165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0425 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0425  perplasmic binding protein of ABC transporter  100 
 
 		 341 aa  694    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0331  perplasmic binding protein of ABC transporter  87.94 
 
 		 344 aa  598  1e-170  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.18125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0471  NMT1/THI5 like domain protein  80.25 
 
 		 380 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.886983  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0570  ABC transporter periplasmic-binding protein  80.53 
 
 		 339 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.262601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7482  ABC transporter periplasmic-binding protein  77.44 
 
 		 329 aa  540  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.061073  normal  0.0687655 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0570  perplasmic binding protein of ABC transporter  78.53 
 
 		 374 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.288854  normal  0.233067 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0260  perplasmic binding protein of ABC transporter  78.85 
 
 		 373 aa  528  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.519956 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1089  NMT1/THI5-like domain-containing protein  55.17 
 
 		 352 aa  403  1e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1162  NMT1/THI5 like domain protein  56.19 
 
 		 344 aa  393  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.139454 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3549  ABC transporter substrate-binding protein  58.84 
 
 		 339 aa  394  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4663  NMT1/THI5 like domain protein  58.9 
 
 		 338 aa  385  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.679325 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1678  NMT1/THI5 like domain protein  58.17 
 
 		 338 aa  384  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00877169  normal  0.68258 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1384  permease protein of ABC transporter  52.57 
 
 		 333 aa  372  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.178302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3143  perplasmic binding protein of ABC transporter  55.95 
 
 		 351 aa  362  6e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.786011  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5136  NMT1/THI5 like domain protein  56.91 
 
 		 342 aa  358  9.999999999999999e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3687  ABC transporter substrate-binding protein  55.48 
 
 		 351 aa  348  6e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1471  permease protein of ABC transporter  50.76 
 
 		 332 aa  336  3.9999999999999995e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0706  putative secreted protein  49.84 
 
 		 345 aa  332  7.000000000000001e-90  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3874  NMT1/THI5-like domain-containing protein  47.76 
 
 		 336 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.196748  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0893  NMT1/THI5-like domain-containing protein  45.13 
 
 		 346 aa  294  1e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.15083  normal  0.0747701 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0834  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  43.21 
 
 		 336 aa  278  8e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.576945  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2012  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.45 
 
 		 343 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4758  NMT1/THI5 like domain protein  46.49 
 
 		 328 aa  270  2.9999999999999997e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.622953  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0799  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.45 
 
 		 336 aa  258  1e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3213  ABC transporter, periplasmic binding component-related protein  45.18 
 
 		 342 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.357764  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2591  NMT1/THI5-like domain-containing protein  42.77 
 
 		 337 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.329095 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1262  NMT1/THI5-like domain-containing protein  40.85 
 
 		 326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281211  normal  0.0156923 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1717  NMT1/THI5-like domain-containing protein  41.67 
 
 		 322 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2036  NMT1/THI5 like domain protein  41.67 
 
 		 322 aa  242  6e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.415947  normal  0.756885 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1097  NMT1/THI5 like domain protein  40.67 
 
 		 322 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0236053  normal  0.472572 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2040  NMT1/THI5 like domain protein  39.51 
 
 		 328 aa  232  8.000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.841099  normal  0.44049 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1093  NMT1/THI5 like domain protein  39.81 
 
 		 328 aa  231  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000718314  normal  0.110975 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1721  NMT1/THI5-like domain-containing protein  39.94 
 
 		 328 aa  225  1e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.768998  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1265  ABC transporter periplasmic-binding protein  38.87 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.147763 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3563  NMT1/THI5-like domain-containing protein  31.96 
 
 		 322 aa  149  5e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.087558  normal  0.97386 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2868  NMT1/THI5 like domain protein  31.23 
 
 		 364 aa  140  3e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.51119  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2034  NMT1/THI5 like domain protein  29.47 
 
 		 347 aa  130  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.599976  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2932  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.15 
 
 		 344 aa  93.2  6e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.01782  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.68 
 
 		 1075 aa  89.4  8e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3456  hypothetical protein  28.1 
 
 		 336 aa  86.7  5e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2979  NMT1/THI5-like domain-containing protein  29.48 
 
 		 323 aa  86.7  6e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5201  NMT1/THI5-like domain-containing protein  22.78 
 
 		 345 aa  85.1  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  24.84 
 
 		 686 aa  82.8  0.000000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3032  twin-arginine translocation pathway signal  28.92 
 
 		 348 aa  82.8  0.000000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000338526  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.24 
 
 		 915 aa  82.4  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1309  NMT1/THI5-ike domain protein  26.22 
 
