More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CNI00050 on replicon NC_006694
Organism: Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_006694  CNI00050  tRNA dihydrouridine synthase, putative  100 
 
 
725 aa  1496    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_86070  predicted protein  38.67 
 
 
608 aa  411  1e-113  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83606  dihydrouridine synthase of tRNA  40.64 
 
 
613 aa  410  1e-113  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.85826  normal 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_13664  predicted protein  37.42 
 
 
545 aa  393  1e-108  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00818  tRNA-dihydrouridine synthase 3 (EC 1.-.-.-) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BF62]  36.53 
 
 
714 aa  389  1e-106  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_1214  predicted protein  50.54 
 
 
361 aa  364  4e-99  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_4121  predicted protein  38.94 
 
 
287 aa  176  9.999999999999999e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.381062 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  39.42 
 
 
325 aa  154  8e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  34.54 
 
 
326 aa  148  3e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  34.54 
 
 
326 aa  148  3e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.51 
 
 
324 aa  148  4.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  35.46 
 
 
324 aa  147  5e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.2 
 
 
327 aa  147  5e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.46 
 
 
328 aa  145  2e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  34.68 
 
 
347 aa  143  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  32.41 
 
 
329 aa  143  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.66 
 
 
346 aa  143  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  35.18 
 
 
333 aa  142  1.9999999999999998e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.03 
 
 
337 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.13 
 
 
332 aa  141  4.999999999999999e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.06 
 
 
325 aa  140  7.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.44 
 
 
321 aa  139  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  31.03 
 
 
322 aa  140  1e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  31.15 
 
 
333 aa  139  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  30.31 
 
 
320 aa  139  2e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.02 
 
 
321 aa  138  4e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.25 
 
 
351 aa  138  4e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  30.56 
 
 
331 aa  138  4e-31  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.88 
 
 
308 aa  137  6.0000000000000005e-31  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.56 
 
 
305 aa  136  9.999999999999999e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.17 
 
 
333 aa  136  9.999999999999999e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.36 
 
 
330 aa  135  1.9999999999999998e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  30.9 
 
 
317 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.19 
 
 
354 aa  136  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  34.31 
 
 
333 aa  136  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.47 
 
 
332 aa  135  3e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  33.2 
 
 
338 aa  134  3.9999999999999996e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.87 
 
 
327 aa  134  3.9999999999999996e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  37.71 
 
 
337 aa  135  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.53 
 
 
308 aa  134  6e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  33.75 
 
 
319 aa  134  6e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.56 
 
 
317 aa  134  6e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  34.27 
 
 
329 aa  134  6e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  34.87 
 
 
341 aa  134  6.999999999999999e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.88 
 
 
321 aa  133  9e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.08 
 
 
318 aa  133  1.0000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.47 
 
 
327 aa  133  1.0000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0210  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.56 
 
 
308 aa  133  1.0000000000000001e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.22 
 
 
353 aa  132  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  33.2 
 
 
336 aa  132  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  35.02 
 
 
353 aa  131  3e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  34.96 
 
 
350 aa  132  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  34.85 
 
 
373 aa  132  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0091  dihydrouridine synthase DuS  28.4 
 
 
305 aa  131  4.0000000000000003e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3699  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.88 
 
 
321 aa  131  4.0000000000000003e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.426337  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.51 
 
 
320 aa  131  4.0000000000000003e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.27 
 
 
328 aa  131  4.0000000000000003e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.47 
 
 
321 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.47 
 
 
321 aa  131  5.0000000000000004e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.88 
 
 
323 aa  131  5.0000000000000004e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.87 
 
 
348 aa  130  6e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3682  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.88 
 
 
321 aa  130  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0164412  normal  0.105701 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3576  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.88 
 
 
321 aa  130  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000997743  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.88 
 
 
321 aa  130  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000576344  normal  0.0689485 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3648  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.88 
 
 
321 aa  130  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00267806  hitchhiker  0.000397185 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.33 
 
 
332 aa  130  6e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3575  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.88 
 
 
321 aa  130  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000520187  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  33.61 
 
 
332 aa  130  6e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.56 
 
 
327 aa  130  8.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.47 
 
 
321 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  33.33 
 
 
322 aa  129  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  29.11 
 
 
330 aa  130  1.0000000000000001e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  34.44 
 
 
319 aa  130  1.0000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  34.3 
 
 
332 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  34.02 
 
 
352 aa  129  1.0000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.01 
 
 
322 aa  129  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.42 
 
 
379 aa  129  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  34.3 
 
 
332 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  28.9 
 
 
332 aa  129  3e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  36.73 
 
 
342 aa  128  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  35.17 
 
 
332 aa  128  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0013  NifR3/Smm1 family protein  31.82 
 
 
334 aa  128  4.0000000000000003e-28  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.77 
 
 
352 aa  128  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  34.27 
 
 
356 aa  128  4.0000000000000003e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.372686 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.05 
 
 
343 aa  127  5e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03118  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.06 
 
 
321 aa  127  6e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.220754  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0446  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.06 
 
 
321 aa  127  6e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000559244  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0446  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.06 
 
 
321 aa  127  6e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000179057  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3555  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.06 
 
 
321 aa  127  6e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446962  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03069  hypothetical protein  33.06 
 
 
321 aa  127  6e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.249652  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3643  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.06 
 
 
321 aa  127  6e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000124193  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4577  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.06 
 
 
321 aa  127  6e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000029753  normal  0.0792821 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3453  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.06 
 
 
321 aa  127  6e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.247e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.06 
 
 
321 aa  127  6e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000491919  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.01 
 
 
331 aa  127  7e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.02 
 
 
338 aa  127  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  31.66 
 
 
343 aa  126  1e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.45 
 
 
357 aa  126  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2154  dihydrouridine synthase, DuS  31.62 
 
 
318 aa  127  1e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000009638  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.26 
 
 
315 aa  127  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>