121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0128 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0128  hypothetical protein  100 
 
 		 175 aa  352  2e-96  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0882  hypothetical protein  52.6 
 
 		 182 aa  138  3.9999999999999997e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0226  hypothetical protein  42.86 
 
 		 174 aa  127  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1823  hypothetical protein  36.57 
 
 		 173 aa  85.9  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7309  protein of unknown function DUF955  36.47 
 
 		 283 aa  75.5  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  unclonable  0.00000000844609  hitchhiker  0.000028574 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0678  hypothetical protein  38.18 
 
 		 156 aa  71.6  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0204911  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0678  protein of unknown function DUF955  33.33 
 
 		 147 aa  71.2  0.000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0412  hypothetical protein  37.65 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0443  hypothetical protein  35.12 
 
 		 170 aa  67  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.151743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2215  hypothetical protein  28.57 
 
 		 171 aa  65.9  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00779528  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3868  protein of unknown function DUF955  35.86 
 
 		 173 aa  63.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00178055  normal  0.0152146 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37310  hypothetical protein  35.59 
 
 		 302 aa  63.5  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1191  hypothetical protein  32.94 
 
 		 177 aa  61.2  0.000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000518947  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0887  hypothetical protein  39.17 
 
 		 168 aa  60.1  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.102968  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0050  protein of unknown function DUF955  34.15 
 
 		 160 aa  60.5  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000733414 
 
 
-
 
NC_011724  BbuZS7_B25  hypothetical protein  24.39 
 
 		 231 aa  60.5  0.00000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.548873  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3235  protein of unknown function DUF955  33.86 
 
 		 270 aa  60.8  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.554214  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2466  protein of unknown function DUF955  29.25 
 
 		 257 aa  60.1  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000413379  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2247  protein of unknown function DUF955  30.67 
 
 		 251 aa  59.3  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0026086 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  30.32 
 
 		 346 aa  58.9  0.00000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1455  protein of unknown function DUF955  32.39 
 
 		 269 aa  58.5  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.642925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0551  hypothetical protein  35.07 
 
 		 294 aa  58.2  0.00000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2613  hypothetical protein  27.83 
 
 		 216 aa  57.8  0.00000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.277347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2661  hypothetical protein  27.83 
 
 		 216 aa  57.8  0.00000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2671  protein of unknown function DUF955  34.35 
 
 		 255 aa  55.8  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000321353  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2449  protein of unknown function DUF955  37.59 
 
 		 165 aa  55.8  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0204  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 246 aa  55.5  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  28.37 
 
 		 391 aa  55.5  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  28.37 
 
 		 391 aa  55.5  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0743  hypothetical protein  32.48 
 
 		 296 aa  55.5  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2853  hypothetical protein  29.25 
 
 		 216 aa  54.7  0.0000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.14989  normal  0.354963 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2878  hypothetical protein  33.6 
 
 		 271 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0229  hypothetical protein  33.6 
 
 		 271 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2504  protein of unknown function DUF955  28.08 
 
 		 272 aa  53.5  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.557214 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  33.33 
 
 		 383 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0909  hypothetical protein  32.02 
 
 		 221 aa  52.8  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  34.65 
 
 		 359 aa  52.8  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  28.39 
 
 		 376 aa  52  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0254  zinc-dependent metallopeptidase  32.82 
 
 		 182 aa  52  0.000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  37.61 
 
 		 366 aa  51.6  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1489  protein of unknown function DUF955  23.75 
 
 		 388 aa  51.6  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  29.03 
 
 		 362 aa  51.2  0.000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1588  hypothetical protein  33.33 
 
 		 390 aa  51.2  0.000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266201  normal  0.0715353 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4244  hypothetical protein  38.67 
 
 		 261 aa  50.8  0.000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  29.56 
 
 		 352 aa  50.8  0.000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0852  hypothetical protein  38.67 
 
 		 224 aa  50.8  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0868  hypothetical protein  38.67 
 
 		 224 aa  50.8  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3718  hypothetical protein  38.71 
 
 		 79 aa  50.4  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0986  neutral zinc metallopeptidase  31.93 
 
 		 181 aa  50.1  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000837307  unclonable  0.00000139166 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3288  hypothetical protein  33.9 
 
