215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2880 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2880  hypothetical protein  100 
 
 		 289 aa  600  1.0000000000000001e-171  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2584  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  69.18 
 
 		 281 aa  418  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000140761  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2843  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  69.2 
 
 		 281 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0736024  hitchhiker  0.007363 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2072  hypothetical protein  68.97 
 
 		 288 aa  395  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000986938 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1999  putative lipoprotein  63.18 
 
 		 288 aa  360  1e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326397  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1422  competence protein ComL, putative  56.4 
 
 		 287 aa  347  2e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.225309  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1752  competence protein ComL  57.14 
 
 		 287 aa  346  2e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1378  putative competence protein ComL  55.71 
 
 		 287 aa  343  2e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.374682  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3384  putative lipoprotein  49.1 
 
 		 301 aa  286  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321347  normal  0.0271451 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1288  putative lipoprotein  45.45 
 
 		 325 aa  286  2e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.571416  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3296  putative lipoprotein  49.1 
 
 		 289 aa  285  5e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2006  putative lipoprotein  48.74 
 
 		 301 aa  285  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.47311 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6695  putative lipoprotein  47.1 
 
 		 298 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7434  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  49.45 
 
 		 299 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0308132  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2951  putative lipoprotein  50.38 
 
 		 291 aa  281  6.000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0171054 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3178  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  50.38 
 
 		 291 aa  281  7.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.121746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4038  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  48.54 
 
 		 302 aa  281  9e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.890375  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3135  putative lipoprotein  50 
 
 		 291 aa  280  2e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.197593 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0330  putative lipoprotein  49.42 
 
 		 284 aa  278  9e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654849  normal  0.880482 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6164  hypothetical protein  51.88 
 
 		 297 aa  276  3e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0345463 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1060  putative lipoprotein  47.73 
 
 		 298 aa  274  1.0000000000000001e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.648337 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2348  putative lipoprotein  48.33 
 
 		 293 aa  271  1e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3496  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  50.21 
 
 		 288 aa  261  1e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.24524 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0939  putative lipoprotein  46.1 
 
 		 279 aa  254  8e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000292925  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0699  DNA uptake lipoprotein-like protein  43.45 
 
 		 391 aa  253  2.0000000000000002e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.672659  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2430  DNA uptake lipoprotein  45.1 
 
 		 291 aa  248  1e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.233746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1457  DNA uptake lipoprotein-like protein  42.15 
 
 		 261 aa  223  3e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2414  hypothetical protein  42.11 
 
 		 279 aa  219  5e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00110974  normal  0.506898 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2117  putative ComL lipoprotein  38.81 
 
 		 278 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.329697  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2068  DNA uptake lipoprotein-like protein  37.08 
 
 		 276 aa  213  2.9999999999999995e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.484771 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0792  TPR repeat-containing protein  38.81 
 
 		 278 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.452086  normal  0.559205 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0702  TPR repeat-containing protein  38.81 
 
 		 278 aa  209  4e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0691  competence lipoprotein ComL, putative  38.43 
 
 		 283 aa  209  6e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0174924  decreased coverage  0.000229911 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2748  competence lipoprotein ComL, putative  43.42 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.321012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0941  competence lipoprotein ComL, putative  39.64 
 
 		 292 aa  203  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00347404  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3100  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  40.61 
 
 		 306 aa  202  4e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.425844  normal  0.735542 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1732  DNA uptake lipoprotein  44.6 
 
 		 268 aa  200  1.9999999999999998e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0545  DNA uptake lipoprotein  38.84 
 
 		 264 aa  194  1e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.686095  normal  0.234082 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4485  putative ComL lipoprotein  36.2 
 
 		 280 aa  194  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.159296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3162  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  36.54 
 
 		 319 aa  187  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0755  DNA uptake lipoprotein-like protein  37.73 
 
 		 315 aa  180  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0308  DNA uptake lipoprotein-like protein  31.76 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1005  putative competence protein ComL  29.91 
 
 		 250 aa  135  8e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.372557  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0812  hypothetical protein  28.85 
 
 		 254 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.391537  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01439  Competence lipoprotein ComL  29.62 
 
 		 254 aa  129  7.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1334  putative lipoprotein  31.16 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000708503  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2236  putative lipoprotein  31.42 
 
 		 253 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.351337  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2864  putative lipoprotein  28.98 
 
