150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0260 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0570  perplasmic binding protein of ABC transporter  88.5 
 
 
374 aa  644    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.288854  normal  0.233067 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0260  perplasmic binding protein of ABC transporter  100 
 
 
373 aa  759    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.519956 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0471  NMT1/THI5 like domain protein  83.16 
 
 
380 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.886983  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7482  ABC transporter periplasmic-binding protein  76.21 
 
 
329 aa  511  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.061073  normal  0.0687655 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0570  ABC transporter periplasmic-binding protein  78.03 
 
 
339 aa  500  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.262601  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0425  perplasmic binding protein of ABC transporter  78.85 
 
 
341 aa  500  1e-140  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0331  perplasmic binding protein of ABC transporter  68.19 
 
 
344 aa  496  1e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.18125  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1089  NMT1/THI5-like domain-containing protein  57.93 
 
 
352 aa  401  9.999999999999999e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1162  NMT1/THI5 like domain protein  58.79 
 
 
344 aa  394  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.139454 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3549  ABC transporter substrate-binding protein  55.1 
 
 
339 aa  375  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4663  NMT1/THI5 like domain protein  54.69 
 
 
338 aa  360  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.679325 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1384  permease protein of ABC transporter  52.12 
 
 
333 aa  353  2.9999999999999997e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.178302  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1678  NMT1/THI5 like domain protein  52.27 
 
 
338 aa  349  5e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00877169  normal  0.68258 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3143  perplasmic binding protein of ABC transporter  52.75 
 
 
351 aa  333  3e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.786011  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1471  permease protein of ABC transporter  50.32 
 
 
332 aa  325  1e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3687  ABC transporter substrate-binding protein  46.92 
 
 
351 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5136  NMT1/THI5 like domain protein  50.81 
 
 
342 aa  322  9.999999999999999e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0706  putative secreted protein  49.67 
 
 
345 aa  320  1.9999999999999998e-86  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0893  NMT1/THI5-like domain-containing protein  46.54 
 
 
346 aa  303  3.0000000000000004e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.15083  normal  0.0747701 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3874  NMT1/THI5-like domain-containing protein  46.01 
 
 
336 aa  287  2e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.196748  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0834  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  42.67 
 
 
336 aa  265  1e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.576945  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2012  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.69 
 
 
343 aa  258  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452501  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4758  NMT1/THI5 like domain protein  43.29 
 
 
328 aa  248  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.622953  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1262  NMT1/THI5-like domain-containing protein  39.17 
 
 
326 aa  241  1e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281211  normal  0.0156923 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0799  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.52 
 
 
336 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2591  NMT1/THI5-like domain-containing protein  41.56 
 
 
337 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.329095 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3213  ABC transporter, periplasmic binding component-related protein  42.47 
 
 
342 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.357764  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1717  NMT1/THI5-like domain-containing protein  39.39 
 
 
322 aa  228  1e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2036  NMT1/THI5 like domain protein  39.73 
 
 
322 aa  228  1e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.415947  normal  0.756885 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1097  NMT1/THI5 like domain protein  39.06 
 
 
322 aa  225  7e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0236053  normal  0.472572 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1265  ABC transporter periplasmic-binding protein  37.7 
 
 
314 aa  210  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147763 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1093  NMT1/THI5 like domain protein  38.41 
 
 
328 aa  210  3e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000718314  normal  0.110975 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2040  NMT1/THI5 like domain protein  38.74 
 
 
328 aa  209  5e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.841099  normal  0.44049 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1721  NMT1/THI5-like domain-containing protein  38.41 
 
 
328 aa  205  9e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.768998  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3563  NMT1/THI5-like domain-containing protein  31.23 
 
 
322 aa  136  7.000000000000001e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.087558  normal  0.97386 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2868  NMT1/THI5 like domain protein  29.63 
 
 
364 aa  131  1.0000000000000001e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.51119  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2034  NMT1/THI5 like domain protein  28.92 
 
 
347 aa  124  2e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.599976  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1309  NMT1/THI5-ike domain protein  26.28 
 
 
375 aa  91.3  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.135752  hitchhiker  0.0000217604 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2932  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.07 
 
 
344 aa  90.5  4e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.01782  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.02 
 
 
1075 aa  87.4  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5087  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.95 
 
 
342 aa  85.9  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  29.22 
 
 
674 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.78 
 
 
915 aa  84.7  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  24.16 
 
 
1065 aa  81.6  0.00000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5201  NMT1/THI5-like domain-containing protein  22.57 
 
 
345 aa  80.1  0.00000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2950  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.61 
 
 
1004 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1273  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.71 
 