 		 169 aa  50.1  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0186314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  28.74 
 
 		 400 aa  50.1  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4250  DNA-binding protein  29.84 
 
 		 378 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.503621  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0034  zinc-related peptidase  27.84 
 
 		 377 aa  49.3  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000203877  decreased coverage  0.0000849316 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4791  hypothetical protein  29.34 
 
 		 254 aa  49.3  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0024  hypothetical protein  32.43 
 
 		 295 aa  48.9  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.199018 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12537  hypothetical protein  31.54 
 
 		 415 aa  48.5  0.00004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  7.9395e-37  hitchhiker  0.00258051 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6746  hypothetical protein  33.08 
 
 		 295 aa  48.9  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  31.09 
 
 		 355 aa  48.5  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_004310  BR0733  hypothetical protein  30.07 
 
 		 435 aa  48.1  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0252542  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0729  hypothetical protein  30.07 
 
 		 435 aa  48.1  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  30.77 
 
 		 349 aa  47.8  0.00007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2296  hypothetical protein  31.45 
 
 		 307 aa  47.8  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6832  protein of unknown function DUF955  33.62 
 
 		 257 aa  47  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000166978  normal  0.022054 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2003  Zn peptidase-like protein  28.08 
 
 		 286 aa  47.4  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  34.21 
 
 		 360 aa  47.4  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1425  hypothetical protein  37.5 
 
 		 416 aa  47  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  29.79 
 
 		 350 aa  47.4  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2058  protein of unknown function DUF955  31.5 
 
 		 227 aa  46.6  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000868136  normal  0.0120783 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0277  hypothetical protein  32.56 
 
 		 248 aa  46.2  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000415699  normal  0.688868 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0389  hypothetical protein  36.19 
 
 		 393 aa  46.6  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0725053  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  32.5 
 
 		 370 aa  46.6  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1156  hypothetical protein  32.48 
 
 		 302 aa  46.2  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00041987  hitchhiker  0.00000269723 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2792  protein of unknown function DUF955  28.74 
 
 		 382 aa  46.2  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0509  hypothetical protein  36.84 
 
 		 107 aa  45.8  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0297  hypothetical protein  29.66 
 
 		 142 aa  45.8  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.301247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3186  hypothetical protein  27.34 
 
 		 295 aa  45.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5181  hypothetical protein  27.34 
 
 		 295 aa  45.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0229751 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2374  hypothetical protein  31.3 
 
 		 289 aa  46.2  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.126111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5098  hypothetical protein  27.34 
 
 		 295 aa  45.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  29.73 
 
 		 356 aa  45.1  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1543  hypothetical protein  37.5 
 
 		 367 aa  45.4  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3546  prophage LambdaBa01, repressor protein  32.56 
 
 		 142 aa  44.7  0.0006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3460  hypothetical protein  32.56 
 
 		 142 aa  44.7  0.0006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0627917  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3830  prophage LambdaBa01, repressor protein  32.56 
 
 		 142 aa  44.7  0.0006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0552  hypothetical protein  30.95 
 
 		 302 aa  45.1  0.0006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  31.9 
 
 		 347 aa  45.1  0.0006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4638  protein of unknown function DUF955  31.36 
 
 		 224 aa  45.1  0.0006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3466  hypothetical protein  32.56 
 
 		 142 aa  44.7  0.0007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  26.17 
 
 		 357 aa  44.7  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2659  hypothetical protein  34.21 
 
 		 425 aa  43.9  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00418802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1373  hypothetical protein  29.73 
 
 		 269 aa  44.3  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0476075  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  26.35 
 
 		 367 aa  43.9  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0096  hypothetical protein  32.28 
 
 		 289 aa  43.9  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3673  hypothetical protein  27.62 
 
 		 122 aa  44.3  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  26.35 
 
 		 367 aa  43.9  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1463  protein of unknown function DUF955  33.61 
 
 		 220 aa  43.5  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2566  hypothetical protein  33.33 
 
 		 285 aa  43.5  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.673339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  25.68 
 
 		 367 aa  43.1  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3885  hypothetical protein  31.33 
 
 		 375 aa  42.7  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0992506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4709  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  30.51 
 
 		 360 aa  43.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.29865  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>