197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1265 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_1265  ABC transporter periplasmic-binding protein  100 
 
 
314 aa  635    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147763 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2012  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  57.84 
 
 
343 aa  386  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452501  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2040  NMT1/THI5 like domain protein  61.46 
 
 
328 aa  385  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.841099  normal  0.44049 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1093  NMT1/THI5 like domain protein  59.8 
 
 
328 aa  381  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000718314  normal  0.110975 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1721  NMT1/THI5-like domain-containing protein  61.13 
 
 
328 aa  380  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.768998  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3213  ABC transporter, periplasmic binding component-related protein  56.29 
 
 
342 aa  354  1e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.357764  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2591  NMT1/THI5-like domain-containing protein  54.46 
 
 
337 aa  347  1e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.329095 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4758  NMT1/THI5 like domain protein  54.67 
 
 
328 aa  333  2e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.622953  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0706  putative secreted protein  47.99 
 
 
345 aa  288  9e-77  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3549  ABC transporter substrate-binding protein  46.58 
 
 
339 aa  266  5e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1678  NMT1/THI5 like domain protein  47.18 
 
 
338 aa  263  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00877169  normal  0.68258 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4663  NMT1/THI5 like domain protein  46.51 
 
 
338 aa  256  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.679325 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0893  NMT1/THI5-like domain-containing protein  45.79 
 
 
346 aa  253  3e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.15083  normal  0.0747701 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0799  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.39 
 
 
336 aa  245  9e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0834  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  44.11 
 
 
336 aa  241  9e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.576945  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1089  NMT1/THI5-like domain-containing protein  42.27 
 
 
352 aa  231  1e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1384  permease protein of ABC transporter  42.22 
 
 
333 aa  229  3e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.178302  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3874  NMT1/THI5-like domain-containing protein  40.91 
 
 
336 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.196748  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3687  ABC transporter substrate-binding protein  44.52 
 
 
351 aa  222  8e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7482  ABC transporter periplasmic-binding protein  38.49 
 
 
329 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.061073  normal  0.0687655 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0471  NMT1/THI5 like domain protein  37.83 
 
 
380 aa  219  6e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.886983  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1162  NMT1/THI5 like domain protein  39.42 
 
 
344 aa  219  6e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.139454 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0331  perplasmic binding protein of ABC transporter  41.53 
 
 
344 aa  216  5e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.18125  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0570  perplasmic binding protein of ABC transporter  37.7 
 
 
374 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.288854  normal  0.233067 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1471  permease protein of ABC transporter  40.68 
 
 
332 aa  212  5.999999999999999e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0260  perplasmic binding protein of ABC transporter  38 
 
 
373 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.519956 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0425  perplasmic binding protein of ABC transporter  38.87 
 
 
341 aa  209  6e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2036  NMT1/THI5 like domain protein  40.13 
 
 
322 aa  208  1e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.415947  normal  0.756885 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1717  NMT1/THI5-like domain-containing protein  39.8 
 
 
322 aa  207  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1097  NMT1/THI5 like domain protein  39.46 
 
 
322 aa  206  3e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0236053  normal  0.472572 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3143  perplasmic binding protein of ABC transporter  38.89 
 
 
351 aa  197  2.0000000000000003e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.786011  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0570  ABC transporter periplasmic-binding protein  37.71 
 
 
339 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.262601  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1262  NMT1/THI5-like domain-containing protein  40.58 
 
 
326 aa  191  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281211  normal  0.0156923 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5136  NMT1/THI5 like domain protein  38.03 
 
 
342 aa  186  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2034  NMT1/THI5 like domain protein  33.45 
 
 
347 aa  153  2.9999999999999998e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.599976  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2868  NMT1/THI5 like domain protein  31.06 
 
 
364 aa  134  9.999999999999999e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.51119  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3563  NMT1/THI5-like domain-containing protein  33.59 
 
 
322 aa  134  3e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.087558  normal  0.97386 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3456  hypothetical protein  29.46 
 
 
336 aa  101  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1309  NMT1/THI5-ike domain protein  29.27 
 
 
375 aa  94  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.135752  hitchhiker  0.0000217604 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1730  NMT1/THI5-like domain-containing protein  32.75 
 
 
329 aa  92.4  8e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.524252  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  27.52 
 
 
893 aa  92  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6030  putative ABC transporter, substrate binding protein  28.86 
 
 
329 aa  92  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.43 
 
 
1075 aa  90.5  3e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5201  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.13 
 
 
345 aa  89.4  7e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0343  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.07 
 
