More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4916 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_3569  DNA polymerase III, alpha subunit  43.2 
 
 		 1017 aa  827    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6872  DNA polymerase III, alpha subunit  45.32 
 
 		 982 aa  867    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.430284 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4916  DNA polymerase III, alpha subunit  100 
 
 		 989 aa  2056    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.188475  normal  0.0948833 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3236  DNA polymerase III, alpha subunit  46.19 
 
 		 980 aa  893    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3769  DNA polymerase III, alpha subunit  43.15 
 
 		 1018 aa  825    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1371  DNA polymerase III, alpha subunit  44.44 
 
 		 979 aa  843    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.940819 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0237  DNA polymerase III, alpha subunit  32.13 
 
 		 1003 aa  434  1e-120  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1741  DNA polymerase III, alpha subunit  31.59 
 
 		 1047 aa  434  1e-120  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0929  DNA polymerase III, alpha subunit  32.33 
 
 		 1003 aa  435  1e-120  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0499  DNA polymerase III, alpha subunit  30.17 
 
 		 1029 aa  414  1e-114  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0516  DNA polymerase III, alpha subunit  32.47 
 
 		 1079 aa  404  1e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1391  DNA polymerase III, alpha subunit  28.7 
 
 		 1127 aa  349  2e-94  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1262  DNA polymerase III DnaE  29.44 
 
 		 1139 aa  347  6e-94  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.842621  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0675  DNA polymerase III, alpha subunit  30.74 
 
 		 1148 aa  344  5e-93  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0434  DNA polymerase III, alpha subunit  28.06 
 
 		 1139 aa  343  7e-93  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0773  DNA polymerase III, alpha subunit  28.6 
 
 		 1092 aa  337  9e-91  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1192  DNA polymerase III DnaE  28.36 
 
 		 1145 aa  336  1e-90  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2164  DNA polymerase III, alpha subunit, putative  29.36 
 
 		 1047 aa  335  3e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2043  DNA polymerase III DnaE  28.93 
 
 		 1130 aa  335  3e-90  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1050  DNA polymerase III, alpha subunit  28.01 
 
 		 1075 aa  333  6e-90  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.558692  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1872  DNA polymerase III DnaE  29.87 
 
 		 1156 aa  333  7.000000000000001e-90  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0831  DNA polymerase III, alpha subunit  28.12 
 
 		 1132 aa  333  8e-90  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0549  DNA polymerase III catalytic subunit, DnaE type  28.46 
 
 		 1134 aa  329  1.0000000000000001e-88  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1264  DNA polymerase III DnaE  28.85 
 
 		 1181 aa  325  2e-87  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.756254  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2786  DNA polymerase III subunit alpha  27.38 
 
 		 1149 aa  321  3.9999999999999996e-86  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0750  DNA polymerase III catalytic subunit, DnaE type  29.47 
 
 		 1115 aa  321  3.9999999999999996e-86  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03140  DNA polymerase III catalytic subunit, DnaE type  28.33 
 
 		 1122 aa  316  9.999999999999999e-85  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.677635  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1489  DNA polymerase III, alpha subunit  27.26 
 
 		 1143 aa  316  9.999999999999999e-85  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4498  DNA polymerase III DnaE  27.41 
 
 		 1108 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4333  DNA polymerase III DnaE  27.41 
 
 		 1108 aa  316  1.9999999999999998e-84  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4345  DNA polymerase III DnaE  27.31 
 
 		 1108 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0809  DNA polymerase III DnaE  29.88 
 
 		 1145 aa  315  1.9999999999999998e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000123157  decreased coverage  0.00151258 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4849  DNA polymerase III DnaE  27.41 
 
 		 1108 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4719  DNA polymerase III DnaE  27.41 
 
 		 1108 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2410  DNA polymerase III, alpha subunit  28.77 
 
 		 1190 aa  315  1.9999999999999998e-84  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00080646  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4714  DNA polymerase III DnaE  27.52 
 
 		 1108 aa  315  2.9999999999999996e-84  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4730  DNA polymerase III DnaE  27.31 
 
 		 1108 aa  314  5.999999999999999e-84  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1426  DNA polymerase III alpha subunit  27.56 
 
 		 1143 aa  313  9e-84  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0523  DNA polymerase III DnaE  27.52 
 
 		 1108 aa  313  1e-83  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4735  DNA polymerase III DnaE  27.31 
 
 		 1108 aa  311  2.9999999999999997e-83  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0130  DNA polymerase III, alpha subunit  28.19 
 
 		 1173 aa  310  8e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.103911 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1606  DNA polymerase III, alpha subunit  30.65 
 
 		 1187 aa  310  8e-83  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.667733  normal  0.417005 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1225  DNA polymerase III, alpha subunit  28.48 
 
 		 1164 aa  310  1.0000000000000001e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.344496  normal  0.610841 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1396  DNA polymerase III, alpha subunit  28.74 
 
 		 1159 aa  308  5.0000000000000004e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.253021  normal  0.727837 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0995  error-prone DNA polymerase  31.19 
 
 		 1090 aa  307  8.000000000000001e-82  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00038  putative DNA polymerase III alpha chain  30.75 
 
 		 986 aa  306  1.0000000000000001e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3288  DNA polymerase III DnaE  27.4 
 
 		 1109 aa  306  1.0000000000000001e-81  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4434  DNA polymerase III DnaE  26.76 
 
 		 1110 aa  305  2.0000000000000002e-81  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0854  DNA polymerase III subunit alpha  26.6 
 
 		 1165 aa  305  3.0000000000000004e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0880  DNA polymerase III, alpha subunit  25.93 
 
