73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1990 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1761  phage tape measure protein  46.72 
 
 		 921 aa  665    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.337369 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1990  tail component of prophage protein  100 
 
 		 915 aa  1815    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1000  phage tape measure protein  35.95 
 
 		 991 aa  225  4e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.734571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1321  phage tape measure protein  45.58 
 
 		 760 aa  204  6e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1615  hypothetical protein  42.28 
 
 		 671 aa  201  7e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.545679 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1471  hypothetical protein  41.69 
 
 		 668 aa  200  9e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.509764  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0873  Methyl-accepting chemotaxis protein  44.12 
 
 		 701 aa  178  4e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3596  phage tape measure protein  42.25 
 
 		 632 aa  162  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0625908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0819  tape measure domain-containing protein  37.09 
 
 		 1451 aa  141  6e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.060992  normal  0.0141632 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3197  phage tape measure protein  32.85 
 
 		 1318 aa  124  6e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2670  prophage LambdaMc01, tail tape measure protein, putative  31.62 
 
 		 1343 aa  119  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2351  hypothetical protein  36.68 
 
 		 669 aa  119  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4710  phage tape measure protein  31.98 
 
 		 513 aa  116  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.262419 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2237  tail length tape measure protein  29.97 
 
 		 1080 aa  114  6e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000550584 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0873  putative bacteriophage-related transmembrane protein  31.85 
 
 		 1366 aa  112  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00870949 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3873  Prophage tail length tape measure  41.13 
 
 		 1190 aa  111  8.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.598655  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2883  tail length tape measure protein  29.29 
 
 		 1080 aa  109  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000541295 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2173  tail length tape measure protein  29.29 
 
 		 1080 aa  108  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0499654 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1549  tail length tape measure protein  29.13 
 
 		 1080 aa  109  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0203252  hitchhiker  0.00310541 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3535  Lytic transglycosylase catalytic  42.86 
 
 		 1160 aa  105  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2675  phage tape measure protein  30.36 
 
 		 1644 aa  102  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1198  lambda family phage tail tape measure protein  28.24 
 
 		 1075 aa  101  6e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101212 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2225  lambda family phage tail tape measure protein  25.95 
 
 		 1095 aa  100  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0657  gp21  31 
 
 		 1056 aa  100  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000011896 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1371  hypothetical protein  31.09 
 
 		 794 aa  99.4  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.248761 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6230  hypothetical protein  32.84 
 
 		 1248 aa  96.7  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2953  prophage LambdaSo, tail length tape meausure protein  37.18 
 
 		 914 aa  93.6  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4067  hypothetical protein  37.75 
 
 		 1263 aa  94  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7016  hypothetical protein  32.74 
 
 		 1203 aa  91.3  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4241  hypothetical protein  52.69 
 
 		 139 aa  91.3  8e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3876  phage tape measure protein  26.1 
 
 		 1380 aa  90.9  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.147169 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5056  hypothetical protein  40.58 
 
 		 1353 aa  90.9  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1688  hypothetical protein  25.62 
 
 		 1354 aa  89.4  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1056  hypothetical protein  24.76 
 
 		 1366 aa  88.6  5e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.414557  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2489  phage tape measure protein  29.58 
 
 		 1527 aa  87.4  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0372  hypothetical protein  34.18 
 
 		 968 aa  84  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.311574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2989  hypothetical protein  56.76 
 
 		 1268 aa  83.2  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.977913  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5452  hypothetical protein  51.72 
 
 		 1096 aa  83.2  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1587  Lytic transglycosylase catalytic  33.16 
 
 		 1285 aa  79  0.0000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0288  hypothetical protein  37.67 
 
 		 781 aa  78.6  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.950335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3396  lambda family phage tail tape measure protein  36.92 
 
 		 908 aa  78.2  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.799108  hitchhiker  0.00000000000741098 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1030  bacteriophage tail tape meausure protein  24.74 
 
 		 1282 aa  77.8  0.0000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.519663 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4084  lambda family phage tail tape measure protein  31.87 
 
 		 1251 aa  77.4  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.622569  normal  0.0282318 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5758  hypothetical protein  35.34 
 
 		 1192 aa  71.6  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4292  hypothetical protein  42.86 
 
 		 1032 aa  71.6  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.599017  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0293  hypothetical protein  37.24 
 
 		 1164 aa  71.6  0.00000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2603  hypothetical protein  45.6 
 
 		 1032 aa  70.9  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0280  phage tape measure protein  25.4 
 
 		 530 aa  69.7  0.0000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1449  TP901 family phage tail tape measure protein  50.75 
 
 		 1120 aa  69.3  0.0000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2583  phage tail tape measure protein, lambda family  36 
 
 		 1122 aa  68.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.887267 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5700  hypothetical protein  46.96 
 
 		 457 aa  64.7  0.000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0522  phage tail tape measure protein, TP901 family  50 
 
 		 1628 aa  63.5  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.389644  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3933  lambda family phage tail tape measure protein  24.39 
 
 		 1104 aa  62.4  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1231  hypothetical protein  51.72 
 
 		 647 aa  60.5  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4046  tail tape measure protein  37.27 
 
 		 1222 aa  60.1  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.374256  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00745  hypothetical protein  38.75 
 
 		 853 aa  55.5  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1633  putative prophage tail length tape measure protein  38.75 
 
 		 849 aa  55.8  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.198533 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10049  tail component  38.75 
 
 		 853 aa  55.5  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1467  tail length tape measure protein  35.21 
 
 		 857 aa  55.1  0.000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2104  lambda family phage tail tape measure protein  35.21 
 
 		 853 aa  55.1  0.000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000689811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3126  putative prophage tail length tape measure protein  32.64 
 
 		 881 aa  53.5  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0141545 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1441  phage tape measure protein  27.05 
 
 		 706 aa  53.1  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1195  putative prophage tail length tape measure protein  35.29 
 
 		 859 aa  52.8  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0885  minor tail protein H  35.29 
 
 		 870 aa  52.8  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3194  putative prophage tail length tape measure protein  35.29 
 
 		 881 aa  52.8  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000180556 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1872  putative prophage tail length tape measure protein  35.29 
 
 		 881 aa  52.8  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.179958 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2768  putative prophage tail length tape measure protein  35.29 
 
 		 859 aa  52.8  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.857731 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1796  putative prophage tail length tape measure protein  45.65 
 
 		 881 aa  52.4  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.132418 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2488  phage tape measure protein  23.98 
 
 		 611 aa  48.5  0.0006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1175  phage tail tape measure protein, TP901 family  38.24 
 
 		 1343 aa  45.4  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2008  hypothetical protein  28.49 
 
 		 735 aa  45.1  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.904662  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4099  phage tape measure protein  26.46 
 
 		 1137 aa  44.7  0.009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245804 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2890  phage tape measure protein  26.46 
 
 		 1137 aa  44.7  0.009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.132683 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>