133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1384 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1384  permease protein of ABC transporter  100 
 
 		 333 aa  689    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.178302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1471  permease protein of ABC transporter  58.61 
 
 		 332 aa  402  1e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0471  NMT1/THI5 like domain protein  54.4 
 
 		 380 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.886983  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7482  ABC transporter periplasmic-binding protein  53.54 
 
 		 329 aa  371  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.061073  normal  0.0687655 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0570  perplasmic binding protein of ABC transporter  54.4 
 
 		 374 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.288854  normal  0.233067 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0260  perplasmic binding protein of ABC transporter  52.12 
 
 		 373 aa  354  1e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.519956 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0425  perplasmic binding protein of ABC transporter  52.57 
 
 		 341 aa  353  2e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0331  perplasmic binding protein of ABC transporter  53.82 
 
 		 344 aa  350  2e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.18125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0570  ABC transporter periplasmic-binding protein  52.6 
 
 		 339 aa  350  3e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.262601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1089  NMT1/THI5-like domain-containing protein  51.14 
 
 		 352 aa  345  5e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3143  perplasmic binding protein of ABC transporter  53.87 
 
 		 351 aa  335  7e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.786011  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3549  ABC transporter substrate-binding protein  51.3 
 
 		 339 aa  334  1e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1162  NMT1/THI5 like domain protein  48.2 
 
 		 344 aa  333  2e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.139454 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4663  NMT1/THI5 like domain protein  51.95 
 
 		 338 aa  329  5.0000000000000004e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.679325 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1678  NMT1/THI5 like domain protein  51.8 
 
 		 338 aa  324  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00877169  normal  0.68258 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5136  NMT1/THI5 like domain protein  52.27 
 
 		 342 aa  320  1.9999999999999998e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3687  ABC transporter substrate-binding protein  50.65 
 
 		 351 aa  315  8e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3874  NMT1/THI5-like domain-containing protein  46.13 
 
 		 336 aa  288  7e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.196748  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0706  putative secreted protein  45.51 
 
 		 345 aa  281  9e-75  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0893  NMT1/THI5-like domain-containing protein  44.05 
 
 		 346 aa  279  4e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.15083  normal  0.0747701 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4758  NMT1/THI5 like domain protein  46.31 
 
 		 328 aa  259  6e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.622953  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0799  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.82 
 
 		 336 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0834  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  38.46 
 
 		 336 aa  237  2e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.576945  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1265  ABC transporter periplasmic-binding protein  42.22 
 
 		 314 aa  229  4e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.147763 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2591  NMT1/THI5-like domain-containing protein  41.32 
 
 		 337 aa  229  5e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.329095 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2012  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.47 
 
 		 343 aa  227  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1262  NMT1/THI5-like domain-containing protein  37.15 
 
 		 326 aa  222  6e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281211  normal  0.0156923 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3213  ABC transporter, periplasmic binding component-related protein  41.75 
 
 		 342 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.357764  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1093  NMT1/THI5 like domain protein  41.22 
 
 		 328 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000718314  normal  0.110975 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2040  NMT1/THI5 like domain protein  38.92 
 
 		 328 aa  212  9e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.841099  normal  0.44049 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2036  NMT1/THI5 like domain protein  37.79 
 
 		 322 aa  202  5e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.415947  normal  0.756885 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1717  NMT1/THI5-like domain-containing protein  37.12 
 
 		 322 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1721  NMT1/THI5-like domain-containing protein  39.86 
 
 		 328 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.768998  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1097  NMT1/THI5 like domain protein  37.12 
 
 		 322 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0236053  normal  0.472572 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3563  NMT1/THI5-like domain-containing protein  30.9 
 
 		 322 aa  133  5e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.087558  normal  0.97386 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2034  NMT1/THI5 like domain protein  29.68 
 
 		 347 aa  121  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.599976  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2868  NMT1/THI5 like domain protein  29.73 
 
 		 364 aa  111  1.0000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.51119  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0036  histidine kinase  26.67 
 
 		 856 aa  84.3  0.000000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.772406  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  28.76 
 
 		 821 aa  84  0.000000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2795  NMT1/THI5 like domain protein  26.16 
 
 		 357 aa  84  0.000000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001037 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2932  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.62 
 
 		 344 aa  82  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.01782  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2950  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.3 
 
 		 1004 aa  82  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1273  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.57 
 
 		 1004 aa  80.5  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2979  NMT1/THI5-like domain-containing protein  29.05 
 
 		 323 aa  79  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.2 
 
 		 1075 aa  77  0.0000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  25.21 
 
 		 778 aa  77  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  27.56 
 
 		 686 aa  75.1  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.58 
 
 		 915 aa  75.1  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  24.05 
 
 		 1065 aa  75.1  0.000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  28.37 
 
 		 674 aa  73.9  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5087  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.42 
 
