More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_2301 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_2301  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 322 aa  653    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2911  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  30.55 
 
 		 327 aa  109  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 337 aa  107  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 369 aa  106  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2834  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 329 aa  105  8e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0693845  normal  0.555738 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 322 aa  103  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 314 aa  102  8e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 328 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 314 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 314 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 312 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 314 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 314 aa  99.8  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 335 aa  99  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 308 aa  97.1  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4062  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 328 aa  95.9  8e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 326 aa  95.9  9e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 321 aa  95.9  9e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 312 aa  95.5  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 333 aa  95.5  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 321 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  27.99 
 
 		 304 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3582  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 328 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.591894 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3342  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 328 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.893011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4192  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 328 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4175  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 328 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.387899  normal  0.0617168 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 314 aa  93.6  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  31.36 
 
 		 315 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 315 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4418  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 325 aa  93.2  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.43525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4576  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 327 aa  92.8  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0917681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 317 aa  92  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 406 aa  91.7  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 339 aa  92  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  27.17 
 
 		 331 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 313 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 297 aa  91.7  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 298 aa  90.5  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 325 aa  90.1  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1489  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 332 aa  90.1  5e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  31.91 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2486  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 296 aa  89  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1474  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1120  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 333 aa  87.4  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00232816  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  27.95 
 
 		 304 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 318 aa  87  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0982  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 334 aa  86.7  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0983507  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1759  Pca operon transcriptional activator PcaQ  29.02 
 
 		 334 aa  87  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0219488  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0317  pca operon transcription factor PcaQ  29.02 
 
 		 334 aa  87  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1844  pca operon transcription factor PcaQ  29.02 
 
 		 334 aa  87  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.282267  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0393  Pca operon transcriptional activator PcaQ  29.37 
 
 		 454 aa  87  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.439238  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1350  Pca operon transcriptional activator PcaQ  29.02 
 
 		 334 aa  86.7  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0139604  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0246  Pca operon transcriptional activator PcaQ  29.02 
 
 		 334 aa  86.7  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.010271  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3964  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 315 aa  86.7  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0923381  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1183  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 297 aa  86.7  5e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 320 aa  86.7  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3552  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 297 aa  86.7  5e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.964874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 318 aa  85.9  8e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1321  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 313 aa  85.9  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.428076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 306 aa  85.9  9e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3223  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 315 aa  85.5  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.042632  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  23.89 
 
 		 302 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  29.74 
 
 		 299 aa  85.5  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 310 aa  85.1  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1027  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 317 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5026  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.71 
 
 		 325 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.572063  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 356 aa  84.7  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  25.99 
 
 		 313 aa  84.7  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1262  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0948373  normal  0.0721838 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3891  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.314742  normal  0.132364 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.92 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3202  LysR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 397 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185561 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 303 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3384  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.478481  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 339 aa  82.4  0.000000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 351 aa  82.4  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38270  pca operon transcription factor PcaQ  26.79 
 
 		 310 aa  82.4  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.92 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 325 aa  82  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.63 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4616  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.194737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2844  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 327 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.92 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3838  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 327 aa  81.6  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.92 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5194  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 354 aa  81.3  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.215668 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  29.63 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 320 aa  81.3  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 321 aa  81.3  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0838  LysR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 304 aa  81.3  0.00000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00258172  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>