 		 375 aa  81.6  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.135752  hitchhiker  0.0000217604 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5087  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.24 
 
 		 342 aa  81.3  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  26.19 
 
 		 674 aa  79.7  0.00000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0036  histidine kinase  24.03 
 
 		 856 aa  79.3  0.00000000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.772406  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  23.41 
 
 		 1065 aa  79.3  0.00000000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3204  membrane lipoprotein lipid attachment site  24.61 
 
 		 336 aa  75.1  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0443411  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1173  NMT1/THI5 like domain protein  25.83 
 
 		 335 aa  73.6  0.000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0956705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6030  putative ABC transporter, substrate binding protein  27.09 
 
 		 329 aa  73.2  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  22.8 
 
 		 721 aa  73.2  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  27.2 
 
 		 821 aa  73.2  0.000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4165  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.65 
 
 		 331 aa  73.2  0.000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0994431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0343  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.39 
 
 		 332 aa  72.8  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.010021  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  22.64 
 
 		 794 aa  71.6  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17290  hypothetical protein  25.95 
 
 		 393 aa  71.2  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.047766  normal  0.203711 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4359  twin-arginine translocation pathway signal  23.88 
 
 		 331 aa  70.9  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2758  NMT1/THI5 like domain protein  24.6 
 
 		 354 aa  71.2  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.512132  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2950  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.83 
 
 		 1004 aa  70.5  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3298  NMT1/THI5 like domain protein  27.94 
 
 		 323 aa  68.9  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3043  NMT1/THI5 like domain protein  29.02 
 
 		 323 aa  68.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2699  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.2 
 
 		 335 aa  68.6  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.428468  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3120  twin-arginine translocation pathway signal  25.15 
 
 		 340 aa  67.4  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1358  NMT1/THI5 like domain protein  23.93 
 
 		 330 aa  67.4  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.502461  normal  0.023119 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2024  NMT1/THI5 like domain protein  25.97 
 
 		 344 aa  67.4  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1273  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  21.29 
 
 		 1004 aa  67.4  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3812  NMT1/THI5 like domain protein  27.85 
 
 		 365 aa  67.4  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.424332 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0368  ABC transporter substrate-binding protein  26.33 
 
 		 332 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0358  ABC transporter, substrate-binding protein  26.33 
 
 		 332 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0355  ABC transporter, substrate-binding protein  26.33 
 
 		 332 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0494  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.33 
 
 		 332 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0382  ABC transporter substrate-binding protein  26.33 
 
 		 332 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0425  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.33 
 
 		 332 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1730  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.73 
 
 		 329 aa  67  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.524252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0667  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.92 
 
 		 329 aa  66.6  0.0000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4877  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.33 
 
 		 332 aa  66.2  0.0000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0447  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.21 
 
 		 332 aa  66.2  0.0000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3387  histidine kinase  23.29 
 
 		 593 aa  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0492  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  26.71 
 
 		 332 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.53 
 
 		 1238 aa  65.1  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3461  ABC transporter substrate binding protein (nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate)  27.31 
 
 		 330 aa  64.7  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2047  hypothetical protein  27.53 
 
 		 326 aa  64.7  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0745441  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3143  hypothetical protein  28.9 
 
 		 383 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.60988  normal  0.0276228 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2373  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.67 
 
 		 330 aa  64.7  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.626309  normal  0.163906 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  23.47 
 
 		 775 aa  64.3  0.000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0619  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  25.31 
 
 		 336 aa  64.3  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2101  NMT1/THI5 like domain protein  25.55 
 
 		 327 aa  64.3  0.000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1084  NMT1/THI5 like domain protein  26.89 
 
 		 334 aa  63.5  0.000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00229881  normal  0.0195344 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2049  NMT1/THI5 like domain protein  27.12 
 
 		 334 aa  63.9  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0038  NMT1/THI5 like domain protein  25.39 
 
 		 336 aa  63.5  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1374  NMT1/THI5 like domain protein  27.35 
 
 		 329 aa  62.8  0.000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.353892  normal  0.853253 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0815  NMT1/THI5 like domain protein  25.4 
 
 		 321 aa  62.4  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.645027 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3625  hypothetical protein  24.27 
 
 		 379 aa  62.4  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0306  twin-arginine translocation pathway signal  22.66 
 
 		 331 aa  61.2  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1075  NMT1/THI5 like domain-containing protein  24.18 
 
 		 325 aa  61.6  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.469481 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2701  NMT1/THI5-like domain-containing protein  21.73 
 
 		 331 aa  61.2  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1861  NMT1/THI5 like domain protein  24.45 
 
 		 339 aa  60.8  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>