More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2354 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2354  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 256 aa  528  1e-149  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2091  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.31 
 
 		 259 aa  207  2e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  normal  0.478744 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5824  two component transcriptional regulator, LytTR family  42.02 
 
 		 258 aa  199  1.9999999999999998e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0489181 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2775  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.3 
 
 		 258 aa  192  4e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0307  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.45 
 
 		 250 aa  188  8e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3229  LytTR family two component transcriptional regulator  40.23 
 
 		 250 aa  188  9e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0271  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.96 
 
 		 256 aa  185  7e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5312  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.62 
 
 		 255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0977362 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0804  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.87 
 
 		 251 aa  183  3e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4908  LytTR family two component transcriptional regulator  39.92 
 
 		 255 aa  183  3e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1794  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.78 
 
 		 260 aa  182  5.0000000000000004e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0600  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.83 
 
 		 265 aa  181  8.000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.315052 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1836  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.15 
 
 		 258 aa  177  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.367672  normal  0.467017 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2256  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.4 
 
 		 262 aa  177  1e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.596319 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6102  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.7 
 
 		 252 aa  177  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12408  two-component system response regulator  35.55 
 
 		 251 aa  176  2e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.401855  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0758  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.92 
 
 		 256 aa  174  9e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.649382 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1444  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.92 
 
 		 256 aa  174  9.999999999999999e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.317386 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1317  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.26 
 
 		 261 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2661  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.91 
 
 		 252 aa  168  7e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3726  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.23 
 
 		 252 aa  166  2.9999999999999998e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.304835 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2789  response regulator receiver  35.52 
 
 		 254 aa  166  5e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5335  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.15 
 
 		 253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.709567 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4001  LytTR family two component transcriptional regulator  36.15 
 
 		 255 aa  163  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6060  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.02 
 
 		 253 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1475  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.91 
 
 		 255 aa  160  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.059663 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6676  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 253 aa  154  9e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2439  LytTr DNA-binding region  35.77 
 
 		 255 aa  152  4e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.697869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2868  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.26 
 
 		 259 aa  152  7e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0154807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6406  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.22 
 
 		 252 aa  151  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7151  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.23 
 
 		 249 aa  148  8e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5405  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.05 
 
 		 243 aa  144  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.379459 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4674  LytTR family two component transcriptional regulator  33.46 
 
 		 254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.124147  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0800  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.38 
 
 		 251 aa  138  7e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1209  LytTr DNA-binding region  28.52 
 
 		 240 aa  124  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0837  response regulator receiver protein  49.15 
 
 		 153 aa  119  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.925678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.72 
 
 		 242 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.15 
 
 		 244 aa  102  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 262 aa  101  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  29.5 
 
 		 246 aa  100  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  28.34 
 
 		 245 aa  100  3e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  29.09 
 
 		 279 aa  99.8  4e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.96 
 
 		 260 aa  99  7e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0858  response regulator receiver protein  35.95 
 
 		 141 aa  95.9  6e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.748894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  29.26 
 
 		 254 aa  94  2e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 253 aa  92.8  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 317 aa  91.7  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.5 
 
 		 257 aa  89.4  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.63 
 
 		 237 aa  89.4  6e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 252 aa  89  7e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.67 
 
 		 261 aa  89  8e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  29.28 
 
 		 266 aa  88.2  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  29.18 
 
 		 242 aa  88.2  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.85 
 
 		 246 aa  87.4  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2656  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.74 
 
 		 250 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.81917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.3 
 
 		 260 aa  86.3  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 270 aa  85.9  6e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.28 
 
 		 245 aa  85.9  6e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.46 
 
 		 251 aa  85.5  8e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  28.79 
 
 		 238 aa  85.1  0.000000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.68 
 
 		 258 aa  84.3  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.45 
 
 		 245 aa  84.7  0.000000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  28.24 
 
 		 261 aa  84  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.74 
 
 		 266 aa  84  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  28.35 
 
 		 259 aa  83.6  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.29 
 
 		 248 aa  83.2  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 265 aa  82.8  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.87 
 
 		 256 aa  82.8  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  27.95 
 
 		 263 aa  82.8  0.000000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.88 
 
 		 237 aa  82.4  0.000000000000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  27.76 
 
 		 261 aa  82.4  0.000000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3976  LytTR family two component transcriptional regulator  27.48 
 
 		 247 aa  82  0.000000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1224  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.72 
 
 		 260 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0890711 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  27.54 
 
 		 275 aa  81.6  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.4 
 
 		 257 aa  81.3  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.65 
 
 		 243 aa  81.6  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.4 
 
 		 240 aa  81.6  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  27.51 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  27.65 
 
 		 246 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  25.88 
 
 		 237 aa  80.5  0.00000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  26.47 
 
 		 268 aa  79.7  0.00000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  29.57 
 
 		 246 aa  79.7  0.00000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  26.74 
 
 		 280 aa  79  0.00000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  29.46 
 
 		 246 aa  79  0.00000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  28.16 
 
 		 268 aa  78.6  0.00000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  29.18 
 
 		 246 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  29.18 
 
 		 246 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  29.18 
 
 		 246 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 240 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  29.18 
 
 		 246 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  30.38 
 
 		 273 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  28.25 
 
 		 239 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  30.12 
 
 		 246 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3149  putative two-component response-regulatory protein YehT  28.21 
 
 		 238 aa  77.4  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5950  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.83 
 
 		 253 aa  77.4  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.792388  normal  0.0587504 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  30.12 
 
 		 246 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1400  response regulator  31.65 
 
 		 243 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02012  hypothetical protein  26.74 
 
 		 239 aa  76.6  0.0000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0919  putative two-component response-regulatory protein YehT  26.74 
 
 		 239 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  29.18 
 
 		 246 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>