More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_0958 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_0958  pseudouridine synthase  100 
 
 		 281 aa  578  1e-164  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1686  pseudouridine synthase  48.85 
 
 		 267 aa  236  2e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48867  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2547  pseudouridine synthase  39.84 
 
 		 287 aa  183  3e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2728  pseudouridine synthase  37.01 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0787  pseudouridine synthase  34.87 
 
 		 281 aa  181  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1515  pseudouridine synthase  37.8 
 
 		 282 aa  169  5e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3153  pseudouridine synthase  36.92 
 
 		 283 aa  167  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.79077  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3679  RNA pseudouridine synthase family protein  38.93 
 
 		 318 aa  167  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1708  pseudouridine synthase  31.8 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.104417  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  31.72 
 
 		 304 aa  119  7e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  33.92 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0988  pseudouridine synthase  26.84 
 
 		 270 aa  103  4e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  37.02 
 
 		 226 aa  101  1e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6830  pseudouridine synthase, RluA family  29.51 
 
 		 303 aa  99  7e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  27.05 
 
 		 310 aa  94.7  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  31.37 
 
 		 578 aa  93.6  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  32.79 
 
 		 541 aa  93.2  5e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_006686  CND02470  conserved hypothetical protein  35.09 
 
 		 520 aa  92.8  6e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0281406  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0671  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.21 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.192683  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  32.02 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  34.88 
 
 		 339 aa  91.3  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02735  hypothetical protein  29.61 
 
 		 283 aa  91.3  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.469687  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0175  RluA family pseudouridine synthase  32.75 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.408906  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  34.6 
 
 		 298 aa  90.1  4e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  32.16 
 
 		 297 aa  89.7  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2950  RluA family pseudouridine synthase  31.16 
 
 		 310 aa  89.7  5e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_33477  DRAP deaminase  34.18 
 
 		 585 aa  89.4  6e-17  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.261571 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1196  pseudouridine synthase, RluA family  28.44 
 
 		 307 aa  89.4  6e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0824  RluA family pseudouridine synthase  27.6 
 
 		 317 aa  88.6  9e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1111  pseudouridine synthase, RluA family  41.82 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.42 
 
 		 322 aa  88.2  1e-16  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.96 
 
 		 339 aa  88.6  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  31.72 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2869  pseudouridine synthase, RluA family  25.86 
 
 		 308 aa  87.8  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00082597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  27.27 
 
 		 323 aa  87  3e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  28.69 
 
 		 304 aa  87  3e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  35.12 
 
 		 301 aa  86.7  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  30.08 
 
 		 295 aa  86.7  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0049  RNA pseudouridine synthase family protein  28.65 
 
 		 300 aa  86.3  5e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  28.64 
 
 		 290 aa  86.3  5e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  33.49 
 
 		 339 aa  85.9  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0405  pseudouridine synthase  33.98 
 
 		 258 aa  86.3  6e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  33.49 
 
 		 339 aa  85.5  9e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.85 
 
 		 321 aa  85.5  9e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.27015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  25.86 
 
 		 305 aa  85.5  9e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  34.71 
 
 		 302 aa  85.5  9e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0318  RluA  27 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264747  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  28.29 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2609  pseudouridine synthase  32.53 
 
 		 237 aa  84.3  0.000000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000148831  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0022  RNA pseudouridylate synthase family protein  28.65 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  29.55 
 
 		 242 aa  84.3  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  27.64 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  31.02 
 
 		 306 aa  84.7  0.000000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0024  RNA pseudouridine synthase family protein  33.83 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  35.45 
 
 		 217 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  32.76 
 
 		 322 aa  84  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.57 
 
 		 332 aa  84.3  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 245 aa  84.7  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  31.62 
 
 		 353 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  30.77 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  25.9 
 
 		 303 aa  84  0.000000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2921  pseudouridine synthase, RluA family  30.36 
 
 		 341 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000900564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1926  pseudouridine synthase  32.64 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000261611  hitchhiker  0.00324235 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.98 
 
 		 321 aa  83.6  0.000000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1520  pseudouridine synthase, RluA family  26.16 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  32.84 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.74 
 
 		 316 aa  82.8  0.000000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0896  pseudouridine synthase  34.27 
 
 		 251 aa  82.8  0.000000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.925257 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2431  pseudouridine synthase  31.84 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  32.52 
 
 		 560 aa  82.8  0.000000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0386  RluA family pseudouridine synthase  32.28 
 
 		 303 aa  82.4  0.000000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.5 
 
 		 218 aa  82.4  0.000000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  33.98 
 
 		 246 aa  82.4  0.000000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  27.36 
 
 		 304 aa  82  0.000000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.24 
 
 		 332 aa  82  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2639  pseudouridine synthase  29.05 
 
 		 299 aa  82  0.000000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.465483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1169  pseudouridine synthase  27.2 
 
 		 312 aa  82  0.000000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000063461  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0995  pseudouridine synthase, RluA family  34.46 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.388874  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.31 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2942  RluA family pseudouridine synthase  40.32 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000960033  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 204 aa  81.6  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  29.14 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  29.14 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1093  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.54 
 
 		 294 aa  81.3  0.00000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  32.41 
 
 		 234 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1931  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.03 
 
 		 195 aa  81.3  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.176665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  29.14 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0023  putative ribosomal pseudouridine synthase  28.88 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.835317  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  29.9 
 
 		 252 aa  80.9  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  30.57 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  29.14 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  26.48 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  29.14 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  29.82 
 
 		 284 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  29.14 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3265  pseudouridine synthase, RluA family  33.78 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0919  RluA family pseudouridine synthase  29.31 
 
 		 293 aa  80.5  0.00000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.976861  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  29.77 
 
 		 287 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0195  pseudouridine synthase, RluD  34.02 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0653986  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.34 
 
 		 323 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>