 
332 aa  89  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.010021  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.27 
 
 
1238 aa  88.2  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1084  NMT1/THI5 like domain protein  32.16 
 
 
334 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00229881  normal  0.0195344 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2065  NMT1/THI5 like domain protein  27.97 
 
 
327 aa  87  3e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.411496  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0038  NMT1/THI5 like domain protein  28.4 
 
 
336 aa  87  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2049  NMT1/THI5 like domain protein  32 
 
 
334 aa  87  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2795  NMT1/THI5 like domain protein  27.48 
 
 
357 aa  83.6  0.000000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001037 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2373  NMT1/THI5-like domain-containing protein  29.31 
 
 
330 aa  83.6  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.626309  normal  0.163906 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3298  NMT1/THI5 like domain protein  26.78 
 
 
323 aa  83.2  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2950  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.04 
 
 
1004 aa  82.8  0.000000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3461  ABC transporter substrate binding protein (nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate)  27.82 
 
 
330 aa  81.6  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5087  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.84 
 
 
342 aa  81.6  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1466  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  27.27 
 
 
326 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  24.47 
 
 
794 aa  80.5  0.00000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2979  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.22 
 
 
323 aa  80.5  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2101  NMT1/THI5 like domain protein  27 
 
 
327 aa  79.7  0.00000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2085  hydroxymethylpyrimidine-binding protein  24.43 
 
 
328 aa  79.7  0.00000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3043  NMT1/THI5 like domain protein  26.75 
 
 
323 aa  79.7  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2047  hypothetical protein  26.56 
 
 
326 aa  79  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0745441  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3387  histidine kinase  24.88 
 
 
593 aa  78.6  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0179  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic components TauA  26.41 
 
 
326 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1273  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.16 
 
 
1004 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  23.37 
 
 
1065 aa  77.8  0.0000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1812  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic components TauA  26.41 
 
 
326 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.661868  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2758  NMT1/THI5 like domain protein  25.44 
 
 
354 aa  77.8  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.512132  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.89 
 
 
915 aa  77.4  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1358  NMT1/THI5 like domain protein  24.89 
 
 
330 aa  77.4  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.502461  normal  0.023119 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1374  NMT1/THI5 like domain protein  26.75 
 
 
329 aa  77  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.353892  normal  0.853253 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  29.95 
 
 
674 aa  76.6  0.0000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0280  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.27 
 
 
322 aa  75.9  0.0000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  24.55 
 
 
821 aa  75.1  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2932  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.76 
 
 
344 aa  75.1  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.01782  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1579  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.06 
 
 
342 aa  75.1  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00570901  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3032  twin-arginine translocation pathway signal  23.9 
 
 
348 aa  73.2  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000338526  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1493  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.27 
 
 
328 aa  73.2  0.000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.140791  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  24.91 
 
 
721 aa  72.8  0.000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2699  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.87 
 
 
335 aa  72.4  0.000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.428468  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1486  NMT1/THI5 like domain protein  26.98 
 
 
355 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7652  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  27.06 
 
 
332 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422947  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  26.05 
 
 
775 aa  71.2  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2733  NMT1/THI5 like domain protein  24.92 
 
 
349 aa  71.2  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.546218  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2205  ABC transporter substrate-binding protein  23.18 
 
 
324 aa  71.2  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3204  membrane lipoprotein lipid attachment site  24.3 
 
 
336 aa  71.2  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0443411  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  25.7 
 
 
686 aa  70.5  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0619  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  26.78 
 
 
336 aa  70.1  0.00000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  27.19 
 
 
778 aa  69.3  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1882  NMT1/THI5 like domain-containing protein  29.91 
 
 
361 aa  69.3  0.00000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.4783 
 
 
-
 
NC_004310  BR0213  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  26.36 
 
 
322 aa  68.9  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0204  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.36 
 
 
322 aa  68.6  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1528  ABC transporter substrate-binding protein  24.88 
 
 
357 aa  68.2  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2098  NMT1/THI5 like domain protein  27.47 
 
 
359 aa  67.8  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0371  NMT1/THI5-like domain-containing protein  21.88 
 
 
332 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1861  NMT1/THI5 like domain protein  25.48 
 
 
339 aa  68.2  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2024  NMT1/THI5 like domain protein  27.43 
 
 
344 aa  67  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2388  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.16 
 
 
348 aa  66.2  0.0000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.689816  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0451  NMT1/THI5-like domain-containing protein  21.71 
 
 
316 aa  65.9  0.0000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>