More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_3160 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_3160  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 310 aa  637    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000134357  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2112  diaminopimelate epimerase  57.71 
 
 		 285 aa  326  3e-88  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.593544 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3880  diaminopimelate epimerase  55.63 
 
 		 286 aa  298  8e-80  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.28993  normal  0.0214025 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0680  diaminopimelate epimerase  54.84 
 
 		 282 aa  293  3e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0171  Diaminopimelate epimerase  44.44 
 
 		 286 aa  245  8e-64  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2337  diaminopimelate epimerase  46.44 
 
 		 282 aa  239  5e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0778  Diaminopimelate epimerase  45 
 
 		 285 aa  233  3e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.961561  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3790  diaminopimelate epimerase  43.21 
 
 		 268 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0468247 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2751  diaminopimelate epimerase  42.65 
 
 		 268 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  37.77 
 
 		 282 aa  194  2e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  36.82 
 
 		 280 aa  193  3e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  35.87 
 
 		 278 aa  186  4e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  35.51 
 
 		 281 aa  186  6e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  35.25 
 
 		 279 aa  185  9e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  37.05 
 
 		 278 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2326  diaminopimelate epimerase  36.96 
 
 		 281 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1694  diaminopimelate epimerase  34.05 
 
 		 284 aa  183  3e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0440642  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2377  diaminopimelate epimerase  36.59 
 
 		 281 aa  183  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.63698  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0185  diaminopimelate epimerase  37.32 
 
 		 280 aa  181  9.000000000000001e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00343666  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2115  diaminopimelate epimerase  36.13 
 
 		 278 aa  181  1e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34582  predicted protein  38.41 
 
 		 334 aa  179  4e-44  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1371  diaminopimelate epimerase  39.02 
 
 		 368 aa  179  4e-44  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.692483  normal  0.473185 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4074  diaminopimelate epimerase  36.97 
 
 		 276 aa  179  4e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  34.98 
 
 		 283 aa  178  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_35896  predicted protein  36.33 
 
 		 407 aa  178  1e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.22648  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0549  diaminopimelate epimerase  37.28 
 
 		 280 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  34.16 
 
 		 284 aa  177  2e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2322  diaminopimelate epimerase  34.52 
 
 		 277 aa  177  3e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000212903  hitchhiker  0.00476007 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2992  diaminopimelate epimerase  35.13 
 
 		 282 aa  176  4e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000459249  normal  0.46742 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  39.07 
 
 		 276 aa  176  4e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08761  diaminopimelate epimerase  38.38 
 
 		 284 aa  176  4e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0472927  hitchhiker  0.000801401 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1764  diaminopimelate epimerase  38.01 
 
 		 269 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1107  diaminopimelate epimerase  37.33 
 
 		 355 aa  174  9.999999999999999e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.134817  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0888  diaminopimelate epimerase  34.89 
 
 		 279 aa  174  9.999999999999999e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000673594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  36.46 
 
 		 277 aa  174  9.999999999999999e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0531  diaminopimelate epimerase  33.69 
 
 		 282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.46131  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  37.28 
 
 		 279 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4175  diaminopimelate epimerase  37.32 
 
 		 274 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.132697  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4334  diaminopimelate epimerase  37.32 
 
 		 274 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4157  diaminopimelate epimerase  37.32 
 
 		 274 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3074  diaminopimelate epimerase  34.17 
 
 		 279 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000185766  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3911  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 278 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000014608  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4275  diaminopimelate epimerase  37.32 
 
 		 274 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4227  diaminopimelate epimerase  37.32 
 
 		 274 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.642483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1893  diaminopimelate epimerase  39.72 
 
 		 278 aa  173  3.9999999999999995e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.593063  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3582  diaminopimelate epimerase  36.82 
 
 		 275 aa  172  5e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.653633  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3973  diaminopimelate epimerase  36.43 
 
 		 275 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4308  diaminopimelate epimerase  36.07 
 
 		 275 aa  171  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  37.01 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3995  diaminopimelate epimerase  36.43 
 
 		 275 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4089  diaminopimelate epimerase  36.43 
 
 		 275 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0401553 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3896  diaminopimelate epimerase  36.43 
 
