116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5504 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA0812  squalene-hopene cyclase  52.26 
 
 		 654 aa  645    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.158231  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2100  squalene-hopene cyclase  88.48 
 
 		 651 aa  1188    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4954  Terpene synthase:squalene cyclase  71.96 
 
 		 673 aa  905    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.58482  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2269  terpene synthase/squalene cyclase  61.1 
 
 		 654 aa  804    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.178212 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1490  squalene-hopene cyclase  88.63 
 
 		 651 aa  1191    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.761952  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1320  Terpene synthase/squalene cyclase  52.65 
 
 		 659 aa  676    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0019  Terpene synthase/squalene cyclase  94.67 
 
 		 657 aa  1291    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0062  terpene synthase, squalene cyclase  54.83 
 
 		 656 aa  693    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2359  squalene-hopene cyclase  88.75 
 
 		 657 aa  1176    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1726  squalene cyclase  63.07 
 
 		 654 aa  817    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00651785  normal  0.158685 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1720  squalene cyclase  62.44 
 
 		 654 aa  841    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0718096 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0012  Terpene synthase  80.59 
 
 		 678 aa  1044    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.131219  normal  0.786968 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3573  squalene cyclase  63.69 
 
 		 654 aa  848    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.191218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2682  squalene cyclase  60.4 
 
 		 654 aa  813    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145002  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4148  squalene-hopene cyclase  71.27 
 
 		 669 aa  954    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146424  normal  0.598571 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5180  squalene cyclase  93.91 
 
 		 657 aa  1286    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0421505  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4951  squalene-hopene cyclase  99.24 
 
 		 657 aa  1338    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.736263  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5679  squalene-hopene cyclase  93.91 
 
 		 657 aa  1286    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.126345  hitchhiker  0.00244558 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1129  squalene-hopene cyclase  88.43 
 
 		 657 aa  1200    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1409  squalene-hopene cyclase  88.43 
 
 		 657 aa  1200    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.525884  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3275  squalene-hopene cyclase  88.58 
 
 		 657 aa  1203    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.140167  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3161  squalene-hopene cyclase  88.58 
 
 		 657 aa  1203    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2394  squalene-hopene cyclase  88.43 
 
 		 657 aa  1200    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1685  squalene-hopene cyclase  59.26 
 
 		 649 aa  744    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3175  squalene-hopene cyclase  93.15 
 
 		 657 aa  1269    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1944  squalene-hopene cyclase  61.18 
 
 		 667 aa  788    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.89702  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5426  squalene-hopene cyclase  59.25 
 
 		 665 aa  771    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6347  squalene-hopene cyclase  63.44 
 
 		 663 aa  811    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.323444  normal  0.123319 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4556  squalene-hopene cyclase  93.76 
 
 		 657 aa  1284    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.282201  normal  0.128502 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5504  squalene-hopene cyclase  100 
 
 		 657 aa  1349    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209876  normal  0.0256677 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3156  squalene-hopene cyclase  58.64 
 
 		 662 aa  793    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4137  squalene-hopene cyclase  80.75 
 
 		 677 aa  1074    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7029  squalene-hopene cyclase  81.59 
 
 		 676 aa  1056    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000008735 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1835  squalene-hopene cyclase  60.56 
 
 		 667 aa  796    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.807169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4261  squalene-hopene cyclase  62.12 
 
 		 653 aa  818    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.942083  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1825  squalene-hopene cyclase  56.04 
 
 		 663 aa  692    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3243  squalene-hopene cyclase  58.93 
 
 		 672 aa  790    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.291091 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2220  squalene-hopene cyclase  61.02 
 
 		 667 aa  786    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.96111 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5491  squalene-hopene cyclase  58.59 
 
 		 645 aa  726    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.264934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7146  squalene-hopene cyclase  63.91 
 
 		 663 aa  842    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1783  squalene-hopene cyclase  51.08 
 
 		 643 aa  627  1e-178  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2124  squalene-hopene cyclase  51.08 
 
 		 643 aa  627  1e-178  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.888733  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2556  squalene cyclase  50.39 
 
 		 653 aa  624  1e-177  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.511022  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7519  Terpene synthase/squalene cyclase  48.35 
 
 		 678 aa  605  1.0000000000000001e-171  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5865  squalene-hopene cyclase  47.94 
 
 		 678 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4403  Squalene cyclase  49.84 
 
 		 661 aa  601  1e-170  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122673  normal  0.247773 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6546  squalene-hopene cyclase  47.74 
 
 		 684 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274998 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5698  squalene cyclase  47.99 
 
 		 687 aa  596  1e-169  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6062  squalene-hopene cyclase  47.99 
 
 		 687 aa  596  1e-169  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0441  squalene-hopene cyclase  48.08 
 
 		 737 aa  592  1e-168  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6104  squalene-hopene cyclase  47.86 
 
 		 682 aa  594  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.640777  normal  0.788384 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5992  squalene-hopene cyclase  47.39 
 
 		 683 aa  589  1e-167  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.234824 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0765  squalene-hopene cyclase  47.48 
 