 		 1038 aa  305  4.0000000000000003e-81  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.191787  hitchhiker  0.00000000000153929 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2068  DNA polymerase III, alpha subunit  26.48 
 
 		 1184 aa  303  7.000000000000001e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00797778  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3149  error-prone DNA polymerase  26.43 
 
 		 1025 aa  303  1e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1480  DNA polymerase III, alpha subunit  28.36 
 
 		 1159 aa  303  1e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.563322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2319  DNA polymerase III DnaE  29.8 
 
 		 1225 aa  302  2e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.511943  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1265  DNA polymerase III catalytic subunit, DnaE type  29.41 
 
 		 1170 aa  302  2e-80  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4061  DNA polymerase III, alpha subunit  28.8 
 
 		 1174 aa  301  3e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.496247  normal  0.0397833 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2294  DNA polymerase III alpha chain  26.55 
 
 		 1097 aa  301  4e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09151  DNA polymerase III subunit alpha  26.16 
 
 		 1165 aa  301  4e-80  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2690  DNA polymerase III, alpha subunit  27.1 
 
 		 1104 aa  301  5e-80  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2399  DNA polymerase III subunit alpha  30.62 
 
 		 1190 aa  301  5e-80  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.351088  normal  0.331114 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0198  DNA polymerase III subunit alpha  28.65 
 
 		 1158 aa  300  7e-80  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1885  DNA polymerase III, alpha subunit  29.08 
 
 		 1182 aa  299  1e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1860  DNA polymerase III subunit alpha  28.54 
 
 		 1168 aa  299  2e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.100328 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17260  DNA polymerase III subunit alpha  28.65 
 
 		 1173 aa  299  2e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2723  DNA polymerase III, alpha subunit  26.5 
 
 		 1179 aa  298  3e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1464  DNA polymerase III, alpha subunit  28.63 
 
 		 1170 aa  298  4e-79  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1265  DNA polymerase III, alpha subunit  27.49 
 
 		 1176 aa  298  4e-79  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.166444  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0583  DNA polymerase III, alpha subunit  27.87 
 
 		 1168 aa  298  5e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1296  DNA polymerase III, alpha subunit  30.53 
 
 		 1181 aa  297  6e-79  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1459  DNA polymerase III DnaE  27.46 
 
 		 1159 aa  297  6e-79  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150549  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3380  DNA polymerase III, alpha subunit  26.58 
 
 		 1055 aa  297  7e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.176631 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1499  DNA polymerase III subunit alpha  28.9 
 
 		 1185 aa  297  7e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3092  DNA polymerase III, alpha subunit  26.78 
 
 		 1156 aa  297  7e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00110918  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1310  DNA polymerase III, alpha subunit  27.67 
 
 		 1510 aa  296  9e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2196  DNA polymerase III, alpha subunit  27.37 
 
 		 1165 aa  296  1e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1242  DNA polymerase III, alpha subunit  28.41 
 
 		 1170 aa  296  1e-78  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10281  DNA polymerase III subunit alpha  26.3 
 
 		 1165 aa  296  1e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0808  DNA polymerase III, alpha subunit  26.81 
 
 		 1059 aa  296  2e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.881912  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1169  DNA polymerase III, alpha subunit  26.97 
 
 		 1155 aa  295  2e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.34494e-16 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1183  error-prone DNA polymerase  31.02 
 
 		 1099 aa  295  2e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04615  putative DNA polymerase III alpha subunit  28.89 
 
 		 1454 aa  295  2e-78  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1200  error-prone DNA polymerase  31.02 
 
 		 1099 aa  295  2e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09131  DNA polymerase III subunit alpha  27.04 
 
 		 1165 aa  296  2e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1210  error-prone DNA polymerase  31.02 
 
 		 1099 aa  296  2e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0855057 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1266  DNA polymerase III, alpha subunit  27.33 
 
 		 1065 aa  295  4e-78  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.502736  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1177  DNA polymerase III, alpha subunit  32.01 
 
 		 1167 aa  295  4e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.906306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1461  DNA polymerase III, alpha subunit  32.01 
 
 		 1166 aa  295  4e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003014  DNA polymerase III alpha subunit  27.14 
 
 		 1024 aa  295  4e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.693678  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38840  DNA polymerase III subunit alpha  28.65 
 
 		 1176 aa  294  7e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0096  DNA polymerase III, alpha subunit  26.72 
 
 		 1151 aa  294  7e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.810427  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2428  error-prone DNA polymerase  28.41 
 
 		 1026 aa  293  8e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.370616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3187  DNA polymerase III subunit alpha  29 
 
 		 1180 aa  293  9e-78  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.527295 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02868  DNA polymerase III alpha chain  27.68 
 
 		 1024 aa  293  9e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5159  DNA polymerase III, alpha subunit  26.33 
 
 		 1087 aa  293  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.572913  normal  0.312122 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1325  DNA polymerase III, alpha subunit  27.11 
 
 		 1026 aa  293  1e-77  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1232  DNA polymerase III, alpha subunit  29.43 
 
 		 1203 aa  293  1e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.650603 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0774  DNA polymerase III catalytic subunit, DnaE type  26.43 
 
 		 1112 aa  293  1e-77  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2507  DNA polymerase III, alpha subunit  26.18 
 
 		 1157 aa  293  1e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00161108  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15831  DNA polymerase III subunit alpha  27.21 
 
 		 1171 aa  292  2e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0619  DNA polymerase III, alpha subunit  26.17 
 
 		 1033 aa  292  2e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.130808 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>