More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6122 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  100 
 
 		 308 aa  626  1e-178  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  47.46 
 
 		 296 aa  267  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  46.39 
 
 		 293 aa  266  4e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  47.77 
 
 		 296 aa  258  9e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  43.84 
 
 		 305 aa  251  1e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  43.96 
 
 		 305 aa  241  7.999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 300 aa  212  7e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  34.01 
 
 		 288 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  33.9 
 
 		 288 aa  165  8e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 309 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  32.29 
 
 		 289 aa  161  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 292 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  33.33 
 
 		 303 aa  158  9e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 292 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 292 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  30.61 
 
 		 289 aa  153  4e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 310 aa  149  5e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 319 aa  149  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  35.42 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 298 aa  142  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  31.8 
 
 		 321 aa  142  7e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 281 aa  139  7.999999999999999e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 317 aa  135  9e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  30.45 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  29.63 
 
 		 329 aa  125  8.000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 290 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2574  helix-turn-helix domain-containing protein  33.22 
 
 		 343 aa  122  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0101774 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  29.33 
 
 		 290 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  113  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  26.71 
 
 		 291 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  27.52 
 
 		 292 aa  103  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 293 aa  101  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 316 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 303 aa  100  3e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  27.82 
 
 		 296 aa  99  8e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  27.82 
 
 		 296 aa  99  8e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 296 aa  99  9e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  27.82 
 
 		 296 aa  99  9e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  27.97 
 
 		 315 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  24.66 
 
 		 316 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  25.61 
 
 		 298 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  25.61 
 
 		 298 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  25.61 
 
 		 298 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  24.48 
 
 		 293 aa  94.4  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  25.61 
 
 		 298 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  25.61 
 
 		 298 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  25.62 
 
 		 303 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 298 aa  91.7  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 271 aa  92  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  34.75 
 
 		 282 aa  91.3  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  25.17 
 
 		 290 aa  89  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  32.03 
 
 		 280 aa  88.6  1e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2466  AraC family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 315 aa  87.4  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 307 aa  88.2  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4615  helix-turn-helix domain-containing protein  24.3 
 
 		 281 aa  86.3  6e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00567057  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 297 aa  86.3  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2769  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 297 aa  85.9  9e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  34.19 
 
 		 292 aa  85.5  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  23.48 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  26.21 
 
 		 291 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1416  AraC family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 276 aa  82  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.813304  normal  0.204601 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  26.19 
 
 		 285 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  27.98 
 
 		 282 aa  80.5  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  35.65 
 
 		 278 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  34.09 
 
 		 289 aa  80.9  0.00000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  28.19 
 
 		 280 aa  79.7  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  26.05 
 
 		 292 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 290 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  37.76 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  27.95 
 
 		 263 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 311 aa  77.8  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 290 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 294 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  23.51 
 
 		 291 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 283 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2462  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 268 aa  76.3  0.0000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529684  hitchhiker  0.000432103 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 301 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 		 290 aa  75.5  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  21.6 
 
 		 286 aa  75.1  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3857  AraC family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  25.32 
 
 		 259 aa  74.3  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  24.48 
 
 		 284 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>