More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_A0113 on replicon NC_010488
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010488  EcSMS35_A0113  resolvase  100 
 
 		 258 aa  526  1e-148  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0189778 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4323  phage integrase family protein  90.98 
 
 		 257 aa  459  9.999999999999999e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.980189 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0038  resolvase  89.34 
 
 		 268 aa  443  1e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0031  resolvase  90.5 
 
 		 259 aa  438  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131142  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0051  resolvase  87.24 
 
 		 268 aa  436  1e-121  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0014  resolvase  89.3 
 
 		 277 aa  436  1e-121  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.921027  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0033  Rsd  87.65 
 
 		 260 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.945608 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0055  resolvase  87.17 
 
 		 237 aa  409  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0019  putative integrase/resolvase  47.37 
 
 		 263 aa  204  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0096  site-specific recombinase  48.76 
 
 		 246 aa  202  5e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000182797  decreased coverage  0.0000000000259535 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0024  site-specific recombinase  48.56 
 
 		 246 aa  202  6e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.974565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0007  resolvase  45.24 
 
 		 299 aa  187  1e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444731  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0031  resolvase  46.09 
 
 		 271 aa  187  1e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000452405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1258  phage integrase family protein  34.23 
 
 		 246 aa  108  9.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  31.25 
 
 		 346 aa  81.6  0.00000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1383  integrase family protein  31.5 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  30.54 
 
 		 317 aa  79.3  0.00000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  32.21 
 
 		 362 aa  78.6  0.00000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.81 
 
 		 318 aa  76.6  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.81 
 
 		 318 aa  76.6  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.33 
 
 		 318 aa  75.5  0.0000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  29.65 
 
 		 306 aa  75.1  0.0000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.86 
 
 		 317 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.91 
 
 		 314 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  31.82 
 
 		 313 aa  74.3  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  27.6 
 
 		 308 aa  74.7  0.000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 		 311 aa  73.6  0.000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  28.43 
 
 		 282 aa  73.6  0.000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  32.02 
 
 		 310 aa  72.8  0.000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1489  tyrosine recombinase XerD  31.43 
 
 		 313 aa  72.8  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.966498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  31.16 
 
 		 318 aa  72.8  0.000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.09 
 
 		 299 aa  72.4  0.000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  30.05 
 
 		 294 aa  72.4  0.000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  27.59 
 
 		 290 aa  72.4  0.000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.64 
 
 		 301 aa  72  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  31.1 
 
 		 311 aa  70.5  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.73 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.64 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.64 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  27.4 
 
 		 310 aa  70.5  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.64 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5431  tyrosine recombinase XerD  31.47 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.060431  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2992  tyrosine recombinase XerD  30.77 
 
 		 308 aa  70.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.64 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.64 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.64 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  30.69 
 
 		 324 aa  70.5  0.00000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.64 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0971  integrase family protein  31.33 
 
 		 328 aa  69.7  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.64 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  29.27 
 
 		 313 aa  69.3  0.00000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11716  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.54 
 
 		 311 aa  69.3  0.00000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.162629 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2994  tyrosine recombinase XerD  30.81 
 
 		 315 aa  69.3  0.00000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  28.23 
 
 		 295 aa  68.9  0.00000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  27.94 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  34.24 
 
 		 373 aa  68.6  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14190  tyrosine recombinase XerD  27.54 
 
 		 321 aa  68.2  0.0000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.127512  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 		 296 aa  68.2  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  27.36 
 
 		 303 aa  68.2  0.0000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  30.46 
 
 		 302 aa  68.2  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  24.43 
 
 		 296 aa  68.2  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.64 
 
 		 321 aa  67.4  0.0000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15290  tyrosine recombinase XerD subunit  27.47 
 
 		 332 aa  67.4  0.0000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.203953  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  32.8 
 
 		 312 aa  67.8  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  28.02 
 
 		 297 aa  67.4  0.0000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  25.5 
 
 		 290 aa  67.4  0.0000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  28.64 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.21 
 
 		 300 aa  67  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  27.98 
 
 		 310 aa  66.6  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1915  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.89 
 
 		 345 aa  67  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.279776  hitchhiker  0.00138491 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  26.21 
 
 		 294 aa  67  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  28.79 
 
 		 313 aa  66.6  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2038  tyrosine recombinase XerD  27.83 
 
 		 311 aa  66.6  0.0000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.487981  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  29.36 
 
 		 315 aa  66.6  0.0000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3153  tyrosine recombinase XerD  30.81 
 
 		 443 aa  66.2  0.0000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.408525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  24.52 
 
 		 295 aa  65.9  0.0000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0903  tyrosine recombinase XerD  28 
 
 		 303 aa  65.9  0.0000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  26.4 
 
 		 298 aa  65.5  0.0000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0988  tyrosine recombinase XerD  28 
 
 		 303 aa  65.9  0.0000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.252447  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  27.54 
 
 		 309 aa  65.5  0.0000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  26.77 
 
 		 295 aa  65.5  0.0000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1239  hypothetical protein  25 
 
 		 299 aa  65.5  0.0000000009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.968724 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 295 aa  64.7  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  27.17 
 
 		 306 aa  65.1  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  28.77 
 
 		 317 aa  64.7  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  29.63 
 
 		 310 aa  65.1  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  24.37 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2132  integron integrase  27.35 
 
 		 319 aa  65.1  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000290373 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1924  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.89 
 
 		 325 aa  64.7  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.239497 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  27.54 
 
 		 294 aa  64.3  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  27.96 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  28.71 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  27.62 
 
 		 297 aa  64.3  0.000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1104  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.74 
 
 		 300 aa  63.9  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000317379  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0124  phage integrase family protein  25.25 
 
 		 298 aa  64.3  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.776243  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  32.6 
 
 		 292 aa  64.3  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  28.64 
 
 		 292 aa  63.9  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  29.67 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3139  phage integrase family protein  29.14 
 
 		 344 aa  63.5  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.424721  normal  0.214127 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  31.13 
 
 		 317 aa  63.5  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>