262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0907 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_3274  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  61.2 
 
 		 602 aa  709    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.603127  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1406  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  60.41 
 
 		 587 aa  700    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.748943 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3645  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  60.68 
 
 		 592 aa  679    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.683493  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0907  cytochrome c class I  100 
 
 		 621 aa  1263    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.433634 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0511  L-sorbosone dehydrogenase  49.39 
 
 		 430 aa  391  1e-107  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2145  L-sorbosone dehydrogenase  46.62 
 
 		 423 aa  357  1.9999999999999998e-97  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2442  NHL repeat containing protein  38.18 
 
 		 577 aa  358  1.9999999999999998e-97  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0106112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3647  L-sorbosone dehydrogenase  43.9 
 
 		 434 aa  349  7e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000551723  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3966  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  38.35 
 
 		 601 aa  347  4e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6140  L-sorbosone dehydrogenase  44.52 
 
 		 457 aa  342  8e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.867476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3348  cytochrome c class I  37.1 
 
 		 587 aa  300  5e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.123322  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0451  L-sorbosone dehydrogenase  41.69 
 
 		 427 aa  294  3e-78  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1973  L-sorbosone dehydrogenase  40.39 
 
 		 436 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1904  L-sorbosone dehydrogenase  36.34 
 
 		 437 aa  265  1e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.883513  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0027  cytochrome c class I  39.04 
 
 		 548 aa  258  2e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.16509  normal  0.0410464 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1002  NHL repeat-containing protein  32.83 
 
 		 363 aa  169  2e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465909 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5288  PEBP family protein  29.89 
 
 		 617 aa  150  5e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0624  L-sorbosone dehydrogenase  32.23 
 
 		 460 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3122  L-sorbosone dehydrogenase  28.76 
 
 		 418 aa  142  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3015  oxidoreductase, putative  31.36 
 
 		 396 aa  141  3e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.754871  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3219  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.67 
 
 		 386 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00839547  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2746  L-sorbosone dehydrogenase  29.65 
 
 		 438 aa  139  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.298612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3042  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.49 
 
 		 391 aa  138  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1108  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  29.35 
 
 		 371 aa  137  4e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0941  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.43 
 
 		 361 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0785845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1510  L-sorbosone dehydrogenase  28.82 
 
 		 384 aa  137  8e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.147388  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4119  L-sorbosone dehydrogenase  31.01 
 
 		 448 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3024  L-sorbosone dehydrogenase  29 
 
 		 448 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.091412  normal  0.367588 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0889  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.69 
 
 		 403 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.167597 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1033  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.69 
 
 		 403 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.877554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1660  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.57 
 
 		 419 aa  135  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2771  L-sorbosone dehydrogenase  28.61 
 
 		 381 aa  134  5e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.069543  normal  0.0541194 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1406  L-sorbosone dehydrogenase  29.25 
 
 		 448 aa  133  7.999999999999999e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.685553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2920  L-sorbosone dehydrogenase  28.88 
 
 		 448 aa  133  7.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00641513  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2815  hypothetical protein  28.93 
 
 		 363 aa  133  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3631  L-sorbosone dehydrogenase  29.93 
 
 		 442 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000516616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3557  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.21 
 
 		 380 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.683195  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1005  putative membrane-bound dehydrogenase  28.78 
 
 		 394 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.37654 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2796  L-sorbosone dehydrogenase  28.34 
 
 		 448 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2003  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.61 
 
 		 436 aa  131  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.528812 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1015  NHL repeat-containing protein  28.88 
 
 		 438 aa  132  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.542599  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47060  L-sorbosone dehydrogenase  28.19 
 
 		 440 aa  131  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4522  glucose sorbosone dehydrogenase  29.05 
 
 		 423 aa  131  4.0000000000000003e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2978  putative membrane-bound dehydrogenase  26.48 
 
 		 394 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0356498 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0627  glucose sorbosone dehydrogenase  27.59 
 
 		 411 aa  130  6e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.308519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0944  glucose/sorbosone dehydrogenases-like protein  28.22 
 
 		 379 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0508  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  26.94 
 
 		 371 aa  130  9.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0760317  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3898  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.36 
 