 		 253 aa  117  3e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000160081  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0485  competence lipoprotein ComL, putative  32.51 
 
 		 235 aa  112  6e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0398845  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1975  TPR repeat-containing protein  29.55 
 
 		 266 aa  112  7.000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0666  putative lipoprotein  27.46 
 
 		 253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0926044  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3266  putative lipoprotein  26.61 
 
 		 257 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1857  competence lipoprotein  30.47 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3500  putative lipoprotein  26.94 
 
 		 282 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.538329  normal  0.104319 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2551  putative lipoprotein  30.33 
 
 		 254 aa  110  3e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00873964  normal  0.0420812 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2315  putative transmembrane protein  28.14 
 
 		 268 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1919  putative lipoprotein  30.58 
 
 		 293 aa  109  6e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.527039  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1021  putative lipoprotein  29.2 
 
 		 253 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000015232  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2606  putative lipoprotein  26.48 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000151596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0725  competence lipoprotein ComL, putative  27.2 
 
 		 340 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3273  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  28.76 
 
 		 253 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000016984  normal  0.040327 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2994  putative lipoprotein  28.84 
 
 		 282 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000158327  normal  0.33203 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3075  putative lipoprotein  28.84 
 
 		 282 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000146144  normal  0.73479 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1085  putative lipoprotein  28.76 
 
 		 253 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446586  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1118  putative lipoprotein  28.76 
 
 		 253 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000738911  normal  0.0672977 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1016  putative lipoprotein  28.76 
 
 		 253 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000150012  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0920  putative transmembrane protein  27.06 
 
 		 295 aa  106  4e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3128  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  26.73 
 
 		 269 aa  106  5e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3167  putative lipoprotein  28.2 
 
 		 268 aa  106  5e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0598273  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3478  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  24.9 
 
 		 243 aa  105  6e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.531576  normal  0.377875 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3215  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  24.9 
 
 		 243 aa  105  6e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00228309  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3352  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  24.9 
 
 		 243 aa  105  6e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.527935  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0826  competence lipoprotein ComL, putative  27.2 
 
 		 338 aa  105  7e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1352  hypothetical protein  28.46 
 
 		 278 aa  105  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.017502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2951  putative lipoprotein  27.71 
 
 		 252 aa  105  9e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000165501  normal  0.568121 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1603  putative competence lipoprotein precursor  28.85 
 
 		 257 aa  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0968  DNA uptake lipoprotein-like protein  28.93 
 
 		 330 aa  104  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.579627 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3580  hypothetical protein  28.38 
 
 		 268 aa  104  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0809  putative competence lipoprotein precursor  28.24 
 
 		 281 aa  104  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0753158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4548  competence lipoprotein ComL  26.91 
 
 		 339 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1613  putative competence lipoprotein precursor  27.31 
 
 		 267 aa  104  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000947749 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3160  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  26.36 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3172  putative lipoprotein  27.91 
 
 		 282 aa  103  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000327515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3241  putative transmembrane protein  25.69 
 
 		 265 aa  103  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.906255  normal  0.945315 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0622  competence lipoprotein ComL, putative  26.07 
 
 		 339 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11930  competence protein ComL  27.46 
 
 		 337 aa  103  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1343  transmembrane protein  26.92 
 
 		 271 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0662  DNA uptake lipoprotein-like protein  26.07 
 
 		 339 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.429425  normal  0.0753816 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0668  competence lipoprotein ComL  26.18 
 
 		 339 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0877  DNA uptake lipoprotein  26.03 
 
 		 277 aa  102  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.594367  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04874  competence lipoprotein  28.57 
 
 		 277 aa  102  6e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1188  hypothetical protein  27.96 
 
 		 257 aa  102  9e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1194  hypothetical protein  27.96 
 
 		 257 aa  102  9e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0772  lipoprotein, ComL family  27.83 
 
 		 272 aa  101  1e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1193  competence lipoprotein ComL  27.83 
 
 		 255 aa  101  2e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  25 
 
 		 285 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0525454  decreased coverage  0.00850682 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1920  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  25.71 
 
 		 258 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.177047  normal  0.0296003 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0966  putative competence lipoprotein, ComL  25.09 
 
 		 285 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1258  lipoprotein  24.06 
 
 		 359 aa  99.8  5e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2851  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  25.59 
 
 		 243 aa  99.4  6e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>