More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5539 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5539  regulatory protein GntR HTH  100 
 
 		 237 aa  481  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  45.21 
 
 		 229 aa  181  7e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  43.84 
 
 		 229 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  40.08 
 
 		 243 aa  150  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5446  GntR domain protein  38.36 
 
 		 237 aa  136  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0117781 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5177  regulatory protein GntR HTH  38.36 
 
 		 238 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.835231  normal  0.258028 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6265  GntR domain protein  32.3 
 
 		 254 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.610791 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1469  GntR domain protein  33.62 
 
 		 250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.934444  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  34.38 
 
 		 253 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 247 aa  112  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  34.23 
 
 		 238 aa  111  9e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5148  GntR domain protein  40.27 
 
 		 258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.178203  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8124  GntR domain protein  34.08 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6442  GntR domain protein  31.86 
 
 		 254 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.143546 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 245 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 272 aa  109  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3405  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 239 aa  108  6e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  33.03 
 
 		 235 aa  108  6e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3050  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 		 239 aa  108  6e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0593714 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  35.5 
 
 		 234 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3981  GntR domain-containing protein  38.39 
 
 		 233 aa  108  8.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  35.4 
 
 		 255 aa  107  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 247 aa  107  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 251 aa  108  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 233 aa  106  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 234 aa  105  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 288 aa  105  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3501  GntR domain-containing protein  34.47 
 
 		 234 aa  104  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.378835 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  33.19 
 
 		 253 aa  102  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  33.19 
 
 		 238 aa  102  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  35.34 
 
 		 264 aa  102  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 252 aa  102  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  33.62 
 
 		 252 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  32.59 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  33.48 
 
 		 236 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 251 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0578  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 234 aa  98.6  7e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0437  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 234 aa  98.6  7e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2012  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 234 aa  98.6  7e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.888081  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1856  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 234 aa  98.6  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1919  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 234 aa  98.6  7e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 248 aa  98.6  7e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0889  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 234 aa  98.6  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 247 aa  98.2  9e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5125  GntR domain-containing protein  34.75 
 
 		 234 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  32.73 
 
 		 251 aa  97.8  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26860  GntR family regulatory protein  32.42 
 
 		 241 aa  97.4  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  32.03 
 
 		 262 aa  97.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  32.61 
 
 		 251 aa  97.4  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4884  GntR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 258 aa  96.7  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0978  GntR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 234 aa  95.9  5e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  33.5 
 
 		 247 aa  95.9  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3584  GntR-like  32.14 
 
 		 275 aa  95.5  6e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  31.28 
 
 		 249 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  32.11 
 
 		 232 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 254 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  31.25 
 
 		 249 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  32.57 
 
 		 240 aa  95.5  7e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  35.71 
 
 		 248 aa  95.1  9e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  32.6 
 
 		 252 aa  95.1  9e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4422  GntR domain-containing protein  33.62 
 
 		 234 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  30.8 
 
 		 249 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5742  GntR domain protein  30.8 
 
 		 233 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.343946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  33.64 
 
 		 242 aa  93.6  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  30.84 
 
 		 249 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2484  GntR domain-containing protein  31.82 
 
 		 238 aa  94  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1636  GntR domain-containing protein  30.53 
 
 		 266 aa  93.2  3e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000195276  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 274 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  34.67 
 
 		 264 aa  93.6  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  30.4 
 
 		 249 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0923  GntR domain protein  31.84 
 
 		 230 aa  92.8  4e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0612567  normal  0.0530485 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  34.2 
 
 		 242 aa  92.8  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 241 aa  92.4  5e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0479  GntR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 234 aa  92  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.558677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0915  GntR domain-containing protein  30.95 
 
 		 226 aa  92  7e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  30.38 
 
 		 239 aa  92  7e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  33.18 
 
 		 253 aa  91.7  8e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4017  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.67 
 
 		 258 aa  91.7  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4079  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.67 
 
 		 258 aa  91.7  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3972  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.67 
 
 		 258 aa  91.7  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.773658 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 255 aa  91.7  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  31.84 
 
 		 272 aa  91.3  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  33.78 
 
 		 241 aa  91.3  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  32.86 
 
 		 235 aa  91.3  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3910  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.96 
 
 		 258 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3894  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.22 
 
 		 258 aa  90.9  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.659933 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 253 aa  90.1  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  33.18 
 
 		 249 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  33.18 
 
 		 249 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4257  transcriptional regulator, GntR family  31.55 
 
 		 226 aa  90.5  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00030759 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  33.18 
 
 		 249 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 268 aa  90.9  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  31.86 
 
 		 223 aa  90.1  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 240 aa  89.4  4e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  30 
 
 		 240 aa  89.7  4e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1834  GntR domain-containing protein  39.34 
 
 		 250 aa  89.7  4e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.048736 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4644  GntR domain-containing protein  35.59 
 
 		 274 aa  89.4  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.028465  normal  0.119949 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  33 
 
 		 273 aa  89.4  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>