189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3213 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3213  ABC transporter, periplasmic binding component-related protein  100 
 
 
342 aa  694    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.357764  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2591  NMT1/THI5-like domain-containing protein  83.82 
 
 
337 aa  579  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.329095 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2012  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  63.64 
 
 
343 aa  413  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452501  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1093  NMT1/THI5 like domain protein  57.05 
 
 
328 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000718314  normal  0.110975 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1265  ABC transporter periplasmic-binding protein  56.29 
 
 
314 aa  354  1e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147763 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2040  NMT1/THI5 like domain protein  55.14 
 
 
328 aa  352  7e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.841099  normal  0.44049 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1721  NMT1/THI5-like domain-containing protein  55.74 
 
 
328 aa  343  2e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.768998  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4758  NMT1/THI5 like domain protein  51.32 
 
 
328 aa  321  9.999999999999999e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.622953  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0706  putative secreted protein  46.13 
 
 
345 aa  283  3.0000000000000004e-75  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0893  NMT1/THI5-like domain-containing protein  48.15 
 
 
346 aa  265  1e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.15083  normal  0.0747701 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7482  ABC transporter periplasmic-binding protein  42.77 
 
 
329 aa  253  3e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.061073  normal  0.0687655 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1678  NMT1/THI5 like domain protein  43.33 
 
 
338 aa  248  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00877169  normal  0.68258 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3549  ABC transporter substrate-binding protein  41.91 
 
 
339 aa  246  4.9999999999999997e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0570  perplasmic binding protein of ABC transporter  44.15 
 
 
374 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.288854  normal  0.233067 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0425  perplasmic binding protein of ABC transporter  44.24 
 
 
341 aa  240  2.9999999999999997e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0471  NMT1/THI5 like domain protein  42.47 
 
 
380 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.886983  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0799  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.1 
 
 
336 aa  238  9e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4663  NMT1/THI5 like domain protein  42.67 
 
 
338 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.679325 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1162  NMT1/THI5 like domain protein  42.95 
 
 
344 aa  237  2e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.139454 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1089  NMT1/THI5-like domain-containing protein  43.67 
 
 
352 aa  233  2.0000000000000002e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0260  perplasmic binding protein of ABC transporter  42.47 
 
 
373 aa  232  9e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.519956 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0331  perplasmic binding protein of ABC transporter  43.33 
 
 
344 aa  231  2e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.18125  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3874  NMT1/THI5-like domain-containing protein  41.42 
 
 
336 aa  229  4e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.196748  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3687  ABC transporter substrate-binding protein  46.32 
 
 
351 aa  229  6e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0834  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  42.32 
 
 
336 aa  223  3e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.576945  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3143  perplasmic binding protein of ABC transporter  42.05 
 
 
351 aa  220  3e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.786011  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1384  permease protein of ABC transporter  40.31 
 
 
333 aa  218  7.999999999999999e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.178302  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5136  NMT1/THI5 like domain protein  41.06 
 
 
342 aa  213  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1471  permease protein of ABC transporter  41.51 
 
 
332 aa  211  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0570  ABC transporter periplasmic-binding protein  40.67 
 
 
339 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.262601  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1262  NMT1/THI5-like domain-containing protein  40 
 
 
326 aa  204  3e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281211  normal  0.0156923 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1717  NMT1/THI5-like domain-containing protein  36.91 
 
 
322 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1097  NMT1/THI5 like domain protein  36.91 
 
 
322 aa  181  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0236053  normal  0.472572 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2036  NMT1/THI5 like domain protein  36.91 
 
 
322 aa  181  2e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.415947  normal  0.756885 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2868  NMT1/THI5 like domain protein  33.53 
 
 
364 aa  167  2.9999999999999998e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.51119  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3563  NMT1/THI5-like domain-containing protein  34.11 
 
 
322 aa  145  1e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.087558  normal  0.97386 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2034  NMT1/THI5 like domain protein  33.09 
 
 
347 aa  138  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.599976  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.9 
 
 
1075 aa  123  4e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.97 
 
 
1238 aa  102  9e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0179  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic components TauA  32.65 
 
 
326 aa  99.8  6e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1812  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic components TauA  32.65 
 
 
326 aa  99.8  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.661868  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2373  NMT1/THI5-like domain-containing protein  31.23 
 
 
330 aa  98.2  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.626309  normal  0.163906 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5087  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.46 
 
 
342 aa  97.4  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3298  NMT1/THI5 like domain protein  28.36 
 
 
323 aa  95.9  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3461  ABC transporter substrate binding protein (nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate)  30.08 
 