 
1004 aa  77.4  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  22.83 
 
 
686 aa  76.6  0.0000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0622  NMT1/THI5 like domain protein  25.75 
 
 
338 aa  74.7  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2979  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.91 
 
 
323 aa  73.9  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3387  histidine kinase  24.9 
 
 
593 aa  72.8  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1173  NMT1/THI5 like domain protein  24.13 
 
 
335 aa  70.9  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0956705  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1358  NMT1/THI5 like domain protein  25 
 
 
330 aa  70.9  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.502461  normal  0.023119 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  25.57 
 
 
821 aa  70.5  0.00000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3625  hypothetical protein  29.34 
 
 
379 aa  70.1  0.00000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  20.88 
 
 
775 aa  69.7  0.00000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  22.79 
 
 
794 aa  69.7  0.00000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3120  twin-arginine translocation pathway signal  24.5 
 
 
340 aa  67.8  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.92 
 
 
1238 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3032  twin-arginine translocation pathway signal  24.9 
 
 
348 aa  68.2  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000338526  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2758  NMT1/THI5 like domain protein  21.38 
 
 
354 aa  67  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.512132  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  23.61 
 
 
721 aa  66.6  0.0000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3456  hypothetical protein  25.96 
 
 
336 aa  66.6  0.0000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0036  histidine kinase  22.69 
 
 
856 aa  66.2  0.0000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.772406  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3204  membrane lipoprotein lipid attachment site  21.73 
 
 
336 aa  65.1  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0443411  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4102  NMT1/THI5-like domain-containing protein  22.79 
 
 
336 aa  65.1  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000394257 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3043  NMT1/THI5 like domain protein  29.15 
 
 
323 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3143  hypothetical protein  26.44 
 
 
383 aa  63.9  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.60988  normal  0.0276228 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6030  putative ABC transporter, substrate binding protein  27.8 
 
 
329 aa  63.9  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3755  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.35 
 
 
335 aa  63.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3298  NMT1/THI5 like domain protein  28.7 
 
 
323 aa  63.2  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2101  NMT1/THI5 like domain protein  26.25 
 
 
327 aa  62  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3508  twin-arginine translocation pathway signal  24.11 
 
 
342 aa  62  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.276709  normal  0.0987839 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  22.58 
 
 
893 aa  61.2  0.00000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4165  NMT1/THI5-like domain-containing protein  22.54 
 
 
331 aa  60.8  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0994431  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1075  NMT1/THI5 like domain-containing protein  24.19 
 
 
325 aa  60.1  0.00000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.469481 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1302  NMT1/THI5 like domain protein  21.88 
 
 
364 aa  59.7  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0447941  normal  0.757819 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2065  NMT1/THI5 like domain protein  27.02 
 
 
327 aa  59.3  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.411496  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0179  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic components TauA  28.25 
 
 
326 aa  58.9  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  20.47 
 
 
778 aa  58.9  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3461  ABC transporter substrate binding protein (nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate)  28.32 
 
 
330 aa  59.3  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1812  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic components TauA  28.25 
 
 
326 aa  58.9  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.661868  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1730  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.99 
 
 
329 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.524252  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2049  NMT1/THI5 like domain protein  28.39 
 
 
334 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5692  NMT1/THI5-like domain-containing protein  22.97 
 
 
360 aa  58.5  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0492  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  23.77 
 
 
332 aa  57.8  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2047  hypothetical protein  27.88 
 
 
326 aa  57.8  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0745441  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0670  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  22.11 
 
 
328 aa  57.8  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0360642 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17290  hypothetical protein  25.37 
 
 
393 aa  57.8  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.047766  normal  0.203711 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2373  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.12 
 
 
330 aa  57.4  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.626309  normal  0.163906 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1084  NMT1/THI5 like domain protein  27.97 
 
 
334 aa  57.4  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00229881  normal  0.0195344 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0306  twin-arginine translocation pathway signal  22.22 
 
 
331 aa  57  0.0000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13660  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  22.22 
 
 
349 aa  57  0.0000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0815  NMT1/THI5 like domain protein  24.12 
 
 
321 aa  56.6  0.0000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.645027 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2795  NMT1/THI5 like domain protein  21.53 
 
 
357 aa  56.6  0.0000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001037 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0371  NMT1/THI5-like domain-containing protein  22.27 
 
 
332 aa  56.2  0.0000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3117  NMT1/THI5 like domain protein  23.29 
 
 
331 aa  56.2  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.3456  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2701  NMT1/THI5-like domain-containing protein  20.07 
 
 
331 aa  55.8  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0667  NMT1/THI5-like domain-containing protein  22.18 
 
 
329 aa  55.5  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3787  hypothetical protein  22.45 
 
 
392 aa  55.5  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.036851  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>