More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1177 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00182  DNA polymerase III subunit alpha  53.11 
 
 
1160 aa  1114    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.480953  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3419  DNA polymerase III, alpha subunit  53.21 
 
 
1160 aa  1115    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0832  DNA polymerase III subunit alpha  36.86 
 
 
1237 aa  694    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1464  DNA polymerase III, alpha subunit  41.98 
 
 
1170 aa  771    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1401  DNA polymerase III, alpha subunit  48.73 
 
 
1155 aa  1018    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.67909  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1606  DNA polymerase III subunit alpha  52.03 
 
 
1174 aa  1093    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2786  DNA polymerase III subunit alpha  42.54 
 
 
1149 aa  803    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1286  DNA polymerase III, alpha subunit  55.05 
 
 
1165 aa  1138    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.148493  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0780  DNA polymerase III, alpha subunit  42.3 
 
 
1109 aa  784    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.493984  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2205  DNA polymerase III subunit alpha  48.01 
 
 
1173 aa  952    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.344019  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4735  DNA polymerase III DnaE  40.25 
 
 
1108 aa  751    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1570  DNA polymerase III subunit alpha  48.58 
 
 
1186 aa  1042    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.749203  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0818  DNA polymerase III subunit alpha  41.68 
 
 
1200 aa  818    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0825  DNA polymerase III subunit alpha  45.9 
 
 
1163 aa  868    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1644  DNA polymerase III subunit alpha  51.38 
 
 
1158 aa  1103    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1549  DNA polymerase III, alpha subunit  52.19 
 
 
1173 aa  1094    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4498  DNA polymerase III DnaE  39.96 
 
 
1108 aa  755    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4333  DNA polymerase III DnaE  39.87 
 
 
1108 aa  753    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4345  DNA polymerase III DnaE  39.87 
 
 
1108 aa  751    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1913  DNA polymerase III subunit alpha  50.27 
 
 
1174 aa  981    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00377925  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1024  DNA polymerase III, alpha chain  54.16 
 
 
1148 aa  1150    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0991  DNA polymerase III, alpha chain  54.16 
 
 
1148 aa  1152    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1358  DNA polymerase III subunit alpha  52.19 
 
 
1173 aa  1096    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1177  DNA polymerase III, alpha subunit  45.07 
 
 
1247 aa  913    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.710188 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0559  DNA polymerase III, alpha subunit  48.58 
 
 
1156 aa  1005    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.77827 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0047  DNA polymerase III subunit alpha  36.47 
 
 
1188 aa  683    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.55181  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0265  DNA polymerase III subunit alpha  40.75 
 
 
1172 aa  790    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.309989  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2534  DNA polymerase III subunit alpha  49.2 
 
 
1175 aa  962    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0187  DNA polymerase III alpha subunit  38.86 
 
 
1123 aa  778    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.701424  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0858  DNA polymerase III, alpha subunit  49.87 
 
 
1141 aa  1019    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  0.0000342881  normal  0.701952 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1860  DNA polymerase III subunit alpha  45.92 
 
 
1168 aa  841    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.100328 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1355  DNA polymerase III, alpha subunit, form 1  54.75 
 
 
1253 aa  770    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.404824  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0846  DNA polymerase III, alpha subunit  51.55 
 
 
1158 aa  1121    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1116  DNA polymerase III subunit alpha  51.86 
 
 
1173 aa  1101    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3553  DNA polymerase III subunit alpha  46.6 
 
 
1163 aa  850    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1222  DNA polymerase III, alpha subunit  48.44 
 
 
1156 aa  1009    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5655  DNA polymerase III subunit alpha  50.5 
 
 
1176 aa  1001    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1262  DNA polymerase III, alpha subunit  38.78 
 
 
1188 aa  718    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.875559  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1301  DNA polymerase III subunit alpha  43.07 
 
 
1172 aa  800    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.357557  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0893  DNA polymerase III, alpha subunit  38.75 
 
 
1189 aa  736    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.323768  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1158  DNA polymerase III subunit alpha  42.99 
 
 
1172 aa  791    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.304661  normal  0.960715 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1215  DNA polymerase III, alpha subunit  48.64 
 
 
1155 aa  1025    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000331804  hitchhiker  0.00000568126 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2196  DNA polymerase III, alpha subunit  46.44 
 
 
1165 aa  948    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1115  DNA polymerase III, alpha subunit  50.09 
 
 
1158 aa  1062    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.560519  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4849  DNA polymerase III DnaE  39.96 
 
 
1108 aa  755    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0910  DNA polymerase III subunit alpha  41.1 
 
 
1186 aa  803    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.689093  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0854  DNA polymerase III subunit alpha  39.76 
 
 
1165 aa  794    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2731  DNA polymerase III, alpha subunit  51.89 
 
 
1174 aa  1024    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1582  DNA polymerase III subunit alpha  46.34 
 
 
1170 aa  857    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1872  DNA polymerase III DnaE  49.71 
 
 
1156 aa  926    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0984  DNA polymerase III subunit alpha  50.46 
 
 
1278 aa  982    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3445  DNA polymerase III, alpha subunit  43.93 
 