 		 275 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0191841 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  37.86 
 
 		 279 aa  171  1e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0391  diaminopimelate epimerase  36.07 
 
 		 275 aa  171  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749695 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0392  diaminopimelate epimerase  35.74 
 
 		 275 aa  170  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3633  diaminopimelate epimerase  35.74 
 
 		 275 aa  170  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00205  diaminopimelate epimerase  36.53 
 
 		 269 aa  171  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0040  diaminopimelate epimerase  38.99 
 
 		 275 aa  170  3e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00697529 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4269  diaminopimelate epimerase  36.59 
 
 		 274 aa  170  4e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03685  diaminopimelate epimerase  36.23 
 
 		 274 aa  168  9e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.163573  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  36.23 
 
 		 274 aa  168  9e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4328  diaminopimelate epimerase  36.23 
 
 		 274 aa  168  9e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4175  diaminopimelate epimerase  36.23 
 
 		 274 aa  168  9e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0210737 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03634  hypothetical protein  36.23 
 
 		 274 aa  168  9e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.191697  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  36.23 
 
 		 274 aa  168  9e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  36.23 
 
 		 274 aa  168  9e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4034  diaminopimelate epimerase  36.23 
 
 		 274 aa  168  9e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3414  diaminopimelate epimerase  33.57 
 
 		 278 aa  168  9e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0481236  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0192  diaminopimelate epimerase  36.46 
 
 		 276 aa  168  1e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3983  diaminopimelate epimerase  36.59 
 
 		 274 aa  168  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.983346  normal  0.2689 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3587  diaminopimelate epimerase  34.91 
 
 		 276 aa  167  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.335636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1604  diaminopimelate epimerase  35.97 
 
 		 278 aa  167  2e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.728905  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  35.46 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0378  diaminopimelate epimerase  36.82 
 
 		 278 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0912  diaminopimelate epimerase  33.8 
 
 		 286 aa  166  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1382  diaminopimelate epimerase  37.19 
 
 		 279 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  34.17 
 
 		 280 aa  167  2.9999999999999998e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3975  diaminopimelate epimerase  36.59 
 
 		 274 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0339  diaminopimelate epimerase  33.94 
 
 		 278 aa  166  4e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.6920099999999997e-35 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1453  diaminopimelate epimerase  36.62 
 
 		 286 aa  166  4e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15041  diaminopimelate epimerase  36.52 
 
 		 323 aa  166  5e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.476128 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0183  diaminopimelate epimerase  36.17 
 
 		 274 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.190067  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  36.59 
 
 		 274 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47710  diaminopimelate epimerase  37.82 
 
 		 276 aa  165  6.9999999999999995e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0322  diaminopimelate epimerase  33.21 
 
 		 284 aa  165  1.0000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.217655  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0358  diaminopimelate epimerase  33.45 
 
 		 278 aa  163  3e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000380809  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00309  diaminopimelate epimerase  38.35 
 
 		 276 aa  163  4.0000000000000004e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002111  diaminopimelate epimerase  37.63 
 
 		 276 aa  163  4.0000000000000004e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09711  diaminopimelate epimerase  34.15 
 
 		 286 aa  163  4.0000000000000004e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.646782  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0119  diaminopimelate epimerase  35.87 
 
 		 278 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0232  diaminopimelate epimerase  35.46 
 
 		 274 aa  162  6e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.596238  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  35.46 
 
 		 281 aa  162  6e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5228  diaminopimelate epimerase  37.01 
 
 		 287 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2345  diaminopimelate epimerase  33.09 
 
 		 279 aa  162  8.000000000000001e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  36.04 
 
 		 288 aa  162  9e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0266  diaminopimelate epimerase  36.73 
 
 		 276 aa  162  9e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09951  diaminopimelate epimerase  32.86 
 
 		 284 aa  162  9e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.51158 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3323  diaminopimelate epimerase  31.65 
 
 		 278 aa  161  1e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0244  diaminopimelate epimerase  37.82 
 
 		 276 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0867905  normal  0.652879 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0182  diaminopimelate epimerase  34.75 
 
 		 274 aa  161  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.998768  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>