 		 391 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4182  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  28.47 
 
 		 379 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2435  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  27.21 
 
 		 369 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.216598  hitchhiker  0.00191889 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2860  L-sorbosone dehydrogenase  28.68 
 
 		 389 aa  128  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.597888  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2235  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.11 
 
 		 379 aa  128  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2921  L-sorbosone dehydrogenase  28.68 
 
 		 372 aa  128  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3490  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  26.68 
 
 		 371 aa  128  3e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0550  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.95 
 
 		 388 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.123721 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2969  hypothetical protein  28.68 
 
 		 355 aa  127  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3326  glucose sorbosone dehydrogenase  26.84 
 
 		 394 aa  127  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2727  L-sorbosone dehydrogenase  28.77 
 
 		 438 aa  127  6e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2505  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  27.66 
 
 		 369 aa  127  6e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.867319  normal  0.0176215 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2748  putative L-sorbosone dehydrogenase  30.02 
 
 		 437 aa  127  6e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.970962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0731  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.94 
 
 		 391 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000431529 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2597  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  28.75 
 
 		 380 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.733304  hitchhiker  0.000753763 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2684  hypothetical protein  29 
 
 		 363 aa  126  1e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5447  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  28.95 
 
 		 424 aa  126  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33480  L-sorbosone dehydrogenase  28.74 
 
 		 439 aa  126  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.334174  normal  0.0461454 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0422  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  27.71 
 
 		 423 aa  126  2e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3787  L-sorbosone dehydrogenase  29.37 
 
 		 436 aa  125  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.510654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0257  putative glucose/sorbosone dehydrogenase; putative peptide signal  29.64 
 
 		 446 aa  125  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0906  L-sorbosone dehydrogenase  27.42 
 
 		 447 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0819  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.19 
 
 		 390 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.450693 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3234  NHL repeat containing protein  28.47 
 
 		 446 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3572  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.19 
 
 		 390 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.255518  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1027  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.11 
 
 		 379 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0774  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.25 
 
 		 391 aa  124  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250675  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4189  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.97 
 
 		 373 aa  125  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2067  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  29.3 
 
 		 456 aa  125  3e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0948  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  27.23 
 
 		 379 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.168955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0589  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  28.11 
 
 		 379 aa  125  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1068  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.11 
 
 		 379 aa  125  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0310832  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0874  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  28.29 
 
 		 357 aa  124  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2488  glucose sorbosone dehydrogenase  27.99 
 
 		 410 aa  124  5e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.583653  normal  0.172855 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0795  L-sorbosone dehydrogenase  28.8 
 
 		 447 aa  123  8e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1723  L-sorbosone dehydrogenase  27.81 
 
 		 435 aa  124  8e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000227847 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3230  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.45 
 
 		 391 aa  123  8e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.400562  hitchhiker  0.00000328613 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0759  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.45 
 
 		 391 aa  123  8e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608473  hitchhiker  0.00169881 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2048  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.57 
 
 		 367 aa  123  9e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.228554  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3494  L-sorbosone dehydrogenase  27.06 
 
 		 446 aa  123  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0961281  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1639  L-sorbosone dehydrogenase  26.41 
 
 		 437 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0225177 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0787  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.95 
 
 		 390 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.187468  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0812  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.95 
 
 		 390 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.745684  unclonable  0.00000000000358198 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4899  L-sorbosone dehydrogenase  26.3 
 
 		 447 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0783  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.12 
 
 		 466 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.194417 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0732  L-sorbosone dehydrogenase  27.96 
 
 		 452 aa  122  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1979  NHL repeat-containing protein  27.67 
 
 		 444 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.902626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2845  L-sorbosone dehydrogenase  28.99 
 
 		 439 aa  121  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0780  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.29 
 
 		 387 aa  121  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.695554  hitchhiker  0.00000105496 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0193  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.68 
 
 		 379 aa  121  3.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2856  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  27.25 
 
 		 420 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.656611  normal  0.0673289 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1954  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.61 
 
 		 433 aa  120  9e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.051744  normal  0.930845 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0809  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  27.43 
 
 		 417 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>