112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5114 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_5114  Peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 
405 aa  814  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3861  peptidoglycan-binding LysM  63.75 
 
 
409 aa  491  1e-138  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4640  peptidoglycan-binding LysM  62.08 
 
 
408 aa  476  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.132875  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3879  peptidoglycan-binding LysM  60.78 
 
 
430 aa  472  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4687  peptidoglycan-binding LysM  61.11 
 
 
417 aa  440  1e-122  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4050  peptidoglycan-binding LysM  55.47 
 
 
426 aa  430  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.021914  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3395  Peptidoglycan-binding LysM  55.47 
 
 
419 aa  431  1e-119  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0834  peptidoglycan-binding LysM  56.53 
 
 
401 aa  424  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4083  peptidoglycan-binding LysM  57.84 
 
 
420 aa  419  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164352  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0349  peptidoglycan-binding LysM  46.36 
 
 
394 aa  338  7e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0885534 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  46.75 
 
 
387 aa  335  9e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  46.15 
 
 
388 aa  305  8e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3566  peptidoglycan-binding LysM  43.62 
 
 
358 aa  295  1e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  44.15 
 
 
395 aa  290  3e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  43.75 
 
 
390 aa  287  2e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  43.47 
 
 
364 aa  284  2e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0188  peptidoglycan-binding LysM  41.81 
 
 
350 aa  264  3e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000749903 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  42.82 
 
 
349 aa  251  1e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0020  peptidoglycan-binding LysM  37.74 
 
 
343 aa  247  3e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0044  peptidoglycan-binding LysM  39.83 
 
 
338 aa  226  6e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0013  peptidoglycan-binding LysM-like protein  34.79 
 
 
403 aa  225  1e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0021  hypothetical protein  41.43 
 
 
341 aa  216  6e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.156222  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00210  lysin domain-containing protein  41.43 
 
 
341 aa  216  8e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0120002  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0056  peptidoglycan-binding LysM  39.14 
 
 
345 aa  215  1e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0022  hypothetical protein  36.68 
 
 
352 aa  210  4e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.124597  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00180  peptidoglycan-binding LysM protein  39.43 
 
 
341 aa  208  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0309659  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0176  LysM domain protein  39.71 
 
 
341 aa  207  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0018  peptidoglycan-binding LysM  39.43 
 
 
341 aa  206  5e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  1.9767e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0194  peptidoglycan-binding LysM  38.62 
 
 
383 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0020  peptidoglycan-binding LysM  39.14 
 
 
341 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2274  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  36.8 
 
 
389 aa  195  1e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00514615 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3013  peptidoglycan-binding LysM  34.62 
 
 
345 aa  191  1e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2629  peptidoglycan-binding LysM  37.72 
 
 
338 aa  186  5e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.829323  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2842  LysM domain-containing protein  34.57 
 
 
341 aa  171  2e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2519  hypothetical protein  35.88 
 
 
345 aa  167  2e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2649  hypothetical protein  35.8 
 
 
345 aa  168  2e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2087  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  33.24 
 
 
393 aa  155  9e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0018  LysM domain protein  31.2 
 
 
349 aa  153  5e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0019  Peptidoglycan-binding LysM  31.2 
 
 
349 aa  153  5e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0025  peptidoglycan-binding LysM  30.27 
 
 
368 aa  148  2e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0077  peptidoglycan-binding LysM  31.64 
 
 
360 aa  147  3e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.820269 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0025  peptidoglycan-binding LysM  30.25 
 
 
374 aa  145  9e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0076  putative cell wall degradation enzyme  31.49 
 
 
353 aa  145  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2464  peptidoglycan-binding LysM  30.54 
 
 
377 aa  144  3e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.175579 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0036  peptidoglycan-binding LysM  32.52 
 
 
367 aa  142  8e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.971795  normal  0.107314 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0033  LysM domain-containing protein  30.54 
 
 
378 aa  142  9e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3735  peptidoglycan-binding LysM  30.81 
 
 
365 aa  140  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.315042  hitchhiker  0.00230648 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0021  LysM domain-containing protein  27.12 
 
 
361 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0032  peptidoglycan-binding LysM  29.94 
 
 
362 aa  140  4e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2472  hypothetical protein  30.46 
 
 
391 aa  140  6e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3586  Peptidoglycan-binding LysM  31.04 
 
 
377 aa  139  1e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2136  hypothetical protein  29.14 
 
 
377 aa  138  2e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04054  LysM domain protein  31.11 
 
 
366 aa  138  2e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0036  peptidoglycan-binding LysM  30.98 
 
