More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4345 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  68.01 
 
 		 580 aa  793    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  67.13 
 
 		 584 aa  810    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  66.67 
 
 		 590 aa  762    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  68.18 
 
 		 585 aa  816    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  68.18 
 
 		 585 aa  798    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  68.36 
 
 		 585 aa  816    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 		 572 aa  1175    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  62.89 
 
 		 584 aa  749    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  67.66 
 
 		 583 aa  805    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  67.31 
 
 		 583 aa  800    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  61.65 
 
 		 581 aa  743    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  68.36 
 
 		 584 aa  819    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  68.36 
 
 		 585 aa  817    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  67.48 
 
 		 584 aa  800    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.23 
 
 		 590 aa  486  1e-136  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  40.85 
 
 		 601 aa  444  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.3 
 
 		 584 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.95 
 
 		 596 aa  437  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  40.49 
 
 		 582 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  39.37 
 
 		 592 aa  436  1e-121  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  40.35 
 
 		 590 aa  433  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  40.18 
 
 		 590 aa  430  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.14 
 
 		 632 aa  428  1e-118  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.19 
 
 		 599 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.26 
 
 		 606 aa  391  1e-107  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.64 
 
 		 605 aa  366  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.41 
 
 		 611 aa  357  3.9999999999999996e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.02 
 
 		 637 aa  341  2e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.73 
 
 		 753 aa  333  5e-90  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 883 aa  330  3e-89  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.71 
 
 		 594 aa  330  6e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.71 
 
 		 594 aa  330  6e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.57 
 
 		 797 aa  326  6e-88  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.39 
 
 		 610 aa  324  2e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.39 
 
 		 587 aa  324  3e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  43.46 
 
 		 409 aa  322  9.999999999999999e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.12 
 
 		 612 aa  320  5e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.93 
 
 		 616 aa  319  7e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.65 
 
 		 612 aa  318  2e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.65 
 
 		 612 aa  317  3e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.75 
 
 		 598 aa  316  6e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.69 
 
 		 610 aa  316  6e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.86 
 
 		 633 aa  314  1.9999999999999998e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.01 
 
 		 786 aa  313  3.9999999999999997e-84  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.65 
 
 		 615 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32 
 
 		 627 aa  313  5.999999999999999e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.76 
 
 		 616 aa  313  6.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.23 
 
 		 613 aa  310  4e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.3 
 
 		 613 aa  310  5.9999999999999995e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.3 
 
 		 613 aa  310  5.9999999999999995e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.51 
 
 		 766 aa  308  2.0000000000000002e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.02 
 
 		 613 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.85 
 
 		 773 aa  303  6.000000000000001e-81  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.51 
 
 		 676 aa  285  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  52.59 
 
 		 379 aa  265  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  51.93 
 
 		 357 aa  265  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  51.72 
 
 		 306 aa  264  4e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32 
 
 		 633 aa  255  1.0000000000000001e-66  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.3 
 
 		 599 aa  250  6e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.18 
 
 		 1036 aa  229  1e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  27.43 
 
 		 603 aa  223  7e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  46.81 
 
 		 284 aa  221  3.9999999999999997e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  28.44 
 
 		 590 aa  214  4.9999999999999996e-54  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  39.83 
 
 		 475 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.39 
 
 		 1023 aa  197  6e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  31.02 
 
 		 353 aa  182  1e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.88 
 
 		 806 aa  180  4.999999999999999e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  36.6 
 
 		 437 aa  171  3e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.71 
 
 		 565 aa  168  2.9999999999999998e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.44 
 
 		 734 aa  167  5.9999999999999996e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  36.96 
 
 		 254 aa  162  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  35.59 
 
 		 351 aa  159  1e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  35.17 
 
 		 356 aa  144  4e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  33.9 
 
 		 352 aa  144  4e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  34.41 
 
 		 360 aa  142  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  34.41 
 
 		 362 aa  142  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.09 
 
 		 594 aa  140  7e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  35.45 
 
 		 254 aa  140  7.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 441 aa  139  8.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  33.47 
 
 		 413 aa  138  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  30.83 
 
 		 340 aa  138  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 318 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  33.2 
 
 		 416 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  31.54 
 
 		 367 aa  137  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  33.61 
 
 		 371 aa  137  5e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 255 aa  136  9.999999999999999e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  33.64 
 
 		 256 aa  136  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  33.94 
 
 		 256 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  33.78 
 
 		 332 aa  130  6e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  31.6 
 
 		 259 aa  130  8.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2934  diguanylate phosphodiesterase  32.74 
 
 		 252 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.780718  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  33.77 
 
 		 239 aa  128  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  35.71 
 
 		 291 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  31.76 
 
 		 260 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  34.56 
 
 		 259 aa  128  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  34.93 
 
 		 428 aa  127  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 310 aa  127  5e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  34.93 
 
 		 428 aa  127  6e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  34.93 
 
 		 428 aa  127  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0553  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.97 
 
 		 699 aa  126  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>