 		 342 aa  72.8  0.000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1309  NMT1/THI5-ike domain protein  26.4 
 
 		 375 aa  72.8  0.000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.135752  hitchhiker  0.0000217604 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  24 
 
 		 721 aa  72.4  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  24.4 
 
 		 775 aa  72  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1173  NMT1/THI5 like domain protein  27.17 
 
 		 335 aa  69.7  0.00000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0956705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.62 
 
 		 1238 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5201  NMT1/THI5-like domain-containing protein  22.19 
 
 		 345 aa  66.6  0.0000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  24.21 
 
 		 794 aa  65.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17290  hypothetical protein  25.64 
 
 		 393 aa  65.9  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.047766  normal  0.203711 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3298  NMT1/THI5 like domain protein  25.37 
 
 		 323 aa  63.9  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0027  twin-arginine translocation pathway signal  26.98 
 
 		 365 aa  61.6  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3143  hypothetical protein  26.87 
 
 		 383 aa  62  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.60988  normal  0.0276228 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6030  putative ABC transporter, substrate binding protein  23.92 
 
 		 329 aa  61.6  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3120  twin-arginine translocation pathway signal  24.84 
 
 		 340 aa  60.8  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3387  histidine kinase  23.63 
 
 		 593 aa  60.8  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2085  hydroxymethylpyrimidine-binding protein  25.95 
 
 		 328 aa  60.5  0.00000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3787  hypothetical protein  23.85 
 
 		 392 aa  60.5  0.00000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.036851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3043  NMT1/THI5 like domain protein  26.34 
 
 		 323 aa  59.7  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  24.77 
 
 		 893 aa  59.7  0.00000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1730  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.2 
 
 		 329 aa  59.3  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.524252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2049  NMT1/THI5 like domain protein  26.67 
 
 		 334 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0260  hypothetical protein  23.24 
 
 		 392 aa  57.8  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3032  twin-arginine translocation pathway signal  24.26 
 
 		 348 aa  57  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000338526  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2101  NMT1/THI5 like domain protein  23.03 
 
 		 327 aa  56.2  0.0000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1075  NMT1/THI5 like domain-containing protein  24.32 
 
 		 325 aa  55.5  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.469481 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3456  hypothetical protein  28.89 
 
 		 336 aa  55.8  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1084  NMT1/THI5 like domain protein  25.83 
 
 		 334 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00229881  normal  0.0195344 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2373  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.59 
 
 		 330 aa  55.1  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.626309  normal  0.163906 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1583  NMT1/THI5 like domain protein  25.39 
 
 		 338 aa  54.3  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.78687 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1437  NMT1/THI5 like domain protein  25.51 
 
 		 378 aa  53.9  0.000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.608485 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1302  NMT1/THI5 like domain protein  22.9 
 
 		 364 aa  53.9  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0447941  normal  0.757819 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2733  NMT1/THI5 like domain protein  23.56 
 
 		 349 aa  53.9  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.546218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2024  NMT1/THI5 like domain protein  23.94 
 
 		 344 aa  53.9  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0402  NMT1/THI5 like domain protein  22.29 
 
 		 360 aa  52.4  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2205  ABC transporter substrate-binding protein  27.72 
 
 		 324 aa  52  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5692  NMT1/THI5-like domain-containing protein  22.91 
 
 		 360 aa  52.4  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0306  twin-arginine translocation pathway signal  21.96 
 
 		 331 aa  51.2  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2065  NMT1/THI5 like domain protein  22.42 
 
 		 327 aa  51.6  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.411496  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2758  NMT1/THI5 like domain protein  20.63 
 
 		 354 aa  51.2  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.512132  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7652  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  24.1 
 
 		 332 aa  50.4  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0343  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.9 
 
 		 332 aa  50.8  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.010021  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3461  ABC transporter substrate binding protein (nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate)  25.3 
 
 		 330 aa  49.7  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1882  NMT1/THI5 like domain-containing protein  25.1 
 
 		 361 aa  49.7  0.00008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.4783 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2047  hypothetical protein  25.4 
 
 		 326 aa  49.3  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0745441  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0492  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  32.41 
 
 		 332 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2699  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.88 
 
 		 335 aa  49.3  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.428468  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1528  ABC transporter substrate-binding protein  21.6 
 
 		 357 aa  48.5  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3204  membrane lipoprotein lipid attachment site  23 
 
 		 336 aa  49.3  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0443411  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1486  NMT1/THI5 like domain protein  23.89 
 
 		 355 aa  48.9  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3812  NMT1/THI5 like domain protein  32.04 
 
 		 365 aa  48.9  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.424332 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>