107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2705 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2705  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 287 aa  585  1e-166  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.917825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3337  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  61.32 
 
 		 287 aa  364  1e-99  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.562048  normal  0.679518 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1429  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  57.95 
 
 		 284 aa  335  5.999999999999999e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000502947  normal  0.0400752 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  59.34 
 
 		 283 aa  332  5e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000202898  normal  0.140843 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3491  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.61 
 
 		 281 aa  248  6e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.642855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6351  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.55 
 
 		 279 aa  237  2e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3285  xylose isomerase domain-containing protein  38.87 
 
 		 287 aa  220  1.9999999999999999e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.17 
 
 		 286 aa  142  6e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.340783  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1695  sugar phosphate isomerases/epimerases  32.63 
 
 		 285 aa  138  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0560599 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0136  xylose isomerase domain-containing protein  29.11 
 
 		 250 aa  127  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3435  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.84 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0395  xylose isomerase domain-containing protein  28.4 
 
 		 252 aa  126  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0482433 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00428  Twin-arginine translocation pathway signal  29.84 
 
 		 334 aa  125  6e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1892  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.16 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2188  xylose isomerase domain-containing protein  31.47 
 
 		 290 aa  123  3e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.686752  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4611  xylose isomerase domain-containing protein  31.11 
 
 		 325 aa  122  6e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0527  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.6 
 
 		 289 aa  122  9e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5021  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.46 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5169  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.35 
 
 		 294 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.193202  normal  0.0119355 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3167  twin-arginine translocation pathway signal  29.9 
 
 		 326 aa  115  6.9999999999999995e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1628  xylose isomerase domain-containing protein  32.23 
 
 		 319 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1075  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 		 249 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1938  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.92 
 
 		 256 aa  113  3e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000239688  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.17 
 
 		 241 aa  111  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1893  xylose isomerase domain-containing protein  28.08 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0559869  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2333  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.81 
 
 		 255 aa  109  5e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2692  twin-arginine translocation pathway signal  28.19 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1892  xylose isomerase domain-containing protein  27.05 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0241791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0334  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.44 
 
 		 318 aa  105  6e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.212034  normal  0.78899 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.96 
 
 		 324 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  hitchhiker  0.00235403 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.94 
 
 		 287 aa  97.4  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.14 
 
 		 292 aa  96.3  6e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142923  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.84 
 
 		 287 aa  94.7  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11160  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.27 
 
 		 275 aa  94  3e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0839384 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1543  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.8 
 
 		 245 aa  93.6  3e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.482416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1158  xylose isomerase-like TIM barrel  26.83 
 
 		 253 aa  91.7  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4324  xylose isomerase domain-containing protein  26.64 
 
 		 309 aa  90.1  4e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4327  xylose isomerase domain-containing protein  25.63 
 
 		 249 aa  89  7e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.543415 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0784  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.05 
 
 		 278 aa  86.3  5e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.838141 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0365  xylose isomerase domain-containing protein  27.24 
 
 		 284 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1198  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.64 
 
 		 255 aa  83.6  0.000000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0252  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.64 
 
 		 248 aa  80.5  0.00000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4661  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.25 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1192  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.72 
 
 		 284 aa  79  0.00000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1723  xylose isomerase domain-containing protein  26.14 
 
 		 253 aa  78.6  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0088  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.05 
 
 		 341 aa  76.6  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3458  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 248 aa  75.9  0.0000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.463794  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1046  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.34 
 
 		 287 aa  75.9  0.0000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4404  xylose isomerase domain-containing protein  26.45 
 
 		 250 aa  74.3  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.658574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1595  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.57 
 
 		 284 aa  74.7  0.000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.37 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0574  xylose isomerase domain-containing protein  29.08 
 
 		 254 aa  71.2  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20260  sugar phosphate isomerase/epimerase  24.81 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.239255  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0425  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.23 
 
 		 243 aa  71.2  0.00000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0747  xylose isomerase domain-containing protein  26.53 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.123525  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.6 
 
 		 253 aa  69.3  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22460  sugar phosphate isomerase/epimerase  23.9 
 
 		 282 aa  68.9  0.00000000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.83 
 
 		 253 aa  67  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.446343  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2406  hypothetical protein  24.43 
 
 		 253 aa  67  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0720427  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0886  xylose isomerase domain-containing protein  27.32 
 
 		 254 aa  62.8  0.000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.490019 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2541  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 252 aa  61.2  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03870  xylose isomerase-like enzyme  24.8 
 
 		 244 aa  61.2  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0439  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.79 
 
 		 308 aa  61.6  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.647818 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2336  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.7 
 
 		 245 aa  59.7  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.791708  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5339  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.67 
 
 		 250 aa  59.3  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00377604  normal  0.870166 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0432  xylose isomerase domain-containing protein  24.33 
 
 		 258 aa  58.9  0.00000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27510  sugar phosphate isomerase/epimerase  24.4 
 
 		 274 aa  58.5  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3701  hypothetical protein  23.11 
 
 		 259 aa  57.8  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3498  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  25 
 
 		 248 aa  55.8  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.503466  hitchhiker  0.000525778 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1981  Myo-inosose-2 dehydratase  25.62 
 
 		 301 aa  52.4  0.000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.162742  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1615  hypothetical protein  29.71 
 
 		 298 aa  50.8  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1232  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.97 
 
 		 279 aa  50.8  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.523448  hitchhiker  0.00338141 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0273  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.03 
 
 		 278 aa  51.6  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1620  hypothetical protein  28.99 
 
 		 298 aa  49.7  0.00005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0386  xylose isomerase domain-containing protein  26.32 
 
 		 306 aa  50.1  0.00005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2972  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.94 
 
 		 245 aa  49.7  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1739  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.71 
 
 		 271 aa  49.7  0.00006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.125041  normal  0.800521 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  27.54 
 
 		 298 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5694  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.57 
 
 		 300 aa  48.9  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.986609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  25.37 
 
 		 271 aa  47.8  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3722  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.33 
 
 		 246 aa  47.8  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  26.95 
 
 		 298 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  26.95 
 
 		 298 aa  47.4  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  26.26 
 
 		 298 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1340  xylose isomerase domain-containing protein  30.32 
 
 		 309 aa  47  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.25 
 
 		 297 aa  47  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1301  xylose isomerase domain-containing protein  30.32 
 
 		 309 aa  46.2  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2640  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.61 
 
 		 307 aa  46.2  0.0007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  31.25 
 
 		 237 aa  45.4  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0730  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.69 
 
 		 295 aa  45.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.200556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  27.98 
 
 		 297 aa  43.9  0.003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3560  xylose isomerase domain-containing protein  32.18 
 
 		 300 aa  43.9  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.27811 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.84 
 
 		 317 aa  43.9  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181708  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1048  Myo-inosose-2 dehydratase  21.23 
 
 		 307 aa  43.5  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.513171  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3436  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.64 
 
 		 288 aa  43.5  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4190  xylose isomerase-like TIM barrel  33.33 
 
 		 371 aa  43.1  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.720259  hitchhiker  0.00898811 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1842  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.41 
 
 		 287 aa  43.1  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2746  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.44 
 
 		 330 aa  42.7  0.006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.717662  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.75 
 
 		 312 aa  42.7  0.006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6358  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.18 
 
 		 316 aa  42.7  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>