More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3554 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3554  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 326 aa  677    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0813292  normal  0.017329 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3632  anti-FecI sigma factor, FecR  31.36 
 
 		 321 aa  119  6e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.761465  normal  0.138815 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3232  anti-FecI sigma factor, FecR  31.75 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0188586  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6759  anti-FecI sigma factor, FecR  28.03 
 
 		 329 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2355  FecR protein  30 
 
 		 345 aa  112  6e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.204979  normal  0.538209 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3600  anti-FecI sigma factor, FecR  25.84 
 
 		 323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000104392  hitchhiker  0.000024232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6792  anti-FecI sigma factor, FecR  31.63 
 
 		 335 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100937 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2437  anti-FecI sigma factor, FecR  29.22 
 
 		 344 aa  108  9.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3803  anti-FecI sigma factor, FecR  29.83 
 
 		 378 aa  105  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.818134  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2250  FecR protein  29.44 
 
 		 394 aa  104  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2401  anti-FecI sigma factor, FecR  25.44 
 
 		 341 aa  104  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6741  anti-FecI sigma factor, FecR  31.72 
 
 		 396 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.454691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2117  anti-FecI sigma factor, FecR  27.92 
 
 		 368 aa  103  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1624  anti-FecI sigma factor, FecR  29.69 
 
 		 329 aa  103  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724045  normal  0.289961 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1728  anti-FecI sigma factor, FecR  27.19 
 
 		 315 aa  101  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.59263 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3959  anti-FecI sigma factor, FecR  29.39 
 
 		 376 aa  100  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.45426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4980  anti-FecI sigma factor, FecR  29.39 
 
 		 342 aa  99.4  8e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000984334 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2266  anti-FecI sigma factor, FecR  29.23 
 
 		 351 aa  98.2  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5148  anti-FecI sigma factor, FecR  35.42 
 
 		 413 aa  98.2  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.114166  normal  0.012377 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1715  anti-FecI sigma factor, FecR  27.02 
 
 		 324 aa  97.8  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1076  anti-FecI sigma factor, FecR  26.88 
 
 		 347 aa  98.2  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2108  anti-FecI sigma factor, FecR  30.96 
 
 		 389 aa  97.4  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.748134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1585  anti-FecI sigma factor, FecR  31.98 
 
 		 390 aa  97.1  4e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0777869 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0305  anti-FecI sigma factor, FecR  27.11 
 
 		 310 aa  96.7  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2672  anti-FecI sigma factor, FecR  29.63 
 
 		 386 aa  96.7  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2262  anti-FecI sigma factor, FecR  30.73 
 
 		 379 aa  95.5  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2894  FecR protein  27.83 
 
 		 389 aa  95.1  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.226119 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2263  anti-FecI sigma factor, FecR  28.33 
 
 		 335 aa  94.7  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1745  anti-FecI sigma factor, FecR  26.33 
 
 		 329 aa  94.7  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5485  anti-FecI sigma factor, FecR  31.4 
 
 		 337 aa  94  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.996805  normal  0.0475249 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0867  anti-FecI sigma factor, FecR  30.67 
 
 		 372 aa  92.8  8e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0678  anti-FecI sigma factor, FecR  32.66 
 
 		 345 aa  92.4  9e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.274942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3158  anti-FecI sigma factor, FecR  27.44 
 
 		 383 aa  92.4  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000049717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2374  anti-FecI sigma factor, FecR  28.38 
 
 		 351 aa  91.7  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1214  anti-FecI sigma factor, FecR  28.22 
 
 		 392 aa  91.3  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.838522  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1149  anti-FecI sigma factor, FecR  26.63 
 
 		 330 aa  91.3  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0373323  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2711  FecR protein  25.41 
 
 		 383 aa  90.5  3e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3451  anti-FecI sigma factor, FecR  28.7 
 
 		 316 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0430565 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2303  anti-FecI sigma factor, FecR  27.44 
 
 		 360 aa  90.5  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.968036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2646  FecR protein  29.28 
 
 		 383 aa  90.1  5e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2206  anti-FecI sigma factor, FecR  27.96 
 
 		 348 aa  89.7  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3122  anti-FecI sigma factor, FecR  30.69 
 
 		 316 aa  89.4  7e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0237449  normal  0.801665 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6732  anti-FecI sigma factor, FecR  28.25 
 
 		 394 aa  89.7  7e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000497834  normal  0.141975 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6426  anti-FecI sigma factor, FecR  28.43 
 
 		 397 aa  89  9e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0583598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0709  FecR protein  26.87 
 
 		 398 aa  89.4  9e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5112  anti-FecI sigma factor, FecR  26.47 
 
 		 405 aa  89  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.464276  normal  0.312016 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5341  anti-FecI sigma factor, FecR  30.26 
 
 		 385 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.150121  normal  0.0523863 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7183  anti-FecI sigma factor, FecR  26.36 
 
 		 376 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5656  anti-FecI sigma factor, FecR  30.73 
 
