More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_0007 on replicon NC_010657
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010657  SbBS512_0007  resolvase  100 
 
 		 299 aa  612  9.999999999999999e-175  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444731  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0031  resolvase  96.28 
 
 		 271 aa  535  1e-151  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000452405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0019  putative integrase/resolvase  45.05 
 
 		 263 aa  193  3e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0051  resolvase  49.31 
 
 		 268 aa  189  4e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0031  resolvase  44.4 
 
 		 259 aa  188  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131142  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0113  resolvase  45.24 
 
 		 258 aa  187  1e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0189778 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4323  phage integrase family protein  45.76 
 
 		 257 aa  186  3e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.980189 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0055  resolvase  46.19 
 
 		 237 aa  186  3e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0014  resolvase  42.5 
 
 		 277 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.921027  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0038  resolvase  45.34 
 
 		 268 aa  177  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0033  Rsd  47.08 
 
 		 260 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.945608 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0096  site-specific recombinase  42.08 
 
 		 246 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000182797  decreased coverage  0.0000000000259535 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0024  site-specific recombinase  42.08 
 
 		 246 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.974565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1258  phage integrase family protein  34.47 
 
 		 246 aa  96.7  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  32.86 
 
 		 306 aa  68.2  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  30 
 
 		 321 aa  67  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  29.73 
 
 		 310 aa  67.4  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  30.98 
 
 		 324 aa  67  0.0000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  28 
 
 		 317 aa  66.6  0.0000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  27.06 
 
 		 346 aa  66.6  0.0000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  29.82 
 
 		 311 aa  66.6  0.0000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  31.88 
 
 		 311 aa  65.9  0.0000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  27.27 
 
 		 362 aa  65.1  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.88 
 
 		 318 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.88 
 
 		 318 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.41 
 
 		 318 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.73 
 
 		 317 aa  63.2  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  30.6 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  40.7 
 
 		 308 aa  62.4  0.000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0359  tyrosine recombinase XerD  30.62 
 
 		 290 aa  62.4  0.000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00723526 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.11 
 
 		 314 aa  62.8  0.000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11716  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.41 
 
 		 311 aa  62  0.00000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.162629 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1432  tyrosine recombinase XerD  27.88 
 
 		 321 aa  62.4  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0895087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  31.22 
 
 		 294 aa  61.2  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1489  tyrosine recombinase XerD  29.52 
 
 		 313 aa  60.5  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.966498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  25.72 
 
 		 309 aa  60.1  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2992  tyrosine recombinase XerD  30.77 
 
 		 308 aa  59.3  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2994  tyrosine recombinase XerD  32.45 
 
 		 315 aa  59.3  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  23.96 
 
 		 303 aa  58.5  0.0000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1915  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.38 
 
 		 345 aa  58.5  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.279776  hitchhiker  0.00138491 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  26.57 
 
 		 295 aa  58.5  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  36.94 
 
 		 301 aa  58.9  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1239  hypothetical protein  24.77 
 
 		 299 aa  58.9  0.0000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.968724 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5431  tyrosine recombinase XerD  32.21 
 
 		 299 aa  58.9  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.060431  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  27.35 
 
 		 308 aa  57.8  0.0000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1682  integron integrase  24.36 
 
 		 319 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  28.81 
 
 		 319 aa  57.8  0.0000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3006  integron integrase  46.77 
 
 		 334 aa  57.8  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.976928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3360  integron integrase  24.36 
 
 		 319 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1720  integron integrase  27.15 
 
 		 319 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.945826  normal  0.140223 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  39.19 
 
 		 296 aa  57.8  0.0000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  25.47 
 
 		 302 aa  57.4  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0971  integrase family protein  31.82 
 
 		 328 aa  57.4  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  51.06 
 
 		 270 aa  57  0.0000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  24.78 
 
 		 299 aa  57  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1377  site-specific recombinase XerD  53.19 
 
 		 333 aa  56.6  0.0000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000056918  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0447  phage integrase family site specific recombinase  49.18 
 
 		 307 aa  56.6  0.0000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  23.56 
 
 		 283 aa  55.8  0.0000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2641  integrase family protein  35.8 
 
 		 377 aa  56.2  0.0000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03738  putative integrase  47.54 
 
 		 322 aa  56.2  0.0000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3139  phage integrase family protein  30.29 
 
 		 344 aa  55.8  0.0000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.424721  normal  0.214127 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14190  tyrosine recombinase XerD  29.49 
 
 		 321 aa  55.8  0.0000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.127512  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1924  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.95 
 
 		 325 aa  55.8  0.0000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.239497 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  27.05 
 
 		 292 aa  55.1  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2064  phage integrase  46.97 
 
 		 297 aa  55.5  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  32.73 
 
 		 295 aa  55.5  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  34.55 
 
 		 310 aa  55.5  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15290  tyrosine recombinase XerD subunit  31.4 
 
 		 332 aa  55.5  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.203953  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  52.08 
 
 		 315 aa  55.1  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  32.73 
 
 		 295 aa  55.5  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4062  tyrosine recombinase XerD  29.11 
 
 		 353 aa  55.5  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.159612  normal  0.47475 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4643  integron integrase  27.19 
 
 		 319 aa  54.3  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00230  putative tyrosine recombinase  47.46 
 
 		 265 aa  54.7  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  32.58 
 
 		 296 aa  54.3  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  28.22 
 
 		 310 aa  55.1  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  25.23 
 
 		 296 aa  54.3  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0542  integrase  51.06 
 
 		 330 aa  55.1  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0779  integron integrase  45.16 
 
 		 320 aa  54.7  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000312296  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  33.61 
 
 		 295 aa  55.1  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  38.05 
 
 		 313 aa  54.7  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  24.2 
 
 		 305 aa  54.3  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  27.54 
 
 		 297 aa  54.7  0.000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  26.19 
 
 		 295 aa  55.1  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  36.46 
 
 		 304 aa  54.3  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  30.91 
 
 		 295 aa  53.9  0.000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2037  phage integrase family site specific recombinase  26.2 
 
 		 319 aa  53.9  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1560  tyrosine recombinase XerD  38.26 
 
 		 331 aa  53.9  0.000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.736869  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2260  integrase family protein  58.33 
 
 		 395 aa  53.9  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.46728  normal  0.0539974 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15230  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.14 
 
 		 316 aa  53.9  0.000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0614301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  27.54 
 
 		 292 aa  53.9  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  24.34 
 
 		 296 aa  53.9  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3470  phage integrase family protein  27.14 
 
 		 302 aa  53.9  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.229271  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2159  tyrosine recombinase XerD  42.65 
 
 		 311 aa  53.5  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  55.81 
 
 		 311 aa  53.5  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1131  integron integrase  26.73 
 
 		 319 aa  53.5  0.000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  35.24 
 
 		 290 aa  53.5  0.000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  55.81 
 
 		 311 aa  53.9  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  47.06 
 
 		 313 aa  53.5  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  54.55 
 
 		 311 aa  53.5  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  24.43 
 
 		 302 aa  53.5  0.000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>