 
1210 aa  850    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2601  DNA polymerase III subunit alpha  43.96 
 
 
1151 aa  834    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742859  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1770  DNA polymerase III, alpha subunit  42.69 
 
 
1215 aa  742    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.183542  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0922  DNA polymerase III, alpha subunit  38.93 
 
 
1120 aa  789    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0940  DNA polymerase III subunit alpha  41.42 
 
 
1155 aa  793    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.863457 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2040  DNA polymerase III, alpha subunit  44.33 
 
 
1185 aa  899    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.918185  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1106  DNA polymerase III subunit alpha  53.7 
 
 
1173 aa  1123    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2433  DNA polymerase III subunit alpha  45.77 
 
 
1185 aa  834    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.184139 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1247  DNA polymerase III, alpha subunit  52.32 
 
 
1149 aa  1064    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2893  DNA polymerase III, alpha subunit  45.21 
 
 
1190 aa  867    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.580471 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3292  DNA polymerase III subunit alpha  50.73 
 
 
1193 aa  1010    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1569  DNA polymerase III subunit alpha  50.55 
 
 
1159 aa  1063    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.840877  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2858  DNA polymerase III subunit alpha  43.15 
 
 
1151 aa  839    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.813555  normal  0.262906 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0578  DNA polymerase III subunit alpha  52.73 
 
 
1168 aa  1101    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1693  DNA polymerase III subunit alpha  45.03 
 
 
1168 aa  832    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.859046  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1214  DNA polymerase III, alpha subunit  45.13 
 
 
1247 aa  915    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.69236  normal  0.734793 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0754  DNA polymerase III subunit alpha  48.98 
 
 
1176 aa  961    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.291929  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0538  DNA polymerase III, alpha subunit  46.98 
 
 
1163 aa  991    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2747  DNA polymerase III, alpha subunit  44.46 
 
 
1159 aa  869    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.782351 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0500  DNA polymerase III subunit alpha  43.42 
 
 
1166 aa  816    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0751072  normal  0.378075 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1179  DNA polymerase III, alpha subunit  44.44 
 
 
1162 aa  778    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1701  DNA polymerase III subunit alpha  50.91 
 
 
1177 aa  1009    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1096  DNA polymerase III catalytic subunit, DnaE type  38.88 
 
 
1165 aa  715    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.35277  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1264  DNA polymerase III, alpha subunit  50.23 
 
 
1155 aa  1039    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1255  DNA polymerase III subunit alpha  43.94 
 
 
1172 aa  803    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0094  DNA polymerase III, alpha subunit  36.11 
 
 
1194 aa  721    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.866734  decreased coverage  0.0038584 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0198  DNA polymerase III subunit alpha  49.91 
 
 
1158 aa  1055    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2626  DNA polymerase III subunit alpha  51.65 
 
 
1158 aa  1107    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0206088 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2693  DNA polymerase III subunit alpha  51.56 
 
 
1158 aa  1105    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00112631 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1849  DNA polymerase III, alpha subunit  53.65 
 
 
1182 aa  1097    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.134668  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1285  DNA polymerase III subunit alpha  51.09 
 
 
1158 aa  1077    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.876044  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2043  DNA polymerase III DnaE  45.09 
 
 
1130 aa  907    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1378  DNA polymerase III subunit alpha  46.61 
 
 
1147 aa  840    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.450591  normal  0.182438 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2352  DNA polymerase III subunit alpha  50.09 
 
 
1177 aa  999    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17260  DNA polymerase III subunit alpha  53.58 
 
 
1173 aa  1128    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1581  DNA polymerase III subunit alpha  36.99 
 
 
1185 aa  689    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.305928  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2313  DNA polymerase III subunit alpha  50.91 
 
 
1177 aa  1009    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1225  DNA polymerase III, alpha subunit  46.09 
 
 
1164 aa  948    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.344496  normal  0.610841 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3229  DNA polymerase III, alpha subunit  50.37 
 
 
1195 aa  984    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.909958  normal  0.738512 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2800  DNA polymerase III subunit alpha  49.87 
 
 
1158 aa  1105    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.867982 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1054  DNA polymerase III subunit alpha  39.12 
 
 
1190 aa  741    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.785794  normal  0.120623 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1238  DNA polymerase III subunit alpha  40.86 
 
 
1331 aa  818    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2068  DNA polymerase III, alpha subunit  49.15 
 
 
1184 aa  984    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00797778  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1195  DNA polymerase III, alpha subunit  38.44 
 
 
1190 aa  712    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1762  DNA polymerase III subunit alpha  48.23 
 
 
1156 aa  845    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.402462  normal  0.434108 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1154  DNA polymerase III subunit alpha  51.65 
 
 
1157 aa  1105    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2961  DNA polymerase III, alpha subunit  49.5 
 
 
1173 aa  1045    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.078928 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0916  DNA polymerase III subunit alpha  52.7 
 
 
1162 aa  1137    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1715  DNA polymerase III, alpha subunit  49.48 
 
 
1175 aa  960    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.49916  normal  0.677237 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>