 		 332 aa  88.2  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.175344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3252  anti-FecI sigma factor, FecR  26.18 
 
 		 308 aa  87.8  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.451984  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1846  anti-FecI sigma factor, FecR  29.55 
 
 		 360 aa  87  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0715  anti-FecI sigma factor, FecR  30.04 
 
 		 394 aa  87  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.372479  normal  0.420787 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1280  FecR protein  28.5 
 
 		 332 aa  87  4e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2882  anti-FecI sigma factor, FecR  23.48 
 
 		 378 aa  87  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3097  FecR protein  27.05 
 
 		 344 aa  86.3  6e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.77039  normal  0.330772 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1382  FecR protein  26.26 
 
 		 398 aa  86.3  7e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3692  FecR protein  31.3 
 
 		 329 aa  86.3  7e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.172951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0139  anti-FecI sigma factor, FecR  27.72 
 
 		 381 aa  86.3  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5279  anti-FecI sigma factor, FecR  25.58 
 
 		 332 aa  86.3  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.100381 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1588  anti-FecI sigma factor, FecR  28.02 
 
 		 337 aa  85.9  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.313513 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1496  anti-FecI sigma factor, FecR  27.13 
 
 		 348 aa  85.9  8e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.530668  normal  0.346883 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3790  FecR protein  27.62 
 
 		 392 aa  85.5  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4694  anti-FecI sigma factor, FecR  26.09 
 
 		 379 aa  85.1  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.446501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0149  anti-FecI sigma factor, FecR  26.37 
 
 		 280 aa  85.1  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.528314  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2017  anti-FecI sigma factor, FecR  29.31 
 
 		 345 aa  85.5  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.764723 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0442  FecR protein  28.07 
 
 		 390 aa  84.7  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4012  FecR protein  25.77 
 
 		 333 aa  84.7  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1792  anti-FecI sigma factor, FecR  27.14 
 
 		 365 aa  84.7  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6149  anti-FecI sigma factor, FecR  29.44 
 
 		 340 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1990  FecR protein  27.8 
 
 		 273 aa  84.3  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.328209  hitchhiker  0.0000107473 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2444  anti-FecI sigma factor, FecR  26.07 
 
 		 319 aa  84.3  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1982  FecR protein  30.49 
 
 		 402 aa  83.6  0.000000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.470085  hitchhiker  0.000000845336 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2763  anti-FecI sigma factor, FecR  28.37 
 
 		 381 aa  83.6  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.510605 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1363  FecR protein  26.4 
 
 		 373 aa  83.6  0.000000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.864118 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4177  anti-FecI sigma factor, FecR  26.34 
 
 		 382 aa  83.2  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.485903  normal  0.0322229 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1889  anti-FecI sigma factor, FecR  28.37 
 
 		 334 aa  83.2  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1799  FecR protein  27.23 
 
 		 385 aa  83.2  0.000000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110376 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1422  anti-FecI sigma factor, FecR  22.41 
 
 		 328 aa  83.2  0.000000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363924  normal  0.0205003 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3336  anti-FecI sigma factor, FecR  26.56 
 
 		 367 aa  82.8  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4790  anti-FecI sigma factor, FecR  23.51 
 
 		 324 aa  82.8  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0252158  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3287  anti-FecI sigma factor, FecR  28.71 
 
 		 384 aa  82.8  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313343  hitchhiker  0.00186616 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5418  anti-FecI sigma factor, FecR  27.49 
 
 		 368 aa  82.8  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1120  FecR protein  24.26 
 
 		 382 aa  82.4  0.000000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.55861  hitchhiker  0.0000759776 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1073  FecR protein  26.13 
 
 		 384 aa  82  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.356494 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2007  anti-FecI sigma factor, FecR  27.23 
 
 		 383 aa  82.4  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.94073  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4781  anti-FecI sigma factor, FecR  26.24 
 
 		 345 aa  82  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7284  two component sensor kinase  28.23 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5659  anti-FecI sigma factor, FecR  25.65 
 
 		 329 aa  81.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2623  anti-FecI sigma factor, FecR  29.25 
 
 		 329 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.539768  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4825  anti-FecI sigma factor, FecR  28.21 
 
 		 328 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.04929  hitchhiker  0.00000000730448 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6449  anti-FecI sigma factor, FecR  28.29 
 
 		 328 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2138  FecR protein  26.79 
 
 		 378 aa  80.9  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.131485 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2853  FecR protein  29.65 
 
 		 371 aa  80.9  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.184226 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  28.92 
 
 		 329 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0304  FecR protein  27.08 
 
 		 386 aa  80.1  0.00000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00060234 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2830  anti-FecI sigma factor, FecR  24.78 
 
 		 345 aa  79.7  0.00000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  27.92 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7235  anti-FecI sigma factor, FecR  27.16 
 
 		 278 aa  79.7  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0327  FecR protein  26.19 
 
 		 388 aa  79  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0592  anti-FecI sigma factor, FecR  25.34 
 
 		 344 aa  78.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122944 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>