More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_A0096 on replicon NC_010488
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010488  EcSMS35_A0096  site-specific recombinase  100 
 
 		 246 aa  499  1e-140  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000182797  decreased coverage  0.0000000000259535 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0024  site-specific recombinase  98.37 
 
 		 246 aa  491  9.999999999999999e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.974565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0051  resolvase  47.67 
 
 		 268 aa  209  3e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0113  resolvase  48.76 
 
 		 258 aa  202  4e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0189778 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4323  phage integrase family protein  47.6 
 
 		 257 aa  201  9.999999999999999e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.980189 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0031  resolvase  48.98 
 
 		 259 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131142  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0014  resolvase  48.58 
 
 		 277 aa  194  9e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.921027  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0019  putative integrase/resolvase  43.48 
 
 		 263 aa  194  9e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0038  resolvase  46.69 
 
 		 268 aa  192  3e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0033  Rsd  49.59 
 
 		 260 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.945608 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0055  resolvase  50 
 
 		 237 aa  189  5e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0007  resolvase  42.08 
 
 		 299 aa  167  1e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444731  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0031  resolvase  40.42 
 
 		 271 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000452405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1258  phage integrase family protein  28.57 
 
 		 246 aa  92  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  26.11 
 
 		 283 aa  69.3  0.00000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00230  putative tyrosine recombinase  30.86 
 
 		 265 aa  63.5  0.000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  29.26 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  29.26 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  32.35 
 
 		 294 aa  59.7  0.00000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  26.63 
 
 		 282 aa  59.3  0.00000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1488  tyrosine recombinase XerD  28.34 
 
 		 304 aa  59.3  0.00000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  25.41 
 
 		 295 aa  58.9  0.00000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0687  Phage integrase  28.98 
 
 		 310 aa  58.9  0.00000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.004827  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2260  integrase family protein  28.74 
 
 		 395 aa  58.9  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.46728  normal  0.0539974 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  29.44 
 
 		 309 aa  58.2  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  25.15 
 
 		 296 aa  57.8  0.0000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  28.11 
 
 		 303 aa  58.2  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  28.74 
 
 		 346 aa  58.2  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  27.14 
 
 		 295 aa  57.8  0.0000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  29.17 
 
 		 309 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 		 317 aa  57.4  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0015  Phage integrase  28.57 
 
 		 310 aa  57.4  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.230922  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  28.98 
 
 		 310 aa  57.4  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  28.74 
 
 		 310 aa  57.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  28 
 
 		 300 aa  57.8  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  29.69 
 
 		 313 aa  57.4  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2249  putative transcriptional regulator, TetR family  24.77 
 
 		 325 aa  57.4  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  29.17 
 
 		 309 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  30 
 
 		 318 aa  57  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  29.17 
 
 		 309 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  26.51 
 
 		 308 aa  57  0.0000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  30.16 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  27.08 
 
 		 295 aa  57  0.0000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.98 
 
 		 298 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  27.84 
 
 		 309 aa  56.6  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  28.74 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.98 
 
 		 298 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 		 300 aa  56.2  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  27.38 
 
 		 300 aa  55.8  0.0000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.8 
 
 		 298 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  25 
 
 		 290 aa  55.8  0.0000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  27.71 
 
 		 295 aa  55.8  0.0000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  25.77 
 
 		 270 aa  55.8  0.0000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  28.95 
 
 		 254 aa  55.5  0.0000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  29.7 
 
 		 295 aa  55.5  0.0000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1137  phage integrase  26.14 
 
 		 296 aa  55.5  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.98 
 
 		 298 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  27.22 
 
 		 305 aa  55.8  0.0000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  28.4 
 
 		 362 aa  55.5  0.0000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  27.38 
 
 		 300 aa  55.5  0.0000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  22.22 
 
 		 310 aa  55.5  0.0000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1146  tyrosine recombinase XerD  24.7 
 
 		 286 aa  55.5  0.0000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1695  phage integrase family protein  26.7 
 
 		 296 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.363626  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0523  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.67 
 
 		 315 aa  54.7  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.221654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.13 
 
 		 298 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1915  site-specific tyrosine recombinase XerD  28 
 
 		 345 aa  55.1  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.279776  hitchhiker  0.00138491 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5891  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.34 
 
 		 316 aa  55.1  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.51818 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  26.06 
 
 		 302 aa  55.1  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0110  integrase family protein  29.44 
 
 		 338 aa  55.1  0.000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.775284  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.88 
 
 		 308 aa  54.3  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14190  tyrosine recombinase XerD  28.23 
 
 		 321 aa  54.3  0.000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.127512  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  29.19 
 
 		 304 aa  53.9  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1924  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.24 
 
 		 325 aa  53.9  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.239497 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8452  integrase family protein  26.82 
 
 		 286 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.032039  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  27.38 
 
 		 300 aa  53.9  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.29 
 
 		 298 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  25.79 
 
 		 301 aa  53.9  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.79 
 
 		 311 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  26.49 
 
 		 301 aa  53.5  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 		 300 aa  53.5  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  29.47 
 
 		 306 aa  53.5  0.000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0903  tyrosine recombinase XerD  24.19 
 
 		 303 aa  53.5  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0750  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.75 
 
 		 311 aa  53.5  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2583  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.13 
 
 		 318 aa  53.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1948  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.13 
 
 		 318 aa  53.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0737  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.89 
 
 		 316 aa  53.5  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.088128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0895  tyrosine recombinase XerD  26.79 
 
 		 308 aa  53.5  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.46 
 
 		 298 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2559  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.13 
 
 		 318 aa  53.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  27.38 
 
 		 300 aa  53.9  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  24.06 
 
 		 303 aa  53.9  0.000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0988  tyrosine recombinase XerD  24.19 
 
 		 303 aa  53.5  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.252447  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2037  phage integrase family site specific recombinase  24.04 
 
 		 319 aa  53.1  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0359  tyrosine recombinase XerD  26.56 
 
 		 290 aa  53.1  0.000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00723526 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.6 
 
 		 298 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0911  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.86 
 
 		 333 aa  53.1  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  27.88 
 
 		 295 aa  53.1  0.000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  28.66 
 
 		 319 aa  53.1  0.000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5643  tyrosine recombinase XerD  26.99 
 
 		 299 aa  53.1  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.776137 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2504  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.86 
 
 		 329 aa  53.1  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>