289 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_08720 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013172  Bfae_08720  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  100 
 
 
238 aa  477  1e-134  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0640  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.11 
 
 
238 aa  247  1e-64  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.893813  normal  0.641508 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28650  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  56.19 
 
 
241 aa  241  5e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.50801 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0688  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  51.49 
 
 
247 aa  226  3e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.219348  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3054  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  53.98 
 
 
283 aa  198  7e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.210781 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5634  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.34 
 
 
226 aa  162  5.0000000000000005e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.247829  normal  0.015317 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0183  DNA polymerase III subunit epsilon  43.1 
 
 
250 aa  161  8.000000000000001e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.168499  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4959  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.59 
 
 
277 aa  155  4e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.865455  normal  0.183971 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15120  DNA polymerase III subunit epsilon  38.2 
 
 
228 aa  152  5.9999999999999996e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2481  DNA polymerase III subunit epsilon  40 
 
 
236 aa  150  2e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000473559 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0314  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.46 
 
 
243 aa  145  5e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.124129 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2759  DNA polymerase III subunit epsilon  38.1 
 
 
254 aa  141  9e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.137424  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3445  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.79 
 
 
262 aa  139  3e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0147122  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1180  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.77 
 
 
259 aa  137  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0687091  normal  0.0102944 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0468  exonuclease  36.16 
 
 
259 aa  136  2e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1509  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.57 
 
 
295 aa  134  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5735  DNA polymerase III subunit epsilon  38.46 
 
 
237 aa  130  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4987  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.1 
 
 
256 aa  76.3  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1888  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.09 
 
 
328 aa  73.6  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13583  putative DNA polymerase III epsilon chain  31.18 
 
 
258 aa  72.8  0.000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0008  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.41 
 
 
258 aa  68.9  0.00000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.970645  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  34.83 
 
 
242 aa  67.8  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3900  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.73 
 
 
269 aa  67.4  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.15 
 
 
231 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2340  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.15 
 
 
257 aa  66.2  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  0.684331 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.94 
 
 
308 aa  65.9  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1347  DNA polymerase III epsilon subunit  27.98 
 
 
283 aa  65.9  0.0000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000179804  normal  0.207247 
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  31.25 
 
 
232 aa  64.3  0.000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  35.2 
 
 
242 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  35.2 
 
 
242 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.59 
 
 
231 aa  64.3  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  34.27 
 
 
240 aa  63.2  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2828  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.65 
 
 
234 aa  63.2  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.37287  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.07 
 
 
234 aa  62.8  0.000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.55 
 
 
240 aa  62.8  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 
228 aa  62.4  0.000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1852  exonuclease  29.35 
 
 
259 aa  61.6  0.00000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  27.39 
 
 
217 aa  61.6  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.07 
 
 
225 aa  61.2  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  31.68 
 
 
249 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2791  DNA polymerase III subunit epsilon  30.89 
 
 
241 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0063034  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.45 
 
 
231 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  32.89 
 
 
530 aa  60.8  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  29.84 
 
 
954 aa  60.8  0.00000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  29.56 
 
 
253 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  29.56 
 
 
253 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  29.56 
 
 
253 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  29.56 
 
 
253 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  29.56 
 
 
253 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  35.75 
 
 
238 aa  59.7  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  32.8 
 
 
242 aa  59.7  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  31.07 
 
 
252 aa  59.3  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.25 
 
 
532 aa  59.3  0.00000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  31.46 
 
 
244 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  31.46 
 
 
244 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  31.46 
 
 
244 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3711  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.07 
 
 
257 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  30.37 
 
 
240 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1764  DNA polymerase III subunit epsilon  30.51 
 
 
259 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.743789  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.75 
 
 
530 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.28 
 
 
239 aa  57.8  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  30.37 
 
 
240 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 
237 aa  58.2  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  30.9 
 
 
244 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.58 
 
 
237 aa  57  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.26 
 
 
715 aa  57.8  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  33.15 
 
 
241 aa  57.4  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2607  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.7 
 
 
242 aa  57.4  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000048711  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1004  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.34 
 
 
282 aa  57  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0866  DNA polymerase III, alpha subunit  34.16 
 
 
1476 aa  57.4  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00672697 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  28.25 
 
 
527 aa  57  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1827  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.71 
 
 
237 aa  56.6  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.58 
 
 
237 aa  57  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  30.9 
 
 
244 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41050  DNA polymerase III subunit epsilon  29.94 
 
 
246 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.98 
 
 
236 aa  56.6  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.93 
 
 
226 aa  56.6  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5942  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.28 
 
 
270 aa  56.6  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.51 
 
 
243 aa  56.6  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2148  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.9 
 
 
235 aa  55.8  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.11 
 
 
230 aa  56.2  0.0000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0978  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.12 
 
 
280 aa  56.2  0.0000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0235504  normal  0.0652516 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3480  DNA polymerase III subunit epsilon  30.56 
 
 
246 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  31.4 
 
 
719 aa  55.8  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.27 
 
 
235 aa  55.8  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.32 
 
 
237 aa  55.8  0.0000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  31.09 
 
 
244 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2036  DNA polymerase III subunit epsilon  30.9 
 
 
244 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.34 
 
 
243 aa  55.5  0.0000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1310  DNA polymerase III, alpha subunit  32.07 
 
 
1510 aa  55.5  0.0000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  31.1 
 
 
231 aa  55.5  0.0000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.34 
 
 
395 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.01 
 
 
239 aa  55.1  0.0000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1567  DNA-directed DNA polymerase  34.09 
 
 
236 aa  55.1  0.0000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.48 
 
 
383 aa  54.7  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4426  DNA polymerase III subunit epsilon  30.34 
 
 
244 aa  55.1  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000436585  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.09 
 
 
228 aa  54.7  0.000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1670  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.1 
 
 
190 aa  54.7  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.217345  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.07 
 
 
498 aa  54.7  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  28.03 
 
 
240 aa  53.9  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434115 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>