More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4145 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4145  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 309 aa  618  1e-176  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.501795  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2966  porphobilinogen deaminase  73.14 
 
 		 330 aa  445  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3699  porphobilinogen deaminase  71.1 
 
 		 309 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4020  porphobilinogen deaminase  71.1 
 
 		 309 aa  442  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.780867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0975  porphobilinogen deaminase  62.66 
 
 		 314 aa  383  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1887  porphobilinogen deaminase  61.34 
 
 		 314 aa  369  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1815  porphobilinogen deaminase  62.05 
 
 		 304 aa  367  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.187102  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3202  porphobilinogen deaminase  61.49 
 
 		 309 aa  365  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2529  porphobilinogen deaminase  54.07 
 
 		 318 aa  294  1e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2334  porphobilinogen deaminase  53.44 
 
 		 322 aa  294  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.69155  normal  0.249742 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0679  porphobilinogen deaminase  53.44 
 
 		 314 aa  293  2e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0562  porphobilinogen deaminase  55.03 
 
 		 316 aa  293  2e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264968  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0551  porphobilinogen deaminase  52.79 
 
 		 322 aa  293  4e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2704  porphobilinogen deaminase  52.29 
 
 		 347 aa  291  7e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3845  porphobilinogen deaminase  52.27 
 
 		 318 aa  291  7e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0471  porphobilinogen deaminase  54.36 
 
 		 316 aa  290  2e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.834743 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3568  porphobilinogen deaminase  50.63 
 
 		 321 aa  288  8e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.133183  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3630  porphobilinogen deaminase  53.92 
 
 		 313 aa  286  4e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0881081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1349  porphobilinogen deaminase  53.75 
 
 		 308 aa  281  1e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0751939 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_51811  hydroxymethylbilane synthase  51.13 
 
 		 329 aa  280  2e-74  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2839  porphobilinogen deaminase  52.76 
 
 		 307 aa  265  7e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5394  porphobilinogen deaminase  50.82 
 
 		 309 aa  263  3e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5316  porphobilinogen deaminase  50.49 
 
 		 309 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1158  porphobilinogen deaminase  50.51 
 
 		 317 aa  257  1e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.470671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4848  porphobilinogen deaminase  49.84 
 
 		 309 aa  255  5e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0007  porphobilinogen deaminase  51.3 
 
 		 337 aa  255  7e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000143071  normal  0.582224 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1732  porphobilinogen deaminase  46.08 
 
 		 318 aa  252  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0335479  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0406  porphobilinogen deaminase  46.73 
 
 		 311 aa  249  5e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.121842  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  48.44 
 
 		 312 aa  247  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  46.82 
 
 		 312 aa  244  9e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31592  predicted protein  48.36 
 
 		 325 aa  241  9e-63  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.784447 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  45.28 
 
 		 317 aa  241  2e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  44.37 
 
 		 314 aa  236  2e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1936  porphobilinogen deaminase  48.55 
 
 		 308 aa  232  5e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0833928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0118  porphobilinogen deaminase  45.25 
 
 		 318 aa  232  5e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  43.97 
 
 		 310 aa  231  1e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  45.61 
 
 		 311 aa  230  2e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  43.65 
 
 		 317 aa  229  4e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  48.12 
 
 		 315 aa  229  5e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  43.33 
 
 		 309 aa  228  8e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  44.01 
 
 		 309 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  43.18 
 
 		 309 aa  226  6e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  45.33 
 
 		 309 aa  224  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2670  porphobilinogen deaminase  46.9 
 
 		 308 aa  224  1e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000635996 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  41.72 
 
 		 310 aa  224  2e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  44.63 
 
 		 313 aa  223  4e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  44.44 
 
 		 318 aa  222  4.9999999999999996e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  46.45 
 
 		 313 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  44.3 
 
 		 313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  43.69 
 
 		 313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0872  porphobilinogen deaminase  42.33 
 
 		 310 aa  219  3e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2786  porphobilinogen deaminase  46.44 
 
 		 312 aa  220  3e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.50177  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  43.1 
 
 		 318 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1237  porphobilinogen deaminase  42.7 
 
 		 285 aa  219  3.9999999999999997e-56  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  43.96 
 
 		 321 aa  219  3.9999999999999997e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0685  hydroxymethylbilane synthase  44.69 
 
 		 306 aa  219  5e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.161676  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  44.14 
 
 		 326 aa  219  5e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  46.1 
 
 		 351 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  44.07 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  47.57 
 
 		 313 aa  218  1e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4551  porphobilinogen deaminase  48.13 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4361  porphobilinogen deaminase  48.13 
 
 		 309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.448902  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1728  porphobilinogen deaminase  40.34 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.446766  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4696  porphobilinogen deaminase  48.13 
 
 		 309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1762  porphobilinogen deaminase  40.34 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2898  porphobilinogen deaminase  47.02 
 
 		 306 aa  216  4e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.101786  normal  0.0803505 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3300  porphobilinogen deaminase  47.02 
 
 		 306 aa  216  4e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.999911  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  41.39 
 
 		 318 aa  215  5.9999999999999996e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3674  porphobilinogen deaminase  43.85 
 
 		 311 aa  215  7e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  44.07 
 
 		 315 aa  215  9e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  45.97 
 
 		 320 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  43.84 
 
 		 317 aa  214  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  45.97 
 
 		 320 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  45.86 
 
 		 313 aa  214  9.999999999999999e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  45.97 
 
 		 318 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  46.86 
 
 		 313 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4555  porphobilinogen deaminase  47.39 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4197  porphobilinogen deaminase  46.82 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  45.97 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  46.86 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  45.18 
 
 		 320 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  45.86 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4582  porphobilinogen deaminase  47.19 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4600  porphobilinogen deaminase  47.39 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  44.78 
 
 		 313 aa  213  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  45.86 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  45.97 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  46.86 
 
 		 313 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  45.76 
 
 		 313 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4208  porphobilinogen deaminase  47.19 
 
 		 309 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  46.86 
 
 		 313 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  44.85 
 
 		 313 aa  212  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0652  porphobilinogen deaminase  46.82 
 
 		 309 aa  213  4.9999999999999996e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  44.85 
 
 		 318 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  44.85 
 
 		 313 aa  212  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  44.85 
 
 		 320 aa  212  7e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  43 
 
 		 313 aa  212  7e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  44.85 
 
 		 320 aa  212  7e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  44.85 
 
 		 320 aa  212  7e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  44.85 
 
 		 318 aa  212  7.999999999999999e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>