 		 719 aa  585  1.0000000000000001e-165  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000268109  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3061  squalene-hopene cyclase  47.89 
 
 		 730 aa  581  1e-164  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.299317  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0419  Terpene synthase:squalene cyclase  46.49 
 
 		 730 aa  574  1.0000000000000001e-162  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20760  squalene-hopene cyclase  48.68 
 
 		 598 aa  555  1e-156  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.577107  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2820  Terpene synthase:squalene cyclase  42.22 
 
 		 679 aa  511  1e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000869721  normal  0.376933 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0688  squalene-hopene cyclase  42.25 
 
 		 679 aa  505  9.999999999999999e-143  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0586149  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1189  squalene-hopene cyclase  42.11 
 
 		 679 aa  506  9.999999999999999e-143  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000101315  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2233  squalene-hopene cyclase  41.86 
 
 		 684 aa  505  1e-141  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000414929  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1020  squalene-hopene cyclase  41.17 
 
 		 679 aa  498  1e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0111507  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1740  squalene cyclase  40.31 
 
 		 657 aa  490  1e-137  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0885  squalene-hopene cyclase  40.91 
 
 		 680 aa  487  1e-136  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000419297 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3360  squalene-hopene cyclase  40.44 
 
 		 680 aa  484  1e-135  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0001243  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1904  squalene-hopene cyclase  39.67 
 
 		 705 aa  470  1.0000000000000001e-131  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3320  squalene/oxidosqualene cyclase  41.27 
 
 		 643 aa  468  9.999999999999999e-131  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4671  Terpene synthase  40.25 
 
 		 637 aa  453  1.0000000000000001e-126  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.965623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1697  squalene-hopene cyclase  42.4 
 
 		 633 aa  454  1.0000000000000001e-126  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.633147  hitchhiker  0.000255993 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23080  squalene-hopene cyclase  41 
 
 		 640 aa  453  1.0000000000000001e-126  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.813325  normal  0.224628 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3575  squalene/oxidosqualene cyclase  40.28 
 
 		 668 aa  449  1.0000000000000001e-124  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.224012 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6664  squalene-hopene cyclase  41.27 
 
 		 644 aa  442  1e-123  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.303504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0727  squalene-hopene cyclase  38.25 
 
 		 632 aa  439  9.999999999999999e-123  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.548053  normal  0.146033 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2736  squalene-hopene cyclase  39.4 
 
 		 688 aa  441  9.999999999999999e-123  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4079  squalene-hopene cyclase  40.8 
 
 		 654 aa  439  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.342218 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2842  squalene/oxidosqualene cyclase  37.44 
 
 		 647 aa  431  1e-119  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3254  squalene-hopene cyclase  38.01 
 
 		 651 aa  432  1e-119  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2443  squalene-hopene cyclase  40.19 
 
 		 631 aa  422  1e-116  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.78759  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4758  squalene-hopene cyclase  39.97 
 
 		 689 aa  417  9.999999999999999e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0823  squalene cyclase  38.67 
 
 		 741 aa  402  9.999999999999999e-111  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.671451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0355  squalene-hopene cyclase  37.6 
 
 		 695 aa  394  1e-108  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1989  squalene-hopene cyclase  38.48 
 
 		 710 aa  381  1e-104  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1355  squalene-hopene cyclase  37.41 
 
 		 684 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.06763 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5713  squalene-hopene cyclase  35.38 
 
 		 728 aa  373  1e-102  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00366399  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2820  squalene/oxidosqualene cyclase  33.44 
 
 		 618 aa  306  9.000000000000001e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1652  putative squalene-hopene cyclase  31.83 
 
 		 617 aa  288  2e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.155844 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3665  putative squalene-hopene cyclase  31.72 
 
 		 617 aa  284  5.000000000000001e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3265  squalene-hopene cyclase  30.82 
 
 		 617 aa  280  6e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3260  squalene/oxidosqualene cyclase  31.01 
 
 		 617 aa  279  1e-73  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3315  squalene-hopene cyclase  30.74 
 
 		 617 aa  278  3e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3572  squalene-hopene cyclase  30.41 
 
 		 617 aa  275  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3351  squalene-hopene cyclase  30.59 
 
 		 617 aa  273  7e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.869066  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3612  squalene-hopene cyclase  30.59 
 
 		 617 aa  273  7e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.689157  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2232  squalene/oxidosqualene cyclase  30.08 
 
 		 619 aa  273  9e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3565  putative squalene-hopene cyclase  30.54 
 
 		 617 aa  273  9e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.143016 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3582  putative squalene-hopene cyclase  30.67 
 
 		 617 aa  268  2e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2873  squalene cyclase family protein  27.89 
 
 		 670 aa  172  2e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_645  acetyl-coenzyme A synthetase  25.73 
 
 		 682 aa  171  4e-41  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.756147  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02520  lanosterol synthase, putative  25.57 
 
 		 738 aa  170  1e-40  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.179646  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08249  conserved hypothetical protein  25.33 
 
 		 716 aa  151  4e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.696881  normal  0.423433 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_12302  predicted protein  23.74 
 
 		 720 aa  149  2.0000000000000003e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0477917  normal  0.996732 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>