123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_1909 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  100 
 
 		 376 aa  763    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  36.75 
 
 		 400 aa  189  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  30.19 
 
 		 399 aa  168  1e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  32.53 
 
 		 383 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  33.73 
 
 		 401 aa  159  9e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.000000000196734  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  33.03 
 
 		 370 aa  157  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  32.81 
 
 		 355 aa  142  7e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  29.46 
 
 		 404 aa  142  9.999999999999999e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  32.03 
 
 		 372 aa  139  6e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0104  helix-turn-helix domain-containing protein  31.74 
 
 		 372 aa  138  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0634562  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  32.64 
 
 		 357 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  28.01 
 
 		 394 aa  132  7.999999999999999e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  32.13 
 
 		 372 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  32.17 
 
 		 350 aa  128  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  29.01 
 
 		 395 aa  126  6e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  29.64 
 
 		 354 aa  124  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160143  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  28.23 
 
 		 391 aa  124  2e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  28.23 
 
 		 391 aa  124  2e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  32.06 
 
 		 342 aa  124  4e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1489  hypothetical protein  28.93 
 
 		 365 aa  120  3e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0715409  decreased coverage  0.000118566 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3976  hypothetical protein  30.71 
 
 		 355 aa  120  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.346708 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  30.58 
 
 		 366 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  28.9 
 
 		 356 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  27.96 
 
 		 359 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  30.32 
 
 		 347 aa  113  6e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  28.35 
 
 		 367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  27.85 
 
 		 346 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  28.57 
 
 		 367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  27.27 
 
 		 362 aa  110  3e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 366 aa  108  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  30.5 
 
 		 352 aa  107  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4968  helix-turn-helix domain-containing protein  31.94 
 
 		 372 aa  106  5e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0119707 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  25.22 
 
 		 352 aa  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  31.78 
 
 		 355 aa  103  6e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6257  helix-turn-helix domain protein  28.23 
 
 		 351 aa  102  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  28.99 
 
 		 349 aa  100  5e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1425  hypothetical protein  26.69 
 
 		 416 aa  97.1  4e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  28.84 
 
 		 360 aa  96.3  7e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  29.69 
 
 		 356 aa  93.6  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0511  hypothetical protein  27.25 
 
 		 414 aa  90.5  5e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5417  hypothetical protein  27.25 
 
 		 414 aa  90.5  5e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198683 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5397  hypothetical protein  27.25 
 
 		 414 aa  90.5  5e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.69326 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  27.91 
 
 		 347 aa  86.7  7e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2790  helix-turn-helix domain protein  27.61 
 
 		 393 aa  85.5  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.783266 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2629  helix-turn-helix domain protein  28.05 
 
 		 359 aa  84.3  0.000000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000486694  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  25.3 
 
 		 355 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 410 aa  73.2  0.000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  24.17 
 
 		 386 aa  71.6  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  25.68 
 
 		 370 aa  61.6  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1489  protein of unknown function DUF955  21.28 
 
 		 388 aa  60.1  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4169  helix-turn-helix domain protein  22.65 
 
 		 363 aa  59.3  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00295679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0034  zinc-related peptidase  23.42 
 
 		 377 aa  58.9  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000203877  decreased coverage  0.0000849316 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3288  hypothetical protein  28.92 
 
 		 169 aa  57.8  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0186314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3885  hypothetical protein  24.75 
 
 		 375 aa  57  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0992506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0018  helix-turn-helix domain protein  27.76 
 
 		 347 aa  57  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0412  hypothetical protein  40.22 
 
 		 188 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  21.69 
 
 		 399 aa  53.1  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0678  hypothetical protein  33.98 
 
 		 156 aa  52.4  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0204911  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0128  hypothetical protein  28.39 
 
 		 175 aa  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0909  hypothetical protein  31.67 
 
 		 221 aa  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6169  protein of unknown function DUF955  22.69 
 
 		 392 aa  51.6  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2504  protein of unknown function DUF955  26.16 
 
 		 272 aa  51.6  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.557214 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2518  protein of unknown function DUF955  25.68 
 
 		 378 aa  51.2  0.00003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.010681 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2003  Zn peptidase-like protein  24.71 
 
 		 286 aa  50.4  0.00005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37310  hypothetical protein  32.5 
 
 		 302 aa  50.4  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0309  hypothetical protein  24.08 
 
 		 392 aa  49.3  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2705  protein of unknown function DUF955  27.91 
 
 		 186 aa  48.9  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.00000000000214852  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1934  hypothetical protein  24.84 
 
 		 386 aa  49.3  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.671247  normal  0.125283 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1728  protein of unknown function DUF955  33.03 
 
 		 331 aa  49.3  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.76235 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1463  protein of unknown function DUF955  30 
 
 		 220 aa  49.3  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1191  hypothetical protein  32.23 
 
 		 177 aa  48.5  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000518947  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3906  hypothetical protein  27.43 
 
 		 382 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0095  protein of unknown function DUF955  21.55 
 
 		 273 aa  48.5  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 188 aa  47.8  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  23.2 
 
 		 370 aa  47.8  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 128 aa  47  0.0005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0678  protein of unknown function DUF955  26.83 
 
 		 147 aa  46.6  0.0007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2792  protein of unknown function DUF955  22.65 
 
 		 382 aa  46.2  0.0008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 105 aa  46.6  0.0008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6746  hypothetical protein  32.38 
 
 		 295 aa  45.4  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  28.24 
 
 		 188 aa  45.1  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 107 aa  45.1  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4206  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 170 aa  45.4  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000156355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 210 aa  45.4  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  34.48 
 
 		 194 aa  44.7  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 143 aa  45.1  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 196 aa  44.7  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 199 aa  44.3  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 276 aa  44.7  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 179 aa  44.7  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  36.84 
 
 		 179 aa  44.7  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1588  hypothetical protein  27.73 
 
 		 390 aa  44.7  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266201  normal  0.0715353 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2247  protein of unknown function DUF955  30.4 
 
 		 251 aa  44.7  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0026086 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 210 aa  44.7  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  30.59 
 
 		 199 aa  44.7  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0772  putative transcriptional regulator, XRE family  44.9 
 
 		 199 aa  44.7  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  31.76 
 
 		 199 aa  44.3  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2613  hypothetical protein  36.52 
 
 		 216 aa  43.9  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.277347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2664  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 		 83 aa  44.3  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.406995 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>