 
330 aa  94  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.19 
 
 
915 aa  92.4  9e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3043  NMT1/THI5 like domain protein  29.96 
 
 
323 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2047  hypothetical protein  29.15 
 
 
326 aa  90.9  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0745441  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0038  NMT1/THI5 like domain protein  27.97 
 
 
336 aa  89.4  8e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6030  putative ABC transporter, substrate binding protein  29.77 
 
 
329 aa  88.6  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5201  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.16 
 
 
345 aa  89  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2699  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.25 
 
 
335 aa  87.4  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.428468  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1466  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  30.45 
 
 
326 aa  87.4  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0213  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.64 
 
 
322 aa  87  4e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3456  hypothetical protein  29.46 
 
 
336 aa  87  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1374  NMT1/THI5 like domain protein  30.25 
 
 
329 aa  87  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.353892  normal  0.853253 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3387  histidine kinase  25.58 
 
 
593 aa  87  4e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  28.72 
 
 
686 aa  86.7  6e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1730  NMT1/THI5-like domain-containing protein  30.08 
 
 
329 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.524252  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0343  NMT1/THI5-like domain-containing protein  29.23 
 
 
332 aa  85.5  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.010021  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0204  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.48 
 
 
322 aa  84  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0280  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.32 
 
 
322 aa  83.6  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  26.69 
 
 
794 aa  83.6  0.000000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2049  NMT1/THI5 like domain protein  29.75 
 
 
334 aa  82.8  0.000000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1309  NMT1/THI5-ike domain protein  26.41 
 
 
375 aa  82.4  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.135752  hitchhiker  0.0000217604 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  26.95 
 
 
674 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1493  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.52 
 
 
328 aa  80.9  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.140791  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1084  NMT1/THI5 like domain protein  29.51 
 
 
334 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00229881  normal  0.0195344 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2932  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.08 
 
 
344 aa  80.5  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.01782  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1173  NMT1/THI5 like domain protein  27.54 
 
 
335 aa  80.5  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0956705  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3032  twin-arginine translocation pathway signal  25 
 
 
348 aa  79.7  0.00000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000338526  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  27.2 
 
 
778 aa  78.2  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2979  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.2 
 
 
323 aa  77.8  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1358  NMT1/THI5 like domain protein  25.97 
 
 
330 aa  77  0.0000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.502461  normal  0.023119 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2052  NMT1/THI5 like domain protein  25.51 
 
 
340 aa  76.3  0.0000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.196348  normal  0.0508257 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  25 
 
 
721 aa  76.3  0.0000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  24.83 
 
 
1065 aa  75.9  0.000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2758  NMT1/THI5 like domain protein  24.22 
 
 
354 aa  73.6  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.512132  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1528  ABC transporter substrate-binding protein  26.51 
 
 
357 aa  73.2  0.000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0619  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  27.69 
 
 
336 aa  72.4  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2297  NMT1/THI5 like domain protein  24.73 
 
 
312 aa  71.6  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  26.05 
 
 
775 aa  71.2  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2101  NMT1/THI5 like domain protein  24.05 
 
 
327 aa  70.9  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2085  hydroxymethylpyrimidine-binding protein  25.71 
 
 
328 aa  70.5  0.00000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2388  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.69 
 
 
348 aa  69.7  0.00000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.689816  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  25.12 
 
 
893 aa  69.7  0.00000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2762  membrane lipoprotein lipid attachment site  25.93 
 
 
347 aa  69.3  0.00000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2795  NMT1/THI5 like domain protein  25.25 
 
 
357 aa  69.3  0.00000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001037 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  25.55 
 
 
821 aa  68.6  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1861  NMT1/THI5 like domain protein  26.07 
 
 
339 aa  68.2  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3667  hypothetical protein  25.63 
 
 
335 aa  67.8  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.175481  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1579  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.69 
 
 
342 aa  67.8  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00570901  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1437  NMT1/THI5 like domain protein  25.91 
 
 
378 aa  66.2  0.0000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.608485 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2205  ABC transporter substrate-binding protein  26.64 
 
 
324 aa  66.2  0.0000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0451  NMT1/THI5-like domain-containing protein  21.25 
 
 
316 aa  65.1  0.000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0260  hypothetical protein  26.33 
 
 
392 aa  65.1  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0436  NMT1/THI5 like protein  21.25 
 
 
316 aa  65.1  0.000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0909  NMT1/THI5 like domain protein  23.71 
 
 
311 aa  64.7  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0643839  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2573  NMT1/THI5 like domain protein  23.13 
 
 
385 aa  64.3  0.000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.946083 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2950  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.43 
 
 
1004 aa  63.5  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>