA polymerase III catalytic subunit, DnaE type  27.54 
 
 		 1170 aa  337  5e-91  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1849  DNA polymerase III, alpha subunit  28.78 
 
 		 1182 aa  337  5.999999999999999e-91  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.134668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1222  DNA polymerase III, alpha subunit  27.31 
 
 		 1156 aa  337  7.999999999999999e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1215  DNA polymerase III, alpha subunit  26.99 
 
 		 1155 aa  336  1e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000331804  hitchhiker  0.00000568126 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1095  DNA polymerase III, alpha subunit  26.43 
 
 		 1044 aa  334  4e-90  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2786  DNA polymerase III subunit alpha  28 
 
 		 1149 aa  334  6e-90  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0880  DNA polymerase III, alpha subunit  26.74 
 
 		 1038 aa  334  6e-90  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.191787  hitchhiker  0.00000000000153929 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1225  DNA polymerase III, alpha subunit  33.23 
 
 		 1164 aa  333  8e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.344496  normal  0.610841 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0096  DNA polymerase III, alpha subunit  27.71 
 
 		 1151 aa  333  1e-89  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.810427  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0750  DNA polymerase III catalytic subunit, DnaE type  27.08 
 
 		 1115 aa  332  2e-89  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0198  DNA polymerase III subunit alpha  27.95 
 
 		 1158 aa  332  2e-89  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0583  DNA polymerase III, alpha subunit  28.57 
 
 		 1168 aa  332  3e-89  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1747  DNA polymerase III, alpha subunit  28.59 
 
 		 1122 aa  331  4e-89  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0675  DNA polymerase III, alpha subunit  28.44 
 
 		 1148 aa  331  5.0000000000000004e-89  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1401  DNA polymerase III, alpha subunit  26.94 
 
 		 1155 aa  330  7e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.67909  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2164  DNA polymerase III, alpha subunit, putative  26.35 
 
 		 1047 aa  330  9e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3552  DNA polymerase III, alpha subunit  27.26 
 
 		 1217 aa  327  6e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.658792  hitchhiker  0.00874617 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1611  DNA polymerase III, alpha subunit  26.21 
 
 		 1053 aa  327  8.000000000000001e-88  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1860  DNA polymerase III subunit alpha  27.61 
 
 		 1168 aa  325  2e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.100328 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2723  DNA polymerase III, alpha subunit  27.36 
 
 		 1179 aa  324  4e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3606  DNA polymerase III, alpha subunit  28.56 
 
 		 1178 aa  323  9.000000000000001e-87  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.402124  normal  0.562756 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2068  DNA polymerase III, alpha subunit  26.69 
 
 		 1184 aa  323  9.000000000000001e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00797778  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4522  DNA polymerase III subunit alpha  27.55 
 
 		 1173 aa  322  1.9999999999999998e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0995  error-prone DNA polymerase  29.51 
 
 		 1090 aa  322  1.9999999999999998e-86  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4284  DNA polymerase III subunit alpha  28.62 
 
 		 1150 aa  321  3e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.166792 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2410  DNA polymerase III, alpha subunit  28.76 
 
 		 1190 aa  321  5e-86  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00080646  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0167  DNA polymerase III, alpha subunit  29.32 
 
 		 1077 aa  321  5e-86  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2944  DNA polymerase III subunit alpha  29.06 
 
 		 1105 aa  320  7e-86  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  unclonable  0.000126736  decreased coverage  0.0000111947 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1179  DNA polymerase III, alpha subunit  31.42 
 
 		 1162 aa  320  1e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0650  hypothetical protein  27.28 
 
 		 1148 aa  318  3e-85  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.394104 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0722  DNA polymerase III subunit alpha  27.9 
 
 		 1160 aa  318  4e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.809003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0619  DNA polymerase III, alpha subunit  25.63 
 
 		 1033 aa  317  5e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.130808 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0973  DNA polymerase III, alpha subunit  26.64 
 
 		 1039 aa  316  9.999999999999999e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.309607  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3420  DNA polymerase III subunit alpha  27.32 
 
 		 1171 aa  316  1.9999999999999998e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1024  DNA polymerase III, alpha chain  27.49 
 
 		 1148 aa  315  1.9999999999999998e-84  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1028  DNA polymerase III subunit alpha  27.32 
 
 		 1160 aa  316  1.9999999999999998e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1081  DNA polymerase III subunit alpha  27.5 
 
 		 1171 aa  315  1.9999999999999998e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.990862  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1265  DNA polymerase III, alpha subunit  27.65 
 
 		 1176 aa  316  1.9999999999999998e-84  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.166444  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1232  DNA polymerase III, alpha subunit  29.54 
 
 		 1203 aa  315  2.9999999999999996e-84  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.650603 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0177  DNA polymerase III subunit alpha  27.39 
 
 		 1160 aa  315  2.9999999999999996e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2196  DNA polymerase III, alpha subunit  27.46 
 
 		 1165 aa  314  3.9999999999999997e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1762  DNA polymerase III subunit alpha  27.46 
 
 		 1156 aa  314  4.999999999999999e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.402462  normal  0.434108 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1264  DNA polymerase III, alpha subunit  26.73 
 
 		 1155 aa  314  5.999999999999999e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0194  DNA polymerase III subunit alpha  27.88 
 
 		 1160 aa  314  5.999999999999999e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1538  DNA polymerase III subunit alpha  27.66 
 
 		 1213 aa  313  6.999999999999999e-84  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00182  DNA polymerase III subunit alpha  27.88 
 
 		 1160 aa  313  7.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.480953  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3419  DNA polymerase III, alpha subunit  27.88 
 
 		 1160 aa  313  7.999999999999999e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0186  DNA polymerase III subunit alpha  27.88 
 
 		 1160 aa  313  7.999999999999999e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0596563  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00181  hypothetical protein  27.88 
 
 		 1160 aa  313  7.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.466902  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0188  DNA polymerase III subunit alpha  27.88 
 
 		 1160 aa  313  7.999999999999999e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0293384  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0632  DNA polymerase III, alpha subunit  27.97 
 
 		 1165 aa  313  9e-84  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0858  DNA polymerase III, alpha subunit  30.38 
 
 		 1141 aa  313  1e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  0.0000342881  normal  0.701952 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1693  DNA polymerase III subunit alpha  27.29 
 
 		 1168 aa  313  1e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.859046  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>