 
374 aa  138  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.43599e-05 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0028  peptidoglycan-binding LysM  30.71 
 
 
374 aa  137  3e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.198583 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0044  LysM domain-containing protein  31.82 
 
 
346 aa  137  3e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.764087  normal  0.149636 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0030  peptidoglycan-binding LysM  30.43 
 
 
374 aa  135  9e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  hitchhiker  0.00540943 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0032  Peptidoglycan-binding LysM  29.43 
 
 
376 aa  135  1e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.35775e-06 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0032  peptidoglycan-binding LysM  29.16 
 
 
376 aa  134  4e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0033  peptidoglycan-binding LysM  29.16 
 
 
376 aa  133  5e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0039  peptidoglycan-binding LysM  29.54 
 
 
369 aa  132  1e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.357546 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0028  peptidoglycan-binding LysM  28.88 
 
 
376 aa  131  2e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00023  Peptidoglycan-binding LysM  27.9 
 
 
367 aa  129  7e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.574097  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0025  peptidoglycan-binding LysM  28.73 
 
 
369 aa  129  8e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002058  LysM domain-containing protein  27.71 
 
 
364 aa  127  4e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00390  hypothetical protein  29.03 
 
 
364 aa  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2695  peptidoglycan-binding LysM  27.25 
 
 
435 aa  115  1e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0516695  normal  0.123815 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2701  peptidoglycan-binding LysM  28.29 
 
 
440 aa  115  2e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2887  Peptidoglycan-binding LysM  27.99 
 
 
440 aa  113  8e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1930  hypothetical protein  30.69 
 
 
384 aa  112  8e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1866  peptidoglycan-binding LysM  30.77 
 
 
384 aa  111  2e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2794  Peptidoglycan-binding LysM  28.24 
 
 
440 aa  111  2e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0244523  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0024  peptidoglycan-binding LysM  26.65 
 
 
359 aa  111  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3268  Peptidoglycan-binding LysM  26.57 
 
 
339 aa  100  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000361142  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0530  peptidoglycan-binding LysM  26.69 
 
 
331 aa  100  6e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2551  LysM domain-containing protein  29.77 
 
 
335 aa  97.4  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0501  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  27.49 
 
 
429 aa  95.5  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0889  peptidoglycan-binding LysM  28.53 
 
 
333 aa  94  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.0411e-06  hitchhiker  3.23717e-12 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3691  peptidoglycan-binding LysM  28.7 
 
 
340 aa  92.4  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  2.7016e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0409  LysM domain-containing protein  26.04 
 
 
333 aa  90.9  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.22112e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2866  hypothetical protein  32.52 
 
 
329 aa  88.2  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0537  peptidoglycan-binding LysM  26.95 
 
 
394 aa  88.6  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  2.01658e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1527  Peptidoglycan-binding LysM  29.49 
 
 
338 aa  79  1e-13  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27524e-30 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2713  Peptidoglycan-binding LysM  28.74 
 
 
335 aa  78.6  2e-13  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.292431  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1636  Peptidoglycan-binding LysM  45.9 
 
 
451 aa  53.1  9e-06  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0461  peptidoglycan-binding LysM  42.62 
 
 
439 aa  52  2e-05  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520913  normal  0.0203741 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  34.85 
 
 
219 aa  49.3  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0582  Peptidoglycan-binding LysM  36.96 
 
 
193 aa  48.9  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.628153  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5282  Peptidoglycan-binding LysM  44.68 
 
 
552 aa  47.8  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.772795 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2004  LysM domain/BON superfamily protein  41.67 
 
 
161 aa  47.8  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0431  peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 
543 aa  47  0.0006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000410197  normal  0.723763 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6887  transcriptional regulator, SARP family  32.88 
 
 
935 aa  47  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.691511  normal  0.899507 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1881  LysM domain/BON superfamily protein  37.5 
 
 
156 aa  46.6  0.0008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.168616  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6198  LysM domain/BON superfamily protein  37.5 
 
 
156 aa  46.6  0.0008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0206564  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1904  LysM domain/BON superfamily protein  37.5 
 
 
156 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000169778 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1910  peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 
382 aa  45.8  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.937907 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0972  peptidoglycan-binding LysM  43.48 
 
 
546 aa  45.8  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2091  hypothetical protein  25.9 
 
 
167 aa  45.4  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.314887  normal  0.895772 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  45.28 
 
 
1051 aa  45.4  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5209  Peptidoglycan-binding LysM  44.19 
 
 
511 aa  44.7  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.263437 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>